4.8.2. 线密度 `MDAnalysis.analysis.lineardensity`

用于计算沿三个笛卡尔轴线的质量和电荷密度分布的工具 [xyz] 模拟单元的。仅适用于正交形、固定体积的单元格(因此适用于规范NVT合奏中的模拟)。

class MDAnalysis.analysis.lineardensity.LinearDensity(select, grouping='atoms', binsize=0.25, **kwargs)[源代码]

线密度剖面

参数:

select (AtomGroup) -- 任何原子基团
grouping (str {'atoms', 'residues', 'segments', 'fragments'}) -- 密度分布将在原子位置(在“原子”的情况下)或在指定分组单元的质量中心(“残基”、“片段”或“碎片”)上计算。
binsize (float) -- 用于构建线性密度直方图的面元宽度(单位为埃)。定义生成的密度剖面的分辨率(较小-->较高的分辨率)
verbose (bool, optional) -- 如果设置为，则显示计算的详细进度 True

results.x.dim

的索引 [xyz] 轴

类型:: 集成

results.x.mass_density

质量密度在 \(g \cdot cm^{-3}\) 在……里面 [xyz] 方向

类型:: numpy.ndarray

results.x.mass_density_stddev

中质量密度的标准差 [xyz] 方向

类型:: numpy.ndarray

results.x.charge_density

中的电荷密度 \(\mathrm{e} \cdot mol \cdot cm^{-3}\) 在……里面 [xyz] 方向

类型:: numpy.ndarray

results.x.charge_density_stddev

电荷密度的标准差 [xyz] 方向

类型:: numpy.ndarray

results.x.pos

的别名 results.x.mass_density 属性。

自 2.2.0 版本弃用: 将在MDAnalysis 3.0.0中删除。请使用 results.x.mass_density 取而代之的是。

类型:: numpy.ndarray

results.x.pos_std

的别名 results.x.mass_density_stddev 属性。

自 2.2.0 版本弃用: 将在MDAnalysis 3.0.0中删除。请使用 results.x.mass_density_stddev 取而代之的是。

类型:: numpy.ndarray

results.x.char

的别名 results.x.charge_density 属性。

自 2.2.0 版本弃用: 将在MDAnalysis 3.0.0中删除。请使用 results.x.charge_density 取而代之的是。

类型:: numpy.ndarray

results.x.char_std

的别名 results.x.charge_density_stddev 属性。

自 2.2.0 版本弃用: 将在MDAnalysis 3.0.0中删除。请使用 results.x.charge_density_stddev 取而代之的是。

类型:: numpy.ndarray

results.x.slice_volume

仓容在 [xyz] 方向

类型:: 浮动

results.x.hist_bin_edges

用于质量/电荷密度的直方图箱的边缘，例如用于绘制直方图数据。

类型:: numpy.ndarray

Note

类型:: 这些密度单位可能会在未来发生变化。

示例

首先创建一个 LinearDensity 对象，然后使用 run() 方法。最后访问存储在结果中的结果，即x方向上的质量密度。

ldens = LinearDensity(selection)
ldens.run()
print(ldens.results.x.mass_density)

或者，其他类型的分组可以使用 grouping 关键字。例如，根据一组 ResidueGroup 输入的数据 AtomGroup 。

ldens = LinearDensity(selection, grouping='residues', binsize=1.0)
ldens.run()

在 0.14.0 版本加入.

在 1.0.0 版本发生变更: 支持 start ， stop ，以及 step 关键字已删除。相反，这些应该传递给 LinearDensity.run() 。这个 save() 方法也被移除，您可以使用 np.savetxt() 或 np.save() 在 LinearDensity.results 而是词典内容。

在 1.0.0 版本发生变更: 变化 selection 关键字至 select

在 2.0.0 版本发生变更: 结果现在是 Results 允许通过键和属性进行访问。

在 2.2.0 版本发生变更:

修复了在设置GROUPING=“残留物”或GROUPING=“SEGMENTS”时导致LinearDensity失败的错误。
残基、片段和碎片将根据它们的质心进行分析，而不是如前所述的几何中心。
LinearDensity现在可用于更新原子组。
添加了新的结果容器 results.x.hist_bin_edges 。它包含用于计算密度的历史图箱的仓边，并可用于更容易地绘制直方图数据。

自 2.2.0 版本弃用: 这个 results 字典已更改，并且属性 results.x.pos ， results.x.pos_std ， results.x.char 和 results.x.char_std 现在已被弃用。它们将在3.0.0中删除。请使用 results.x.mass_density ， results.x.mass_density_stddev ， results.x.charge_density ，以及 results.x.charge_density_stddev 取而代之的是。

class MDAnalysis.analysis.lineardensity.Results(*args, **kwargs)[源代码]: 从3.0.0版开始，结果中的一些条目将被重命名。有关详细信息，请参阅LinearDensity的文档字符串。此处定义结果类以实现对用户的弃用警告。

4.8.2. 线密度 MDAnalysis.analysis.lineardensity

4.8.2. 线密度 `MDAnalysis.analysis.lineardensity`