4.7.1.2. 海拉尔-蛋白质螺旋的分析

作者:

王莉莉

年:

2020

版权所有:

GNU公共许可证v3

在 2.0.0 版本加入.

此模块包含分析蛋白质螺旋的代码 HELANAL 演算法 ([Bansal2000] ， [Sugeta1967] )。

HELANAL 根据蛋白质中的Cα原子量化螺旋的几何形状。它可以确定局部结构特征，如局部螺旋扭转和上升、虚拟扭转角度、局部螺旋原点和连续局部螺旋轴之间的弯曲角度。

[Sugeta1967]

和宫泽，T.1967年。由键长、键角和内旋转角计算高分子链螺旋参数的通用方法。 生物聚合物 5673-679

[Bansal2000]

班萨尔·M，库马尔·S，韦拉万2000年。HELANAL-一个描述蛋白质螺旋几何结构的程序。 J Biol Struct Dyn. 17(5)：811-819。

4.7.1.2.1. 示例用法

您可以传入单个选择：：

import MDAnalysis as mda
from MDAnalysis.tests.datafiles import PSF, DCD
from MDAnalysis.analysis import helix_analysis as hel
u = mda.Universe(PSF, DCD)
helanal = hel.HELANAL(u, select='name CA and resnum 161-187')
helanal.run()

中提供了所有计算属性 .results ：：

print(helanal.results.summary)

或者，您可以通过传入多个选择字符串来一次分析多个螺旋：

helanal2 = hel.HELANAL(u, select=('name CA and resnum 100-160',
                                  'name CA and resnum 200-230'))

这个 helix_analysis() 函数将对原子位置进行螺旋分析，将每一行坐标视为阿尔法碳当量：：

hel_xyz = hel.helix_analysis(u.atoms.positions, ref_axis=[0, 0, 1])