11.2.2. 核心对象：容器 `MDAnalysis.core.groups`

这个 Universe 实例包含系统中的所有粒子(MDAnalysis调用 Atom )。几组人 atoms 被处理为 AtomGroup 实例。这个 AtomGroup 可能是MDAnalysis中最重要的对象，因为几乎所有东西都可以通过它访问。 AtomGroup 可以轻松地创建实例(例如，从 AtomGroup.select_atoms() 选择或简单地通过切片)。

为方便起见，化学上有意义的 Atoms 例如， Residue 或者是 Segment (通常是整个分子或所有溶剂)也以容器形式存在，以及这些单元的基团 (ResidueGroup ， SegmentGroup )。

11.2.2.1. 班级

11.2.2.1.1. 收藏

class MDAnalysis.core.groups.AtomGroup(*args, **kwargs)[源代码]

原子的有序排列。

可以从可迭代的 Atoms ：：

ag = AtomGroup([Atom1, Atom2, Atom3])

或通过提供索引列表和 Universe 它应该属于：

ag = AtomGroup([72, 14, 25], u)

或者，一个 AtomGroup 是通过索引/切片另一个 AtomGroup ，例如所有人的集团 Atoms 在 Universe 在… MDAnalysis.core.universe.Universe.atoms 。

一个 AtomGroup 可以像列表一样编制索引和切片：：

ag[0], ag[-1]

将返回第一个和最后一个 Atom 在组中，而切片：：

ag[0:6:2]

返回一个 AtomGroup 每隔一个元素，对应于索引0、2和4。

它还支持当参数为 numpy.ndarray 或者是 list ：：

aslice = [0, 3, -1, 10, 3]
ag[aslice]

将返回一个新的 AtomGroup 的 Atoms 随着这些指数在旧的 AtomGroup 。

最后， AtomGroups 可以从所选内容创建。看见 select_atoms() 。

备注

AtomGroups 对源自选定内容的元素进行排序，并删除重复的元素。这并不适用于 AtomGroups 通过切片生产的。因此，当原子的顺序至关重要时(例如，为了定义角度或二面体)，可以使用切片。

AtomGroups 可以使用组运算符进行比较和组合。例如, AtomGroups 可以使用以下命令串联 + 或 concatenate() ：：

ag_concat = ag1 + ag2  # or ag_concat = ag1.concatenate(ag2)

当将组连接起来时， Atoms 是保守的。如果 Atoms 在其中一个组中出现多次，则副本保留在结果组中。与…相反 concatenate() ， union() 对待那些 AtomGroups 作为集合，以便从结果组中删除重复项，以及 Atoms 是有秩序的。这个 | 运算符与 union() ：：

ag_union = ag1 | ag2  # or ag_union = ag1.union(ag2)

与之相反的操作 concatenate() 是 subtract() 。此方法创建一个新组，其中包含所有 Atoms 不在给定其他组中的组的顺序； Atoms 被保存着，复制品也是如此。 difference() 是的设置版本 subtract() 。对生成的组进行排序和重复数据消除。

下表列出了所有设置的方法。这些方法将组视为已排序并已消除重复数据的 Atoms 。

运营	等价物	结果
`s.isdisjoint(t)`		`True` 如果 `s` 和 `t` 不共享元素
`s.issubset(t)`		测试是否所有元素 `s` 是以下的一部分 `t`
`s.is_strict_subset(t)`		测试是否所有元素 `s` 是以下的一部分 `t` ，以及 `s != t`
`s.issuperset(t)`		测试是否所有元素 `t` 是以下的一部分 `s`
`s.is_strict_superset(t)`		测试是否所有元素 `t` 是以下的一部分 `s` ，以及 `s != t`
`s.union(t)`	`s \| t`	包含来自这两个元素的新组 `s` 和 `t`
`s.intersection(t)`	`s & t`	包含共有元素的新组 `s` 和 `t`
`s.difference(t)`	`s - t`	具有以下元素的新组 `s` 不在其中的 `t`
`s.symmetric_difference(t)`	`s ^ t`	包含属于的元素的新组 `s` 或 `t` 但不能两者兼而有之

下面的方法保持原子和复制品的顺序。

运营	等价物	结果
`len(s)`		组中元素(原子、残基或链段)的数量
`s == t`		测试是否 `s` 和 `t` 以相同的顺序包含相同的元素
`s.concatenate(t)`	`s + t`	具有来自的元素的新组 `s` 以及来自 `t`
`s.subtract(t)`		具有来自的元素的新组 `s` 不在其中的 `t`

这个 in 运算符允许测试一个 Atom 是在 AtomGroup 。

AtomGroup 实例始终绑定到 MDAnalysis.core.universe.Universe 。它们不能孤立地存在。

在串行化期间， AtomGroup 将与它的捆绑在一起 MDAnalysis.core.universe.Universe 这意味着在解酸之后，一种新的 MDAnalysis.core.universe.Universe 将被创建并由新的 AtomGroup 。如果宇宙是用它的 AtomGroup 之后，它们仍将被捆绑在一起：

>>> u = mda.Universe(PSF, DCD)
>>> g = u.atoms

>>> g_pickled = pickle.loads(pickle.dumps(g))
>>> print("g_pickled.universe is u: ", u is g_pickled.universe)
g_pickled.universe is u: False

>>> g_pickled, u_pickled = pickle.load(pickle.dumps(g, u))
>>> print("g_pickled.universe is u_pickled: ",
>>>       u_pickle is g_pickled.universe)
g_pickled.universe is u_pickled: True

如果有多个 AtomGroup 都绑定到相同的 MDAnalysis.core.universe.Universe ，它们将在序列化后绑定到同一个：

>>> u = mda.Universe(PSF, DCD)
>>> g = u.atoms
>>> h = u.atoms

>>> g_pickled = pickle.loads(pickle.dumps(g))
>>> h_pickled = pickle.loads(pickle.dumps(h))
>>> print("g_pickled.universe is h_pickled.universe : ",
>>>       g_pickled.universe is h_pickled.universe)
g_pickled.universe is h_pickled.universe: False

>>> g_pickled, h_pickled = pickle.load(pickle.dumps(g, h))
>>> print("g_pickled.universe is h_pickled.universe: ",
>>>       g_pickle.universe is h_pickled.universe)
g_pickled.universe is h_pickled.universe: True

上述两种情况对于实现并行分析基类很有用。首先，你总是得到一个独立的 MDAnalysis.core.universe.Universe 在新的流程中，您不必担心拆分和重新连接宇宙 AtomGroup 。这也意味着新的已酸洗原子组的状态不会随着旧的宇宙而改变，因此宇宙必须与原子组一起进行酸洗(例如，作为一个元组，或作为要酸洗的对象的属性)，或者隐含的新宇宙 (AtomGroup.Universe )需要使用。其次，当需要对多个原子组进行腌制时，它们会识别它们是否属于同一个Univese。还要记住，它们需要一起腌制。

参见

MDAnalysis.core.universe.Universe

自 0.16.2 版本弃用: 即时选择器 的 AtomGroup 将在1.0版本中删除。

在 1.0.0 版本发生变更: 删除即时选择器，使用SELECT_ATOMERS(‘NAME...’)按名称选择原子。

在 2.0.0 版本发生变更: AtomGroup 无论有没有它的宇宙，它总是可以被腌制，而不是在找不到它的锚定的宇宙时失败。

在 2.1.0 版本发生变更: 使用为原子组编制索引 None 引发了一个 TypeError 。

accumulate(attribute, function=<function sum>, compound='group')

累加与组相关联的属性(组的化合物)。

累积的属性 Atoms 在这群人中。每一个人的累积 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。默认情况下，该方法对每个复合体的所有属性求和，但可以使用任何接受数组并返回给定轴上的累积的函数。对于多维输入阵列，沿着第一轴执行累加。

参数:

attribute (str or array_like) -- 要累加的属性或值数组。如果一个 numpy.ndarray (或相容的)，则其第一维度必须与该群中的原子总数具有相同的长度。
function (callable, optional) -- 执行累加的函数。它必须将要累积的属性值数组作为其唯一位置参数，并接受(可选)关键字参数 axis 从而允许指定沿其执行累加的轴。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional If 'group', the accumulation of all attributes associated with atoms in the group will be returned as a single value. Otherwise, the accumulation of the attributes per Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as a 1d array. Note that, in any case, only the Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

针灸的针灸 attribute 。如果 compound 设置为 'group' 的第一个维度。 attribute 数组将收缩为单个值。如果 compound 设置为 'segments' ， 'residues' ， 'molecules' ，或 'fragments' ，第一维的长度将对应于化合物的数量。在所有情况下，返回的数组的其他维度都将是原始形状(不包括第一个维度)。

返回类型:

float or numpy.ndarray

抛出:

ValueError -- 如果提供的长度为 attribute 数组与组中的原子数不对应。
ValueError -- 如果 compound 不是 'group' ， 'segments' ， 'residues' ， 'molecules' ，或 'fragments' 。
NoDataError -- 如果 compound 是 'molecule' 但拓扑不包含分子信息(分子数)，或者如果 compound 是 'fragments' 但这种拓扑结构并不包含键。

示例

求出给定的总电荷量 AtomGroup ：：

>>> sel = u.select_atoms('prop mass > 4.0')
>>> sel.accumulate('charges')

求出所有CA的每残基总质量 Atoms ：：

>>> sel = u.select_atoms('name CA')
>>> sel.accumulate('masses', compound='residues')

找出给定的每个碎片的最大原子电荷 AtomGroup ：：

>>> sel.accumulate('charges', compound="fragments", function=np.max)

在 0.20.0 版本加入.

align_principal_axis(axis, vector)

将主轴与索引对齐 axis 使用 vector 。

参数:

axis ({0, 1, 2}) -- 主轴的索引(0、1或2)，由 principal_axes() 。
vector (array_like) -- 要与主轴对齐的矢量。

备注

要对齐通道的长轴(第一主轴，即 axis =0)与z轴：：

u.atoms.align_principal_axis(0, [0,0,1])
u.atoms.write("aligned.pdb")

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property angle

这 AtomGroup 表示为 MDAnalysis.core.topologyobjects.Angle 对象

抛出:: ValueError -- 如果 AtomGroup 不是长度为3

在 0.11.0 版本加入.

asphericity(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

非球形性。

看见 [Dima2004b] 获取背景信息。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- 在展开过程中要保留在一起的组件类型。

在 0.7.7 版本加入.

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加展开和 化合物 参数

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

在 2.5.0 版本发生变更: 添加了对任何 compound 类型

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

asunique(sorted=False)[源代码]

返回一个 AtomGroup 包含唯一 Atoms 仅限，具有可选排序。

如果 AtomGroup 是独一无二的，这就是群体本身。

参数:: sorted (bool (optional)) -- 是否应按索引对返回的原子组进行排序。
返回:: 独一 AtomGroup
返回类型:: AtomGroup

示例

>>> import MDAnalysis as mda
>>> from MDAnalysis.tests.datafiles import PSF, DCD
>>> u = mda.Universe(PSF, DCD)
>>> ag = u.atoms[[2, 1, 0]]
>>> ag2 = ag.asunique(sorted=False)
>>> ag2 is ag
True
>>> ag2.ix
array([2, 1, 0], dtype=int64)
>>> ag3 = ag.asunique(sorted=True)
>>> ag3 is ag
False
>>> ag3.ix
array([0, 1, 2], dtype=int64)
>>> u.atoms[[2, 1, 1, 0, 1]].asunique(sorted=False).ix
array([2, 1, 0], dtype=int64)

在 2.0.0 版本加入.

property atoms

这个 AtomGroup 它本身。

参见

copy: 返回一个真实的 AtomGroup

在 0.19.0 版本发生变更: 在以前的版本中，这返回一个副本，但现在 AtomGroup 本身被返回。这应该不会影响任何代码，但只会加快计算速度。

bbox(wrap=False)

返回所选内容的边框。

该正交框的长度A、B、C为：

L = AtomGroup.bbox()
A,B,C = L[1] - L[0]

参数:: wrap (bool, optional) -- 如果 True ，全部移动 Atoms 到计算前的主单位单元格。 [False]
返回:: 转角 --2x3数组，将边框的角点指定为 [[xmin, ymin, zmin], [xmax, ymax, zmax]] 。
返回类型:: numpy.ndarray

在 0.7.2 版本加入.

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 1.0.0 版本发生变更: 删除了影响默认行为的标志

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

property bfactors: 带有警告的B因子别名

备注

这要求底层拓扑具有临时因素。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property bond

这 AtomGroup 表示为 MDAnalysis.core.topologyobjects.Bond 对象

抛出:: ValueError -- 如果 AtomGroup 不是长度为2

在 0.11.0 版本加入.

bsphere(wrap=False)

返回所选内容的边界球体。

球体是相对于 center of geometry 。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。 [False]

返回:

R ( 浮动 )--边界球体的半径。
居中 ( numpy.ndarray )-球体中心的坐标为 [xcen, ycen, zcen] 。

在 0.7.3 版本加入.

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

center(weights, wrap=False, unwrap=False, compound='group')

群的(化合物)的加权中心

计算的加权中心 Atoms 在这群人中。每个加权中心数 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。如果一个复合体的权重和为零，则该复合体的权重中心的坐标将为 nan (不是一个数字)。

参数:

weights (array_like or None) -- 要使用的权重。设置 weights=None 相当于为群中的所有原子传递相同的权重。
wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 'group' 每个化合物的中心将在不移动任何 Atoms 以保持化合物的完整性。相反，生成的位置向量将在计算后移动到主单位单元格。默认 [False] 。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- If 'group', the weighted center of all atoms in the group will be returned as a single position vector. Else, the weighted centers of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

居中 --组的加权中心的位置向量。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个位置向量。如果 compound 设置为 'segments' ， 'residues' ， 'molecules' ，或 'fragments' ，则输出将是二维形状数组 (n, 3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

抛出:

ValueError -- 如果 compound 不是 'group' ， 'segments' ， 'residues' ， 'molecules' ，或 'fragments' 。
ValueError -- 如果‘WRAP’和‘UNWRAP’都设置为TRUE。
NoDataError -- 如果 compound 是 'molecule' 但拓扑结构不包含分子信息(分子数)，或者如果 compound 是 'fragments' 但这种拓扑结构并不包含键。

示例

找出一个给定的电荷中心 AtomGroup ：：

>>> sel = u.select_atoms('prop mass > 4.0')
>>> sel.center(sel.charges)

求出所有CA的每个残基的质心 Atoms ：：

>>> sel = u.select_atoms('name CA')
>>> sel.center(sel.masses, compound='residues')

在 0.19.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 'molecules' 和 'fragments' 化合物

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 unwrap 参数

在 1.0.0 版本发生变更: 删除了影响默认行为的标志

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

center_of_charge(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

基团(化合物)的(绝对)电荷中心

\[\boldsymbol R = \frac{\sum_i \vert q_i \vert \boldsymbol r_i} {\sum_i \vert q_i \vert}\]

哪里 \(q_i\) 就是指控和 \(\boldsymbol r_i\) 原子的位置 \(i\) 在给定的情况下 MDAnalysis.core.groups.AtomGroup 。每个收费中心 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。如果化合物的电荷之和为零，则该化合物的质心坐标为 nan (不是一个数字)。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。相反，生成的质心位置向量将在计算后移动到主单元格。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If 'group', the center of mass of all atoms in the group will be returned as a single position vector. Otherwise, the centers of mass of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

center --集团负责中锋(S)位置向量(S)。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是单个位置向量。如果 compound 被设置为 'segments' 或 'residues' ，则输出将是形状的二维坐标数组 (n, 3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

备注

只有当底层拓扑具有有关原子电荷的信息时，才能访问此方法。

在 2.2.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

center_of_geometry(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

群的(化合物)的几何中心

\[\boldsymbol R = \frac{\sum_i \boldsymbol r_i}{\sum_i 1}\]

哪里 \(\boldsymbol r_i\) 的 Atoms \(i\) 。每个几何图形的中心 Residue 或Per Segment 可以通过设置 compound 相应的参数。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 是 'segments' 或 'residues' ，将计算每个化合物的中心，而不移动任何 Atoms 以保持化合物的完整性。相反，生成的位置向量将在计算后移动到主单位单元格。默认为FALSE。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- If 'group', the center of geometry of all Atoms in the group will be returned as a single position vector. Else, the centers of geometry of each Segment or Residue will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

居中 --组几何中心的位置向量。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个位置向量。如果 compound 设置为 'segments' 或 'residues' ，则输出将是二维形状数组 (n, 3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 0.19.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 'molecules' 和 'fragments' 化合物

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 unwrap 参数

在 1.0.0 版本发生变更: 删除了影响默认行为的标志

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

center_of_mass(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

基团(化合物)的质心

\[\boldsymbol R = \frac{\sum_i m_i \boldsymbol r_i}{\sum m_i}\]

哪里 \(m_i\) 是质量和质量 \(\boldsymbol r_i\) 原子的位置 \(i\) 在给定的情况下 MDAnalysis.core.groups.AtomGroup 。每个质心 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。如果化合物的质量之和为零，则该化合物的质心坐标为 nan (不是一个数字)。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。相反，生成的质心位置向量将在计算后移动到主单元格。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional If 'group', the center of mass of all atoms in the group will be returned as a single position vector. Otherwise, the centers of mass of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

居中 --群质心的位置向量。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个位置向量。如果 compound 设置为 'segments' 或 'residues' ，则输出将是形状的二维坐标数组 (n, 3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

备注

只有当底层拓扑具有有关原子质量的信息时，才能访问此方法。

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 参数

在 0.19.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 'molecules' 和 'fragments' 化合物；添加 unwrap 参数

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

centroid(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

群的(化合物)的几何中心

\[\boldsymbol R = \frac{\sum_i \boldsymbol r_i}{\sum_i 1}\]

哪里 \(\boldsymbol r_i\) 的 Atoms \(i\) 。每个几何图形的中心 Residue 或Per Segment 可以通过设置 compound 相应的参数。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 是 'segments' 或 'residues' ，将计算每个化合物的中心，而不移动任何 Atoms 以保持化合物的完整性。相反，生成的位置向量将在计算后移动到主单位单元格。默认为FALSE。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- If 'group', the center of geometry of all Atoms in the group will be returned as a single position vector. Else, the centers of geometry of each Segment or Residue will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

居中 --组几何中心的位置向量。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个位置向量。如果 compound 设置为 'segments' 或 'residues' ，则输出将是二维形状数组 (n, 3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 0.19.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 'molecules' 和 'fragments' 化合物

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 unwrap 参数

在 1.0.0 版本发生变更: 删除了影响默认行为的标志

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

property cmap

这 AtomGroup 表示为 MDAnalysis.core.topologyobjects.CMap 对象

抛出:: ValueError -- 如果 AtomGroup 不是长度为5

在 1.0.0 版本加入.

concatenate(other)

与同一级别的另一个组或组件串联。

保留重复条目和原始顺序。它与 + 接线员。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 具有以下元素的群 self 和 other 串接在一起
返回类型:: Group

示例

执行串联时保留原始内容(包括副本)的顺序。

>>> ag1 = u.select_atoms('name O')
>>> ag2 = u.select_atoms('name N')
>>> ag3 = ag1 + ag2  # or ag1.concatenate(ag2)
>>> ag3[:3].names
array(['O', 'O', 'O'], dtype=object)
>>> ag3[-3:].names
array(['N', 'N', 'N'], dtype=object)

在 0.16.0 版本加入.

convert_to: ConverterWrapper 的别名

copy(): 找另一组和这组一模一样的。

在 0.19.0 版本加入.

difference(other)

此组中未出现在其他组中的元素

此方法删除重复元素并对结果进行排序。因此，它不同于 subtract() 。 difference() 是与 - 接线员。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 具有以下元素的组 self 不在其中的 other ，没有重复的元素
返回类型:: Group

参见

subtract, symmetric_difference

在 0.16 版本加入.

property dihedral

这 AtomGroup 表示为 Dihedral 对象

抛出:: ValueError -- 如果 AtomGroup 不是长度为4

在 0.11.0 版本加入.

property dimensions: 获取当前加载的时间步长的维度副本

dipole_moment(**kwargs)

基团或基团中化合物的偶极矩。

\[\mu = |\boldsymbol{\mu}| = \sqrt{ \sum_{i=1}^{D} \mu^2 }\]

哪里 \(D\) 是维度的数量，在本例中为3。

计算分子的偶极矩 Atoms 在这群人中。偶极子PER Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

请注意，当有净电荷时，偶极矩的大小取决于 center 被选中了。看见 dipole_vector() 。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If 'group', a single dipole vector returns. Otherwise, an array of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.
center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。

返回:

群的(化合物)的偶极矩(S) \(eÅ\) 。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组 (n,) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 2.4.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

dipole_vector(wrap=False, unwrap=False, compound='group', center='mass')

群的偶极向量。

\[\boldsymbol{\mu} = \sum_{i=1}^{N} q_{i} ( \mathbf{r}_{i} - \mathbf{r}_{COM} )\]

计算的偶极向量 Atoms 在这群人中。偶极向量PER Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

请注意，偶极矩的大小与 center 除非该物种有净电荷，否则选择。在带电基团的情况下，偶极矩稍后可以通过以下方式进行调整：

\[\boldsymbol{\mu}_{COC} = \boldsymbol{\mu}_{COM} + q_{ag}\mathbf{r}_{COM} - q_{ag}\boldsymbol{r}_{COC}\]

哪里 \(\mathbf{r}_{COM}\) 是质心， \(\mathbf{r}_{COC}\) 是指控的中心。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If 'group', a single dipole vector returns. Otherwise, an array of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.
center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。

返回:

群的(化合物)的偶极向量(S) \(eÅ\) 。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组 (n,3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 2.4.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property forces

对每个人施加的力 Atom 在 AtomGroup 。

A numpy.ndarray 使用 shape =( n_atoms , 3) 和 dtype =numpy.float32 。

可以通过分配适当形状的数组来改变力，即 ( n_atoms , 3) 派遣单独的部队或 (3,) 要将 same 强制所有人 Atoms (例如 ag.forces = array([0,0,0]) 我会付出一切 Atoms 零分 force )。

抛出:: NoDataError -- 如果 Timestep 不包含 forces 。

property fragindices

这个 fragment indices 在所有的 Atoms 在这里面 AtomGroup 。

A numpy.ndarray 使用 shape =( n_atoms ,) 和 dtype =numpy.int64 。

在 0.20.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑具有绑定。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property fragments

只读 tuple 的 fragments 。

包含任何 Atom 在这里面 AtomGroup 是。

片段是一个 group of atoms 它们通过以下方式互连 Bonds 即，存在沿着一个或多个 Bonds 在任何一对 Atoms 在一个片段中。因此，一个片段通常对应于一个分子。

备注

片段的内容可能超出本文件的内容范围 AtomGroup 。

在 0.9.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑具有绑定。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

get_connections(typename, outside=True)

将原子之间的键合连接作为 TopologyGroup 。

参数:

typename (str) -- 组名称。{“债券”、“角度”、“二面体”、“改进”、“reybradleys”、“cmap”中的一项}
outside (bool (optional)) -- 是否包括涉及该组之外的原子的连接。

返回:

TopologyGroup --含有所选择的键合基团，即键、角、二面体、改性剂、尿素或环氧氯丙烷。
。。版本添加：：1.1.0

groupby(topattrs)

根据的值将此组中的项目组合在一起头像

参数:: topattrs (str or list) -- 用于对组件进行分组的一个或多个拓扑属性。单个参数作为字符串传递。多个参数作为列表传递。
返回:: 拓扑属性的多个组合的唯一值作为键，组作为值。
返回类型:: dict

示例

将相同质量的原子组合在一起：

>>> ag.groupby('masses')
{12.010999999999999: <AtomGroup with 462 atoms>,
 14.007: <AtomGroup with 116 atoms>,
 15.999000000000001: <AtomGroup with 134 atoms>}

要将具有相同残基名称和质量的原子组合在一起，请执行以下操作：

>>> ag.groupby(['resnames', 'masses'])
{('ALA', 1.008): <AtomGroup with 95 atoms>,
 ('ALA', 12.011): <AtomGroup with 57 atoms>,
 ('ALA', 14.007): <AtomGroup with 19 atoms>,
 ('ALA', 15.999): <AtomGroup with 19 atoms>},
 ('ARG', 1.008): <AtomGroup with 169 atoms>,
 ...}

>>> ag.groupby(['resnames', 'masses'])('ALA', 15.999)
 <AtomGroup with 19 atoms>

在 0.16.0 版本加入.

在 0.18.0 版本发生变更: 该函数接受多个属性

guess_bonds(vdwradii=None, fudge_factor=0.55, lower_bound=0.1)[源代码]

猜猜这个原子之间的键、角和二面体 AtomGroup 并将它们添加到基础 universe 。

参数:

vdwradii (dict, optional) -- DICT关联原子类型：VDW半径
fudge_factor (float, optional) -- 原子必须相互重叠才能被认为是键的因素。较大的价值将增加找到的债券数量。 [0.55]
lower_bound (float, optional) -- 最小键合长度。所有发现的短于此长度的键都将被忽略。这对于分析具有Altloc记录的PDB很有用，其中Altloc A和B的原子可能非常接近，并且它们之间不应该有化学键。 [0.1]

参见

MDAnalysis.topology.guessers.guess_bonds(), MDAnalysis.topology.guessers.guess_angles(), MDAnalysis.topology.guessers.guess_dihedrals()

在 0.10.0 版本加入.

在 0.20.2 版本发生变更: 现在在猜测债券时应用周期性边界条件。

在 2.5.0 版本发生变更: 更正了误导性文档，现在允许通过 fudge_factor 和 lower_bound 争论。

gyration_moments(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

旋转张量的力矩。

力矩定义为回转张量的特征值。

\[\mathsf{T} = \frac{1}{N} \sum_{i=1}^{N} (\mathbf{r}_\mathrm{i} - \mathbf{r}_\mathrm{COM})(\mathbf{r}_\mathrm{i} - \mathbf{r}_\mathrm{COM})\]

哪里 \(\mathbf{r}_\mathrm{COM}\) 是质心。

看见 [Dima2004a] 获取背景信息。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- 在展开过程中要保留在一起的组件类型。

返回:

principle_moments_of_gyration --中(化合物)基团的回转向量(S) \(Å^2\) 。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是长度为3的单个向量。否则，输出将是形状的2D数组 (n,3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 2.5.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property improper

这 AtomGroup 表示为 MDAnalysis.core.topologyobjects.ImproperDihedral 对象

抛出:: ValueError -- 如果 AtomGroup 不是长度为4

在 0.11.0 版本加入.

intersection(other)

既在这个组中又在另一个组中的一组元素

此方法删除重复元素并对结果进行排序。它与 & 接线员。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 具有以下共同元素的组 self 和 other ，没有重复的元素
返回类型:: Group

示例

当选择原子字符串变得太复杂时，可以使用交叉点。例如，要找到两个区段的4.0A以内的水原子：

>>> shell1 = u.select_atoms('resname SOL and around 4.0 segid 1')
>>> shell2 = u.select_atoms('resname SOL and around 4.0 segid 2')
>>> common = shell1 & shell2  # or shell1.intersection(shell2)

参见

union

在 0.16 版本加入.

is_strict_subset(other)

如果此组是另一个组的子集，但不相同

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: True 如果此组是另一个组的严格子集
返回类型:: bool

在 0.16 版本加入.

is_strict_superset(other)

如果此组是另一个组的超集，但不相同

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: True 如果这个组是另一个组的严格超集
返回类型:: bool

在 0.16 版本加入.

isdisjoint(other)

如果组中没有与其他组相同的元素

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: True 如果这两个组没有共同的元素
返回类型:: bool

在 0.16 版本加入.

issubset(other)

如果此组的所有元素都是其他组的一部分

请注意，空组是同一级别的任何组的子集。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: True 如果此组是另一个组的子集
返回类型:: bool

在 0.16 版本加入.

issuperset(other)

如果其他组的所有元素都是此组的一部分

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: True 如果此组是另一个组的子集
返回类型:: bool

在 0.16 版本加入.

property isunique

指示该组的所有组件是否唯一的布尔值，即该组不包含重复项。

示例

>>> ag = u.atoms[[2, 1, 2, 2, 1, 0]]
>>> ag
<AtomGroup with 6 atoms>
>>> ag.isunique
False
>>> ag2 = ag.unique
>>> ag2
<AtomGroup with 3 atoms>
>>> ag2.isunique
True

参见

asunique

在 0.19.0 版本加入.

property ix

集团中各成分股的唯一指数。

如果此组是 AtomGroup ，这些是该指数 Atom 实例。
如果它是一个 ResidueGroup ，这些是该指数 Residue 实例。
如果它是一个 SegmentGroup ，这些是该指数 Segment 实例。

property ix_array

集团中各成分股的唯一指数。

对于一个团队来说， ix_array 是否与 ix 。这种方法在组件和组之间提供了一致的API。

参见

ix

moment_of_inertia(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

相对于质心的转动惯量张量。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。相反，生成的质心位置向量将在计算后移动到主单元格。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算它们的中心和惯性张量之前被展开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional compound determines the behavior of wrap. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

moment_of_inertia --转动惯量张量为3x3数值数组。

返回类型:

numpy.ndarray

备注

转动惯量张量 \(\mathsf{{I}}\) 是为一组 \(N\) 具有坐标的原子 \(\mathbf{{r}}_i,\ 1 \le i \le N\) 相对于其质心的相对坐标

\[\mathbf{r}‘_i=\mathbf{r}_i-\frac{1}{\sum_{i=1}^{N}m_i}\sum_{i=1}^{N}m_i\mathbf{r}_i\]

作为

\[\mathsf{i}=\sum_{i=1}^{N}m_i\Big[(\mathbf{r}‘_i\cot\mathbf{r}’_i)\sum_{\pha=1}^{3} \HAT{\mathbf{e}}_\Alpha\oTimes\HAT{\mathbf{e}}_\Alpha-\mathbf{r}‘_i\oTimes\mathbf{r}’_i\Big]\]

哪里 \(\hat{{\mathbf{{e}}}}_\alpha\) 是笛卡尔单位向量，还是笛卡尔坐标

\[I_{\α，\beta}=\sum_{k=1}^{N}m_k \BIG(\BIG(\sum_{\Gamma=1}^3(x‘^{(K)}_{\Gamma})^2\BIG)\Delta_{\Alpha，\beta} -x‘^{(K)}_{\Alpha}x’^{(K)}_{\beta}\Big)。\]

哪里 \(x'^{{(k)}}_{{\alpha}}\) 是相对坐标的笛卡尔坐标 \(\mathbf{{r}}'_k\) 。

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 unwrap 参数

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property n_atoms

原子中的原子数 AtomGroup 。

相当于 len(self) 。

property n_fragments: 唯一的数量 fragments 这个 Atoms 其中之一 AtomGroup 都是。

在 0.20.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑具有绑定。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property n_residues

唯一的数量 Residues 出现在 AtomGroup 。

相当于 len(self.residues) 。

property n_segments

中存在的唯一数据段数 AtomGroup 。

相当于 len(self.segments) 。

pack_into_box(box=None, inplace=True)

全部移位 Atoms 在这一组中到主单位单元。

参数:

box (array_like) -- 长方体尺寸，可以是正交信息，也可以是三斜信息。单元格维度的格式必须与返回的格式相同 MDAnalysis.coordinates.timestep.Timestep.dimensions ， [lx, ly, lz, alpha, beta, gamma] 。如果 None ，使用这些时间步长维度。
inplace (bool) -- True 改变坐标的位置。

返回:

余弦 --原子坐标移位。

返回类型:

numpy.ndarray

备注

所有原子都将被移动，以使它们位于0到盒长度之间 \(L_i\) 在所有维度中，即模拟框的左下角被视为位于(0，0，0)：

\[X_i‘=x_i-\Left\lFloor\Frc{x_i}{L_i}\Right\r Floor\]

默认情况下，从基础的 Timestep 举个例子。可选参数 box 可用于提供替代像元信息(采用MDAnalysis标准格式 [Lx, Ly, Lz, alpha, beta, gamma] )。

适用于正交或三斜长方体类型。

备注

pack_into_box() 等同于 wrap() 使用所有默认关键字。

备注

AtomGroup.pack_into_box() 当前的速度比 ResidueGroup.pack_into_box() 或 SegmentGroup.pack_into_box() 。

在 0.8 版本加入.

property positions

的坐标 Atoms 在 AtomGroup 。

A numpy.ndarray 使用 shape =( n_atoms , 3) 和 dtype =numpy.float32 。

可以通过分配适当形状的数组来改变位置，即 ( n_atoms , 3) 指定单独的坐标，或 (3,) 要将 same 与所有人协调 Atoms (例如， ag.positions = array([0,0,0]) 将移动所有 Atoms 追溯到原点)。

备注

更改位置不会反映在任何文件中；从 trajectory 将用文件中的更改替换更改除如果 trajectory 保存在内存中，例如，当 transfer_to_memory() 方法：采用化学发光法。

抛出:: NoDataError -- 如果潜在的 Timestep 不包含 positions 。

principal_axes(wrap=False)

根据转动惯量计算主轴。

E1，e2，e3=原子组.主体_轴()

特征向量按特征值排序，即第一个对应于最高特征值，因此是第一主轴。

特征向量构成右手坐标系。

参数:: wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]
返回:: axis_vectors --3 x 3阵列，带 v[0] 作为第一个， v[1] 作为第二名，以及 v[2] 作为第三特征向量。
返回类型:: array

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 1.0.0 版本发生变更: 始终在右手惯例中返回主轴。

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

quadrupole_moment(**kwargs)

基团的四极矩 [Gray1984] 。

\[Q = \sqrt{\frac{2}{3}{\hat{\mathsf{Q}}}:{\hat{\mathsf{Q}}}}\]

其中，四极矩是由无迹四极张量的张量双重收缩计算的 \(\hat{\mathsf{Q}}\)

计算四极矩 Atoms 在这群人中。四极PER Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

注意，当分子或基团中有一个不对称的平面时，四极矩的大小取决于 center 已选择且无法翻译。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If 'group', a single quadrupole value returns. Otherwise, an array of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 1d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.
center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。

返回:

群的(化合物)的四极矩(S) \(eÅ^2\) 。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组 (n,) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 2.4.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

quadrupole_tensor(wrap=False, unwrap=False, compound='group', center='mass')

基团或化合物的无迹四极张量。

这个张量首先被计算为从参考点到某个原子的矢量的外积，然后乘以原子电荷。然后将每个原子的张量相加，以产生该群的四极张量：

\[\mathsf{Q} = \sum_{i=1}^{N} q_{i} ( \mathbf{r}_{i} - \mathbf{r}_{COM} ) \otimes ( \mathbf{r}_{i} - \mathbf{r}_{COM} )\]

无迹四极张量， \(\hat{\mathsf{Q}}\) ，然后取自：

\[\hat{\mathsf{Q}} = \frac{3}{2} \mathsf{Q} - \frac{1}{2} tr(\mathsf{Q})\]

计算四极张量 Atoms 在这群人中。张量PER Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

请注意，当分子或基团中存在不对称平面时，四极张量的大小取决于 center (例如， \(\mathbf{r}_{COM}\) )，并且不能翻译。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If 'group', a single quadrupole value returns. Otherwise, an array of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 1d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.
center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。

返回:

群的(化合物)的四极张量(S) \(eÅ^2\) 。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是形状的单个张量 (3,3) 。否则，输出将是一维形状数组 (n,3,3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 2.4.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

radius_of_gyration(wrap=False, **kwargs)

回转半径。

参数:: wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property residues: A已排序 ResidueGroup 独一无二的 Residues 出现在 AtomGroup 。

rotate(R, point=(0, 0, 0))

应用旋转矩阵 R 设置为选定的坐标。 \(\mathsf{{R}}\) 是一个3x3正交矩阵，它将向量 \(\mathbf{{x}} \rightarrow \mathbf{{x}}'\) ：

\[\mathbf{x}‘=\mathsf{R}\mathbf{x}\]

Atom 坐标将进行在位旋转。

参数:

R (array_like) -- 3x3旋转矩阵
point (array_like, optional) -- 旋转中心

返回类型:

self

备注

默认情况下，绕原点旋转 point=(0, 0, 0) 。旋转组的步骤 g 围绕其几何体中心，使用 g.rotate(R, point=g.center_of_geometry()) 。

参见

rotateby: 绕给定轴和角度旋转
MDAnalysis.lib.transformations: 所有坐标变换的模

rotateby(angle, axis, point=None)

对选区的坐标应用旋转。

参数:

angle (float) -- 以度为单位的旋转角度。
axis (array_like) -- 旋转轴向量。
point (array_like, optional) -- 旋转中心。如果 None 然后使用该组的几何中心。

返回类型:

self

备注

从当前坐标的变换 \(\mathbf{{x}}\) 到新的坐标 \(\mathbf{{x}}'\) 是

\[\mathbf{x}‘=\mathsf{R}\，(\mathbf{x}-\mathbf{p})+\mathbf{p}\]

哪里 \(\mathsf{{R}}\) 是按以下方式旋转 angle 围绕着 axis 正在通过 point \(\mathbf{{p}}\) 。

参见

MDAnalysis.lib.transformations.rotation_matrix

calculate: 数学：mathsf{R}

property segments: A已排序 SegmentGroup 中存在的唯一段的 AtomGroup 。

select_atoms(sel, *othersel, periodic=True, rtol=1e-05, atol=1e-08, updating=False, sorted=True, rdkit_kwargs=None, smarts_kwargs=None, **selgroups)[源代码]

使用选择字符串从该组中选择原子。

返回一个 AtomGroup 根据它们在拓扑中的索引进行排序(这是为了确保不存在重复项，复杂的选择可能会发生这种情况)。

参数:

sel (str) -- 所选内容的字符串，例如“姓名CA”，请参见下面的可能性。
othersel (iterable of str) -- 要执行的进一步选择。这些选择的结果将被附加到第一个选择的结果上。
periodic (bool (optional)) -- 对于几何选择，在搜索时是否考虑不同周期图像中的原子
atol (float, optional) -- 浮点数比较的绝对公差参数。已传递给 :func:``numpy.isclose` `。
rtol (float, optional) -- 浮点数比较的相对公差参数。已传递给 :func:``numpy.isclose` `。
updating (bool (optional)) -- 每次更改轨迹的时间步长时，强制重新计算选择。请参阅上的部分 动态选择 下面。 [True]
sorted (bool, optional) -- 是否按索引对输出原子组进行排序。
rdkit_kwargs (dict (optional)) -- 传递给 RDKitConverter 使用基于Smarts查询的选择时
smarts_kwargs (dict (optional)) -- 在内部传递给RDKit的 GetSubstructMatches 。
**selgroups (keyword arguments of str: AtomGroup (optional)) -- 在选择中使用“group”关键字时，通过将组作为关键字参数传递来定义组。请参阅上的部分 预先存在的选择 下面。

抛出:

TypeError -- 如果传递的任意组不是 MDAnalysis.core.groups.AtomGroup

示例

下面列出的所有简单选择都支持与或运算符隐式组合的多个参数。例如

>>> sel = universe.select_atoms('resname MET GLY')

相当于

>>> sel = universe.select_atoms('resname MET or resname GLY')

将选择残基名称为MET或GLY的所有原子。

子选择可以用圆括号进行分组。

>>> sel = universe.select_atoms("segid DMPC and not ( name H* O* )")
>>> sel
<AtomGroup with 3420 atoms>

现有 AtomGroup 对象可以作为命名参数传递，然后可供选择解析器使用。

>>> universe.select_atoms("around 10 group notHO", notHO=sel)
<AtomGroup with 1250 atoms>

可以将选定内容设置为在框架更改时自动更新，方法是设置 updating 关键字参数为 True 。这将返回一个 UpdatingAtomGroup 它可以代表另一个物体周围的溶剂化壳层。

>>> universe.select_atoms("resname SOL and around 2.0 protein", updating=True)
<Updating AtomGroup with 100 atoms>

备注

如果需要原子的精确排序(例如， angle() 或 dihedral() 计算)，然后提供选择分别按照要求的顺序。此外，当多个 AtomGroup 实例与 + 运算符，则顺序为 Atom 实例被保留，副本被 not 已删除。

参见

选择命令

选择语法

选择解析器理解以下区分大小写 关键词 ：

简单选择

蛋白质、骨架、核骨架、核骨架
选择属于一组标准残基的所有原子；蛋白质通过一组硬编码的残基名称来标识，因此它可能不适用于深奥的残基。

塞吉德 seg-name
按segid选择(如拓扑中所示)，例如 segid 4AKE 或 segid DMPC

残存 residue-number-range
RESID可以接受单个残数或一系列数字。范围由两个用冒号(包括)分隔的数字组成，例如 resid 1:5 。残数(“REID”)直接取自拓扑。如果拓扑中存在icodes，则将考虑这些。即‘RESD 163b’将仅选择带有icode B的REST 163，而‘RESD 163’将仅选择残基163。范围选择也将考虑icodes，因此‘RESID 162-163b’将选择162中的所有残基和163中直到icode B的残基。

重新编号 resnum-number-range
Resnum是典型的残基编号；通常它被设置为原始PDB结构中的残基id。

重命名 residue-name
按残留物名称选择，例如 resname LYS

名字 atom-name
按原子名称选择(如拓扑图中所示)。通常，这是由力场决定的。示例： name CA (对于C&α；原子)或 name OW (适用于SPC水氧)

类型 atom-type
按原子类型选择；这可以是字符串或数字，取决于力场；它是从拓扑文件中读取的(例如，CHARMM PSF文件包含数字原子类型)。将PDB或GRO文件用作拓扑时，它具有无意义的值

atom seg-name residue-number atom-name
一种用于单个原子的选择器，该选择器由segid残留原子名组成，例如 DMPC 1 C2 选择DMPC片段的第一个残基的C2碳

Altloc alternative-location
对于有替代位置的原子的选择，这通常是高分辨率晶体结构的情况，例如 resid 4 and resname ALA and altloc B 仅选择Ala-4中具有Altloc B记录的原子。

摩尔型 molecule-type
按分子类型选择，例如 moltype Protein_A 。目前，只有TPR格式定义了分子类型。

record_type record_type
用于从类似PDB的文件中选择ATOM或HETATM。例如： select_atoms('name CA and not record_type HETATM')

聪明人 SMARTS-query
使用Daylight的Smarts查询选择原子，例如 smarts [#7;R] 找到环中的氮原子。需要RDKit。所有匹配项都组合为单个唯一匹配项。这个 smarts selection accepts two sets of key word arguments from select_atoms(): the rdkit_kwargs are passed internally to RDKitConverter.convert() and the smarts_kwargs are passed to RDKit's GetSubstructMatches 。默认情况下， useChirality Kwarg in rdkit_kwargs 被设置为True，并且在 smarts_kwargs 是 max(1000, 10 * n_atoms) ，在哪里 n_atoms 要么是 len(AtomGroup) 或 len(Universe.atoms) ，以适用者为准。请注意，匹配的数量有时可能会超过MaxMatches的缺省值，从而导致返回的原子太少。如果发生这种情况，将发出警告。可以通过增加MaxMatches的值来修复该问题。此行为可能会在将来更新。
>>> universe.select_atoms("C", smarts_kwargs={"maxMatches": 100})
<AtomGroup with 100 atoms>
手性 R|S
选择特定的立体中心。例如： name C and chirality S 只选择S-手性碳原子。仅限 R 和 S 将是可能的选项，但其他值不会引发错误。

正式收费 formal-charge
根据原子的形式电荷选择原子，例如 name O and formalcharge -1 选择所有带负1正式电荷的氧。

Boolean

不
所有不在选择中的原子，例如 not protein 选择不是蛋白质一部分的所有原子

和，或者
根据布尔代数的规则组合两个选项，例如 protein and not resname ALA LYS 选择属于蛋白质但不在赖氨酸或丙氨酸残基中的所有原子

Geometric

around distance selection
选择与另一个选择相隔一定界限的所有原子，例如 around 3.5 protein 选择所有不属于蛋白质的原子，这些原子与蛋白质的距离不超过3.5埃

point x y z distance
选择空间点截止点内的所有原子，确保坐标由空格分隔，例如 point 5.0 5.0 5.0 3.5 选择坐标(5.0、5.0、5.0)3.5埃范围内的所有原子

prop [abs] property operator value
selects atoms based on position, using property x, y, or z coordinate. Supports the abs keyword (for absolute value) and the following operators: <, >, <=, >=, ==, !=. For example, prop z >= 5.0 selects all atoms with z coordinate greater than 5.0; prop abs z <= 5.0 selects all atoms within -5.0 <= z <= 5.0.

sphzone radius selection
选择其中的所有原子半径的几何中心的选择

sphlayer inner radius outer radius selection
类似于sphzone，但也排除了内径选择COG的

isolayer inner radius outer radius selection
类似于sphlayer，但将在所有参考层周围找到层，从而创建等值面。

cyzone externalRadius zMax zMin selection
选择以给定选择的几何中心(COG)为中心的圆柱形区域内的所有原子，例如 cyzone 15 4 -8 protein and resid 42 选择蛋白质的几何中心和残留物42，并创建以COG为中心、外径为15的圆柱体。在z中，圆柱体从COG上方的4延伸到下方的8。的正值 zMin ，或负面的 zMax ，是允许的。

cylayer innerRadius externalRadius zMax zMin selection
选择以给定选择的几何中心(COG)为中心的圆柱层内的所有原子，例如 cylayer 5 10 10 -8 protein 选择蛋白质的几何体中心，并以COG为中心创建内半径为5、外半径为10的圆柱层。在z中，圆柱体从COG上方的10延伸到下方的8。的正值 zMin ，或负面的 zMax ，是允许的。

Connectivity

拜尔斯选择
选择相同片段和残基中的所有原子作为选择，例如在Byres关键字后指定部分选择

捆绑在一起的选择
选择与选择绑定的所有原子，例如： select name H and bonded name O 只选择与氧基键相连的氢

Index

拜纳姆 index-range
选择(基于1的)包含索引范围内的所有原子，例如 bynum 1 选择宇宙中的第一个原子； bynum 5:10 选择原子5到10(包括5和10)。原子中的所有原子 Universe 是连续编号的，并且索引从1到原子总数。

索引 index-range
选择(从0开始)包含索引范围内的所有原子，例如 index 0 选择宇宙中的第一个原子； index 5:10 选择原子6到11(包括6和11)。原子中的所有原子 Universe 是连续编号的，并且索引从0到原子总数-1。

预先存在的选择

组 group-name
选择元素中的原子 AtomGroup 作为名为的关键字参数传递给函数 group-name 。只有原子间共有的 group-name 和实例 select_atoms() 从Will中调用，除非 group 在前面有 global 关键字。 group-name 将仅通过比较原子索引而被包括在解析中。这意味着要由用户来确保 group-name 组是在适当的 Universe 。

全球选择
默认情况下，在发出 select_atoms() 从一个 AtomGroup ，则返回与该实例的原子相交的选择和子选择。为选择项添加前缀 global 使其所选内容全部返回。作为一个例子， global 关键字允许 lipids.select_atoms("around 10 global protein") -在哪里 lipids 是一个不含任何蛋白质的基团。是 global 否则，结果将是空的选择，因为 protein 部分选择本身将为空。在发布时 select_atoms() 从一个 Universe ， global 被忽略。

动态选择: 如果 select_atoms() 使用命名参数调用 updating 设置为 True ，一个 UpdatingAtomGroup 实例，而不是常规的 AtomGroup 。它的行为与后者类似，不同之处在于每次轨迹帧更改时都会重新计算选择表达式(这种情况会延迟发生，仅当 UpdatingAtomGroup 被访问，从而不存在正在进行的冗余更新)。从已更新的组发出更新选择将导致稍后的更新也反映基本组的更新。对象上进行的非更新选择或切片操作 UpdatingAtomGroup 将返回一个静态的 AtomGroup ，它将不再在帧之间更新。

在 0.7.4 版本发生变更: 已添加 重新编号 选择。

在 0.8.1 版本发生变更: 已添加组和 完整组 选择。

在 0.13.0 版本发生变更: 已添加 捆绑在一起的 选择。

在 0.16.0 版本发生变更: Resid选择现在将icodes考虑到存在的位置。

在 0.16.0 版本发生变更: 现在可以通过设置 updating 论点。

在 0.17.0 版本发生变更: 已添加 摩尔型 和 羊肚菌 选择。

在 0.19.0 版本发生变更: 添加了对通过的组的严格类型检查。添加了周期性Kwarg(默认为True)

在 0.19.2 版本发生变更: 空的sel字符串现在返回一个空的Atom组。

在 1.0.0 版本发生变更: 这个 fullgroup 选项现在已被删除，取而代之的是同等的 global group 选择。删除了影响定期选择的默认行为的标志；现在默认情况下启用定期(与默认标志一样)

在 2.0.0 版本发生变更: 添加了 聪明人 选择。增列 atol 和 rtol 关键字来选择浮点值。添加了 sort 关键字。增列 rdkit_kwargs 将参数传递给RDKitConverter。

在 2.2.0 版本发生变更: 增列 smarts_kwargs 将参数传递给RDKit GetSubstructMatch smarts 选择。

shape_parameter(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

形状参数。

看见 [Dima2004a] 获取背景信息。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- 在展开过程中要保留在一起的组件类型。

在 0.7.7 版本加入.

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。多余的粗鲁人被移除了。

在 2.5.0 版本发生变更: 添加了对任何 compound 类型

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

sort(key='ix', keyfunc=None)[源代码]

返回已排序的 AtomGroup 使用指定的属性作为键。

参数:

key (str, optional) -- 的名称 AtomGroup 属性进行排序(例如 ids ， ix 。默认设置= ix )。
keyfunc (callable, optional) -- 将多维数组转换为一维的函数。此一维数组将用作排序关键字，并且在使用 AtomGroup 具有多个维度的属性键。注意：如果属性是一维的，则忽略此参数。

返回:

已排序 AtomGroup 。

返回类型:

AtomGroup

示例

>>> import MDAnalysis as mda
>>> from MDAnalysisTests.datafiles import PDB_small
>>> u = mda.Universe(PDB_small)
>>> ag = u.atoms[[3, 2, 1, 0]]
>>> ag.ix
array([3 2 1 0])
>>> ag = ag.sort()
>>> ag.ix
array([0 1 2 3])
>>> ag.positions
array([[-11.921,  26.307,  10.41 ],
       [-11.447,  26.741,   9.595],
       [-12.44 ,  27.042,  10.926],
       [-12.632,  25.619,  10.046]], dtype=float32)
>>> ag = ag.sort("positions", lambda x: x[:, 1])
>>> ag.positions
array([[-12.632,  25.619,  10.046],
       [-11.921,  26.307,  10.41 ],
       [-11.447,  26.741,   9.595],
       [-12.44 ,  27.042,  10.926]], dtype=float32)

备注

这使用了一个稳定的排序，由 numpy.argsort(kind='stable') 。

在 2.0.0 版本加入.

split(level)[源代码]

拆分 AtomGroup 变成一个 list 的 AtomGroups 通过 level 。

参数:: level ({'atom', 'residue', 'molecule', 'segment'}) --

在 0.9.0 版本加入.

在 0.17.0 版本发生变更: 增加了‘分子’水平。

subtract(other)

使用此组中未出现在其他组中的元素进行分组

该组的原始顺序以及任何重复的元素都将保留。如果此组中的某个元素被复制并出现在其他组或组件中，则该元素的所有匹配项都将从返回的组中删除。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 具有以下元素的组 self 不在其中的 other ，保持秩序和重复。
返回类型:: Group

示例

不像 difference() 此方法不会对重复项进行排序或删除。

>>> ag1 = u.atoms[[3, 3, 2, 2, 1, 1]]
>>> ag2 = u.atoms[2]
>>> ag3 = ag1 - ag2  # or ag1.subtract(ag2)
>>> ag1.indices
array([3, 3, 1, 1])

参见

concatenate, difference

在 0.16 版本加入.

symmetric_difference(other)

仅属于这一组或另一组中的一组元素

此方法删除重复的元素，并对结果进行排序。它是与 ^ 接线员。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 使用中的元素分组 self 或在 other 但不是在两者中，没有重复的元素
返回类型:: Group

示例

>>> ag1 = u.atoms[[0, 1, 5, 3, 3, 2]]
>>> ag2 = u.atoms[[4, 4, 6, 2, 3, 5]]
>>> ag3 = ag1 ^ ag2  # or ag1.symmetric_difference(ag2)
>>> ag3.indices  # 0 and 1 are only in ag1, 4 and 6 are only in ag2
[0, 1, 4, 6]

参见

difference

在 0.16 版本加入.

total_charge(compound='group')

该族(化合物)的总电荷。

计算的总费用 Atoms 在这群人中。每项收费合计 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

参数:: compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional If 'group', the total charge of all atoms in the group will be returned as a single value. Otherwise, the total charges per Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as a 1d array. Note that, in any case, only the charges of Atoms belonging to the group will be taken into account.
返回:: 该族(化合物)的总电荷。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组 (n,) 哪里 n 是化合物的数量。
返回类型:: float or numpy.ndarray

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

total_mass(compound='group')

该族(化合物)的总质量。

计算行星的总质量 Atoms 在这群人中。每单位总质量 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

参数:: compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional If 'group', the total mass of all atoms in the group will be returned as a single value. Otherwise, the total masses per Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as a 1d array. Note that, in any case, only the masses of Atoms belonging to the group will be taken into account.
返回:: 该族(化合物)的总质量。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组 (n,) 哪里 n 是化合物的数量。
返回类型:: float or numpy.ndarray

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

transform(M)

应用齐次变换矩阵 M 到坐标。

Atom 坐标将进行旋转和在位平移。

参数:: M (array_like) -- 4x4矩阵，带旋转 R = M[:3, :3] 和中的翻译 t = M[:3, 3] 。
返回类型:: self

参见

MDAnalysis.lib.transformations: 所有坐标变换的模

备注

轮换 \(\mathsf{{R}}\) 是关于原点的，并在翻译之前应用 \(\mathbf{{t}}\) ：

\[\mathbf{x}‘=\mathsf{R}\mathbf{x}+\mathbf{t}\]

translate(t)

应用平移向量 t 设置为选定的坐标。

Atom 坐标将进行在位转换。

参数:: t (array_like) -- 要用来转换坐标的矢量
返回类型:: self

参见

MDAnalysis.lib.transformations: 所有坐标变换的模

备注

该方法将翻译应用于 AtomGroup 从当前坐标 \(\mathbf{{x}}\) 到新的坐标 \(\mathbf{{x}}'\) ：

\[\mathbf{x}‘=\mathbf{x}+\mathbf{t}\]

property ts

包含选择坐标的临时时间步长。

A Timestep 实例，该实例可以传递给轨迹编写器。

如果 ts 则这些修改将一直存在，直到帧编号更改(这通常发生在基础 trajectory 帧更改)。

不能将一个新的 Timestep 发送到 AtomGroup.ts 属性；更改对象的属性。

union(other)

此组或另一组中的元素组

与串联相反，此方法对元素进行排序并删除重复的元素。它与 | 接线员。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 具有以下组合元素的组 self 和 other ，没有重复的元素
返回类型:: Group

示例

与之形成鲜明对比的是 concatenate() ，则丢弃所有重复项，并对结果进行排序。

>>> ag1 = u.select_atoms('name O')
>>> ag2 = u.select_atoms('name N')
>>> ag3 = ag1 | ag2  # or ag1.union(ag2)
>>> ag3[:3].names
array(['N', 'O', 'N'], dtype=object)

参见

concatenate, intersection

在 0.16 版本加入.

property unique

一个 AtomGroup 包含已排序和唯一的 Atoms 只有这样。

示例

>>> import MDAnalysis as mda
>>> from MDAnalysis.tests.datafiles import PSF, DCD
>>> u = mda.Universe(PSF, DCD)
>>> ag = u.atoms[[2, 1, 2, 2, 1, 0]]
>>> ag
<AtomGroup with 6 atoms>
>>> ag.ix
array([2, 1, 2, 2, 1, 0], dtype=int64)
>>> ag2 = ag.unique
>>> ag2
<AtomGroup with 3 atoms>
>>> ag2.ix
array([0, 1, 2], dtype=int64)
>>> ag2.unique is ag2
False

参见

asunique, ,

: 现在，此函数始终返回副本。

property universe: 潜在的 Universe 该组织所属的。

unwrap(compound='fragments', reference='com', inplace=True)

移动这个基团的原子，这样该基团化合物中的键就不会跨越周期边界分裂。

当原子被填充到初级单胞中，导致分子中间断裂时，这种功能最有用，然后分子出现在单胞的两边。这对于计算分子的质心等操作是有问题的。**

+-----------+       +-----------+
|           |       |           |
| 6       3 |       |         3 | 6
| !       ! |       |         ! | !
|-5-8   1-2-|  ==>  |       1-2-|-5-8
| !       ! |       |         ! | !
| 7       4 |       |         4 | 7
|           |       |           |
+-----------+       +-----------+

参数:

compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- ‘Fragments’}，可选要解开哪种类型的化合物。注意，在任何情况下，每个化合物中的所有原子都必须通过键相互连接，即化合物必须对应于分子(的一部分)。
reference ({'com', 'cog', None}, optional) -- 如果 'com' (质心)或 'cog' (几何中心)，展开的化合物将被移位，以便它们的单独参考点位于主单元格内。如果 None ，则不执行这样的移位。
inplace (bool, optional) -- 如果 True ，坐标将被原地修改。

返回:

余弦 --展开的原子坐标形状数组 (n, 3) 。

返回类型:

numpy.ndarray

抛出:

NoDataError -- 如果 compound 是 'molecules' 但基本的拓扑结构不包含分子信息，或者如果 reference 是 'com' 但该拓扑不包含体量。
ValueError -- 如果 reference 不是 'com' ， 'cog' ，或 None ，或者如果 reference 是 'com' 以及任何物体的总质量 compound 是零。

备注

请注意，只有原子才能 属于这个团体 将会被解开！如果要展开整个分子，请确保这些分子中的所有原子都是该群的一部分。包含群中所有碎片的所有原子的原子群 ag 可以使用以下命令创建：

all_frag_atoms = sum(ag.fragments)

参见

make_whole(), wrap(), pack_into_box(), apply_PBC()

在 0.20.0 版本加入.

property ureybradley

这 AtomGroup 表示为 MDAnalysis.core.topologyobjects.UreyBradley 对象

抛出:: ValueError -- 如果 AtomGroup 不是长度为2

在 1.0.0 版本加入.

property velocities

车流的速度 Atoms 在 AtomGroup 。

A numpy.ndarray 使用 shape =( n_atoms , 3) 和 dtype =numpy.float32 。

速度可以通过分配适当形状的数组来改变，即 ( n_atoms , 3) 指定单独的速度或 (3,) 要将 same 速度通向所有人 Atoms (例如 ag.velocities = array([0,0,0]) 我会付出一切 Atoms 零 velocity )。

抛出:: NoDataError -- 如果潜在的 Timestep 不包含 velocities 。

wrap(compound='atoms', center='com', box=None, inplace=True)

根据周期性边界条件，将该组的内容移回到主单元格中。

指定一个 compound 将保留 Atoms 在这个过程中，每一种化合物都会结合在一起。如果 compound 不同于 'atoms' ，每个化合物作为一个整体将被移位，以便其 center 位于主单元格内。

参数:

compound ({'atoms', 'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional Which type of compound to keep together during wrapping. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.
center ({'com', 'cog'}) -- 如何定义一组给定原子的中心。如果 compound 是 'atoms' ，则此参数没有意义，因此被忽略。
box (array_like, optional) -- 系统的单位单元尺寸，可以是正交的或三斜的，并且必须以与返回的相同格式提供 MDAnalysis.coordinates.timestep.Timestep.dimensions ： [lx, ly, lz, alpha, beta, gamma] 。如果 None ，使用当前时间点的维度。
inplace (bool, optional) -- 如果 True ，坐标将更改到位。

返回:

Dtype的包裹原子坐标数组 np.float32 和形状 (len(self.atoms.n_atoms), 3)

返回类型:

numpy.ndarray

抛出:

ValueError -- 如果 compound 不是 'atoms' ， 'group' ， 'segments' ， 'residues' ， 'molecules' ，或 'fragments' 。
NoDataError -- 如果 compound 是 'molecule' 但拓扑结构不包含分子信息(分子数)，或者如果 compound 是 'fragments' 但该拓扑不包含键，或者如果 center 是 'com' 但拓扑图中并不包含质量。

备注

该基团的所有原子都将移动，使其化合物的中心位于初级周期图像内。对于正交单胞，主周期像被定义为半开区间 \([0,L_i)\) 之间 \(0\) 和方框长度 \(L_i\) 在所有维度中 \(i\in\{{x,y,z\}}\) 即，模拟框的原点被视为在原点处 \((0,0,0)\) 欧几里得坐标系的。一个复合中心驻留在 \(x_i\) 在维度上 \(i\) 将转移到 \(x_i'\) 根据

\[X_i‘=x_i-\Left\lFloor\Frc{x_i}{L_i}\Right\rFloor\，.\]

在指定 compound ，平移是基于每个化合物来计算的。同样的平移适用于该化合物中的所有原子，这意味着它不会被位移打破。然而，这可能意味着化合物的所有原子在包裹后并不都在单胞内，而是化合物的中心。请注意，只有原子才能 属于这个团体 都会被考虑进去的！

center 允许定义如何计算每组的中心。这可以是 'com' 对于质心，或 'cog' 表示几何图形的中心。

box 允许为转换提供单位单元格。如果未指定，则 dimensions 来自当前的信息 Timestep 将会被使用。

备注

AtomGroup.wrap() 当前的速度比 ResidueGroup.wrap() 或 SegmentGroup.wrap() 。

参见

pack_into_box(), unwrap(), MDAnalysis.lib.distances.apply_PBC()

在 0.9.2 版本加入.

在 0.20.0 版本发生变更: 这种方法只作用于原子。 属于这个团体 并将换行位置作为 numpy.ndarray 。添加了可选参数 inplace 。

write(filename=None, file_format=None, filenamefmt='{trjname}_{frame}', frames=None, **kwargs)[源代码]

写 AtomGroup 保存到文件中。

输出可以是坐标文件，也可以是选区，具体取决于格式。

示例

>>> ag = u.atoms
>>> ag.write('selection.ndx')  # Write a gromacs index file
>>> ag.write('coordinates.pdb')  # Write the current frame as PDB
>>> # Write the trajectory in XTC format
>>> ag.write('trajectory.xtc', frames='all')
>>> # Write every other frame of the trajectory in PBD format
>>> ag.write('trajectory.pdb', frames=u.trajectory[::2])

参数:

filename (str, optional) -- None ：从文件名efmt创建TRJNAME_FRAME.FORMAT [None]
file_format (str, optional) -- 坐标、轨迹或选择文件格式的名称或扩展名，例如PDB、CRD、GRO、VMD(TCL)、PYMOL(PML)、Gromacs(NDX)CHARMM(STR)或JMOL(SPT)；不区分大小写 [PDB]
filenamefmt (str, optional) -- 默认文件名的格式字符串；使用替代标记‘trjname’和‘Frame’ ["%(trjname)s_%(frame)d"]
bonds (str, optional) -- 如何处理债券信息，尤其是与PDB相关的信息。 "conect" ：仅写入原始文件中定义的CONECT记录。 "all" ：写出所有键，包括原始定义的键和MDAnalysis猜测的键。 None ：不要注销债券。默认值为 "conect" 。
frames (array-like or slice or FrameIteratorBase or str, optional) -- 要写的一组帧。该集合可以是帧索引的列表或数组、布尔值的掩码、 slice ，或者在为轨迹编制索引时返回的值。默认情况下， frames 设置为 None 并且仅写入当前帧。如果 frames 设置为“All”，则写入轨迹中的所有帧。

在 0.9.0 版本发生变更: 与WRITE_SELECTION合并。此方法现在可以写出两个选择。

在 0.19.0 版本发生变更: 可以使用‘Frames’参数编写多帧轨迹。

class MDAnalysis.core.groups.ResidueGroup(*args, **kwargs)[源代码]

ResidueGroup基类。

此类由一个 Universe 用于生成特定于其拓扑的 ResidueGroup 班级。所有的 TopologyAttr 组件从以下位置获得 GroupBase ，因此此类仅包含特定于 ResidueGroups 。

可以使用组运算符比较和合并剩余组。上查看这些运算符的列表 GroupBase 。

自 0.16.2 版本弃用: 即时选择器 的数据段将在1.0版本中删除。

在 1.0.0 版本发生变更: 已删除即时选择器，改用SELECT_ATOMERS

在 2.1.0 版本发生变更: 使用为剩余组编制索引 None 引发了一个 TypeError 。

accumulate(attribute, function=<function sum>, compound='group')

累加与组相关联的属性(组的化合物)。

累积的属性 Atoms 在这群人中。每一个人的累积 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。默认情况下，该方法对每个复合体的所有属性求和，但可以使用任何接受数组并返回给定轴上的累积的函数。对于多维输入阵列，沿着第一轴执行累加。

参数:

attribute (str or array_like) -- 要累加的属性或值数组。如果一个 numpy.ndarray (或相容的)，则其第一维度必须与该群中的原子总数具有相同的长度。
function (callable, optional) -- 执行累加的函数。它必须将要累积的属性值数组作为其唯一位置参数，并接受(可选)关键字参数 axis 从而允许指定沿其执行累加的轴。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional If 'group', the accumulation of all attributes associated with atoms in the group will be returned as a single value. Otherwise, the accumulation of the attributes per Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as a 1d array. Note that, in any case, only the Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

针灸的针灸 attribute 。如果 compound 设置为 'group' 的第一个维度。 attribute 数组将收缩为单个值。如果 compound 设置为 'segments' ， 'residues' ， 'molecules' ，或 'fragments' ，第一维的长度将对应于化合物的数量。在所有情况下，返回的数组的其他维度都将是原始形状(不包括第一个维度)。

返回类型:

float or numpy.ndarray

抛出:

ValueError -- 如果提供的长度为 attribute 数组与组中的原子数不对应。
ValueError -- 如果 compound 不是 'group' ， 'segments' ， 'residues' ， 'molecules' ，或 'fragments' 。
NoDataError -- 如果 compound 是 'molecule' 但拓扑不包含分子信息(分子数)，或者如果 compound 是 'fragments' 但这种拓扑结构并不包含键。

示例

求出给定的总电荷量 AtomGroup ：：

>>> sel = u.select_atoms('prop mass > 4.0')
>>> sel.accumulate('charges')

求出所有CA的每残基总质量 Atoms ：：

>>> sel = u.select_atoms('name CA')
>>> sel.accumulate('masses', compound='residues')

找出给定的每个碎片的最大原子电荷 AtomGroup ：：

>>> sel.accumulate('charges', compound="fragments", function=np.max)

在 0.20.0 版本加入.

align_principal_axis(axis, vector)

将主轴与索引对齐 axis 使用 vector 。

参数:

axis ({0, 1, 2}) -- 主轴的索引(0、1或2)，由 principal_axes() 。
vector (array_like) -- 要与主轴对齐的矢量。

备注

要对齐通道的长轴(第一主轴，即 axis =0)与z轴：：

u.atoms.align_principal_axis(0, [0,0,1])
u.atoms.write("aligned.pdb")

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

asphericity(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

非球形性。

看见 [Dima2004b] 获取背景信息。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- 在展开过程中要保留在一起的组件类型。

在 0.7.7 版本加入.

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加展开和 化合物 参数

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

在 2.5.0 版本发生变更: 添加了对任何 compound 类型

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

asunique(sorted=False)[源代码]

返回一个 ResidueGroup 包含唯一 Residues 仅限，具有可选排序。

如果 ResidueGroup 是独一无二的，这就是群体本身。

参数:: sorted (bool (optional)) -- 返回的ResidueGroup是否应按resindex排序。
返回:: 独一 ResidueGroup
返回类型:: ResidueGroup

示例

>>> rg = u.residues[[2, 1, 2, 2, 1, 0]]
>>> rg
<ResidueGroup with 6 residues>
>>> rg.ix
array([2, 1, 2, 2, 1, 0])
>>> rg2 = rg.asunique()
>>> rg2
<ResidueGroup with 3 residues>
>>> rg2.ix
array([0, 1, 2])
>>> rg2.asunique() is rg2
True

在 2.0.0 版本加入.

property atoms

一个 AtomGroup 的 Atoms 出现在这张图中 ResidueGroup 。

这个 Atoms 按以下方式本地订购 Residue 在 ResidueGroup 。副本是 not 已删除。

bbox(wrap=False)

返回所选内容的边框。

该正交框的长度A、B、C为：

L = AtomGroup.bbox()
A,B,C = L[1] - L[0]

参数:: wrap (bool, optional) -- 如果 True ，全部移动 Atoms 到计算前的主单位单元格。 [False]
返回:: 转角 --2x3数组，将边框的角点指定为 [[xmin, ymin, zmin], [xmax, ymax, zmax]] 。
返回类型:: numpy.ndarray

在 0.7.2 版本加入.

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 1.0.0 版本发生变更: 删除了影响默认行为的标志

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

property bfactors: 带有警告的B因子别名

备注

这要求底层拓扑具有临时因素。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

bsphere(wrap=False)

返回所选内容的边界球体。

球体是相对于 center of geometry 。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。 [False]

返回:

R ( 浮动 )--边界球体的半径。
居中 ( numpy.ndarray )-球体中心的坐标为 [xcen, ycen, zcen] 。

在 0.7.3 版本加入.

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

center(weights, wrap=False, unwrap=False, compound='group')

群的(化合物)的加权中心

计算的加权中心 Atoms 在这群人中。每个加权中心数 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。如果一个复合体的权重和为零，则该复合体的权重中心的坐标将为 nan (不是一个数字)。

参数:

weights (array_like or None) -- 要使用的权重。设置 weights=None 相当于为群中的所有原子传递相同的权重。
wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 'group' 每个化合物的中心将在不移动任何 Atoms 以保持化合物的完整性。相反，生成的位置向量将在计算后移动到主单位单元格。默认 [False] 。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- If 'group', the weighted center of all atoms in the group will be returned as a single position vector. Else, the weighted centers of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

居中 --组的加权中心的位置向量。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个位置向量。如果 compound 设置为 'segments' ， 'residues' ， 'molecules' ，或 'fragments' ，则输出将是二维形状数组 (n, 3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

抛出:

ValueError -- 如果 compound 不是 'group' ， 'segments' ， 'residues' ， 'molecules' ，或 'fragments' 。
ValueError -- 如果‘WRAP’和‘UNWRAP’都设置为TRUE。
NoDataError -- 如果 compound 是 'molecule' 但拓扑结构不包含分子信息(分子数)，或者如果 compound 是 'fragments' 但这种拓扑结构并不包含键。

示例

找出一个给定的电荷中心 AtomGroup ：：

>>> sel = u.select_atoms('prop mass > 4.0')
>>> sel.center(sel.charges)

求出所有CA的每个残基的质心 Atoms ：：

>>> sel = u.select_atoms('name CA')
>>> sel.center(sel.masses, compound='residues')

在 0.19.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 'molecules' 和 'fragments' 化合物

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 unwrap 参数

在 1.0.0 版本发生变更: 删除了影响默认行为的标志

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

center_of_charge(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

基团(化合物)的(绝对)电荷中心

\[\boldsymbol R = \frac{\sum_i \vert q_i \vert \boldsymbol r_i} {\sum_i \vert q_i \vert}\]

哪里 \(q_i\) 就是指控和 \(\boldsymbol r_i\) 原子的位置 \(i\) 在给定的情况下 MDAnalysis.core.groups.AtomGroup 。每个收费中心 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。如果化合物的电荷之和为零，则该化合物的质心坐标为 nan (不是一个数字)。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。相反，生成的质心位置向量将在计算后移动到主单元格。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If 'group', the center of mass of all atoms in the group will be returned as a single position vector. Otherwise, the centers of mass of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

center --集团负责中锋(S)位置向量(S)。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是单个位置向量。如果 compound 被设置为 'segments' 或 'residues' ，则输出将是形状的二维坐标数组 (n, 3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

备注

只有当底层拓扑具有有关原子电荷的信息时，才能访问此方法。

在 2.2.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

center_of_geometry(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

群的(化合物)的几何中心

\[\boldsymbol R = \frac{\sum_i \boldsymbol r_i}{\sum_i 1}\]

哪里 \(\boldsymbol r_i\) 的 Atoms \(i\) 。每个几何图形的中心 Residue 或Per Segment 可以通过设置 compound 相应的参数。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 是 'segments' 或 'residues' ，将计算每个化合物的中心，而不移动任何 Atoms 以保持化合物的完整性。相反，生成的位置向量将在计算后移动到主单位单元格。默认为FALSE。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- If 'group', the center of geometry of all Atoms in the group will be returned as a single position vector. Else, the centers of geometry of each Segment or Residue will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

居中 --组几何中心的位置向量。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个位置向量。如果 compound 设置为 'segments' 或 'residues' ，则输出将是二维形状数组 (n, 3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 0.19.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 'molecules' 和 'fragments' 化合物

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 unwrap 参数

在 1.0.0 版本发生变更: 删除了影响默认行为的标志

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

center_of_mass(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

基团(化合物)的质心

\[\boldsymbol R = \frac{\sum_i m_i \boldsymbol r_i}{\sum m_i}\]

哪里 \(m_i\) 是质量和质量 \(\boldsymbol r_i\) 原子的位置 \(i\) 在给定的情况下 MDAnalysis.core.groups.AtomGroup 。每个质心 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。如果化合物的质量之和为零，则该化合物的质心坐标为 nan (不是一个数字)。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。相反，生成的质心位置向量将在计算后移动到主单元格。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional If 'group', the center of mass of all atoms in the group will be returned as a single position vector. Otherwise, the centers of mass of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

居中 --群质心的位置向量。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个位置向量。如果 compound 设置为 'segments' 或 'residues' ，则输出将是形状的二维坐标数组 (n, 3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

备注

只有当底层拓扑具有有关原子质量的信息时，才能访问此方法。

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 参数

在 0.19.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 'molecules' 和 'fragments' 化合物；添加 unwrap 参数

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

centroid(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

群的(化合物)的几何中心

\[\boldsymbol R = \frac{\sum_i \boldsymbol r_i}{\sum_i 1}\]

哪里 \(\boldsymbol r_i\) 的 Atoms \(i\) 。每个几何图形的中心 Residue 或Per Segment 可以通过设置 compound 相应的参数。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 是 'segments' 或 'residues' ，将计算每个化合物的中心，而不移动任何 Atoms 以保持化合物的完整性。相反，生成的位置向量将在计算后移动到主单位单元格。默认为FALSE。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- If 'group', the center of geometry of all Atoms in the group will be returned as a single position vector. Else, the centers of geometry of each Segment or Residue will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

居中 --组几何中心的位置向量。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个位置向量。如果 compound 设置为 'segments' 或 'residues' ，则输出将是二维形状数组 (n, 3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 0.19.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 'molecules' 和 'fragments' 化合物

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 unwrap 参数

在 1.0.0 版本发生变更: 删除了影响默认行为的标志

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

chi1_selections(n_name='N', ca_name='CA', cb_name='CB', cg_name='CG CG1 OG OG1 SG')

选择与CHI1侧链二面体N-CA-CB-CG对应的原子组列表。

参数:

c_name (str (optional)) -- 主链C原子的名称
ca_name (str (optional)) -- α-碳原子的名称
cb_name (str (optional)) -- β-碳原子的名称
cg_name (str (optional)) -- 伽马碳原子的名称

返回:

原子组列表 --按正确顺序选择4个原子。如果未找到CB和/或CG，则列表中的对应项为 None 。
。。添加的版本：：1.0.0

备注

这要求底层拓扑具有名称。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

concatenate(other)

与同一级别的另一个组或组件串联。

保留重复条目和原始顺序。它与 + 接线员。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 具有以下元素的群 self 和 other 串接在一起
返回类型:: Group

示例

执行串联时保留原始内容(包括副本)的顺序。

>>> ag1 = u.select_atoms('name O')
>>> ag2 = u.select_atoms('name N')
>>> ag3 = ag1 + ag2  # or ag1.concatenate(ag2)
>>> ag3[:3].names
array(['O', 'O', 'O'], dtype=object)
>>> ag3[-3:].names
array(['N', 'N', 'N'], dtype=object)

在 0.16.0 版本加入.

copy(): 找另一组和这组一模一样的。

在 0.19.0 版本加入.

difference(other)

此组中未出现在其他组中的元素

此方法删除重复元素并对结果进行排序。因此，它不同于 subtract() 。 difference() 是与 - 接线员。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 具有以下元素的组 self 不在其中的 other ，没有重复的元素
返回类型:: Group

参见

subtract, symmetric_difference

在 0.16 版本加入.

property dimensions: 获取当前加载的时间步长的维度副本

dipole_moment(**kwargs)

基团或基团中化合物的偶极矩。

\[\mu = |\boldsymbol{\mu}| = \sqrt{ \sum_{i=1}^{D} \mu^2 }\]

哪里 \(D\) 是维度的数量，在本例中为3。

计算分子的偶极矩 Atoms 在这群人中。偶极子PER Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

请注意，当有净电荷时，偶极矩的大小取决于 center 被选中了。看见 dipole_vector() 。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If 'group', a single dipole vector returns. Otherwise, an array of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.
center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。

返回:

群的(化合物)的偶极矩(S) \(eÅ\) 。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组 (n,) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 2.4.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

dipole_vector(wrap=False, unwrap=False, compound='group', center='mass')

群的偶极向量。

\[\boldsymbol{\mu} = \sum_{i=1}^{N} q_{i} ( \mathbf{r}_{i} - \mathbf{r}_{COM} )\]

计算的偶极向量 Atoms 在这群人中。偶极向量PER Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

请注意，偶极矩的大小与 center 除非该物种有净电荷，否则选择。在带电基团的情况下，偶极矩稍后可以通过以下方式进行调整：

\[\boldsymbol{\mu}_{COC} = \boldsymbol{\mu}_{COM} + q_{ag}\mathbf{r}_{COM} - q_{ag}\boldsymbol{r}_{COC}\]

哪里 \(\mathbf{r}_{COM}\) 是质心， \(\mathbf{r}_{COC}\) 是指控的中心。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If 'group', a single dipole vector returns. Otherwise, an array of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.
center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。

返回:

群的(化合物)的偶极向量(S) \(eÅ\) 。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组 (n,3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 2.4.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

get_connections(typename, outside=True)

将原子之间的键合连接作为 TopologyGroup 。

参数:

typename (str) -- 组名称。{“债券”、“角度”、“二面体”、“改进”、“reybradleys”、“cmap”中的一项}
outside (bool (optional)) -- 是否包括涉及该组之外的原子的连接。

返回:

TopologyGroup --含有所选择的键合基团，即键、角、二面体、改性剂、尿素或环氧氯丙烷。
。。版本添加：：1.1.0

groupby(topattrs)

根据的值将此组中的项目组合在一起头像

参数:: topattrs (str or list) -- 用于对组件进行分组的一个或多个拓扑属性。单个参数作为字符串传递。多个参数作为列表传递。
返回:: 拓扑属性的多个组合的唯一值作为键，组作为值。
返回类型:: dict

示例

将相同质量的原子组合在一起：

>>> ag.groupby('masses')
{12.010999999999999: <AtomGroup with 462 atoms>,
 14.007: <AtomGroup with 116 atoms>,
 15.999000000000001: <AtomGroup with 134 atoms>}

要将具有相同残基名称和质量的原子组合在一起，请执行以下操作：

>>> ag.groupby(['resnames', 'masses'])
{('ALA', 1.008): <AtomGroup with 95 atoms>,
 ('ALA', 12.011): <AtomGroup with 57 atoms>,
 ('ALA', 14.007): <AtomGroup with 19 atoms>,
 ('ALA', 15.999): <AtomGroup with 19 atoms>},
 ('ARG', 1.008): <AtomGroup with 169 atoms>,
 ...}

>>> ag.groupby(['resnames', 'masses'])('ALA', 15.999)
 <AtomGroup with 19 atoms>

在 0.16.0 版本加入.

在 0.18.0 版本发生变更: 该函数接受多个属性

gyration_moments(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

旋转张量的力矩。

力矩定义为回转张量的特征值。

\[\mathsf{T} = \frac{1}{N} \sum_{i=1}^{N} (\mathbf{r}_\mathrm{i} - \mathbf{r}_\mathrm{COM})(\mathbf{r}_\mathrm{i} - \mathbf{r}_\mathrm{COM})\]

哪里 \(\mathbf{r}_\mathrm{COM}\) 是质心。

看见 [Dima2004a] 获取背景信息。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- 在展开过程中要保留在一起的组件类型。

返回:

principle_moments_of_gyration --中(化合物)基团的回转向量(S) \(Å^2\) 。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是长度为3的单个向量。否则，输出将是形状的2D数组 (n,3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 2.5.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

intersection(other)

既在这个组中又在另一个组中的一组元素

此方法删除重复元素并对结果进行排序。它与 & 接线员。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 具有以下共同元素的组 self 和 other ，没有重复的元素
返回类型:: Group

示例

当选择原子字符串变得太复杂时，可以使用交叉点。例如，要找到两个区段的4.0A以内的水原子：

>>> shell1 = u.select_atoms('resname SOL and around 4.0 segid 1')
>>> shell2 = u.select_atoms('resname SOL and around 4.0 segid 2')
>>> common = shell1 & shell2  # or shell1.intersection(shell2)

参见

union

在 0.16 版本加入.

is_strict_subset(other)

如果此组是另一个组的子集，但不相同

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: True 如果此组是另一个组的严格子集
返回类型:: bool

在 0.16 版本加入.

is_strict_superset(other)

如果此组是另一个组的超集，但不相同

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: True 如果这个组是另一个组的严格超集
返回类型:: bool

在 0.16 版本加入.

isdisjoint(other)

如果组中没有与其他组相同的元素

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: True 如果这两个组没有共同的元素
返回类型:: bool

在 0.16 版本加入.

issubset(other)

如果此组的所有元素都是其他组的一部分

请注意，空组是同一级别的任何组的子集。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: True 如果此组是另一个组的子集
返回类型:: bool

在 0.16 版本加入.

issuperset(other)

如果其他组的所有元素都是此组的一部分

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: True 如果此组是另一个组的子集
返回类型:: bool

在 0.16 版本加入.

property isunique

指示该组的所有组件是否唯一的布尔值，即该组不包含重复项。

示例

>>> ag = u.atoms[[2, 1, 2, 2, 1, 0]]
>>> ag
<AtomGroup with 6 atoms>
>>> ag.isunique
False
>>> ag2 = ag.unique
>>> ag2
<AtomGroup with 3 atoms>
>>> ag2.isunique
True

参见

asunique

在 0.19.0 版本加入.

property ix

集团中各成分股的唯一指数。

如果此组是 AtomGroup ，这些是该指数 Atom 实例。
如果它是一个 ResidueGroup ，这些是该指数 Residue 实例。
如果它是一个 SegmentGroup ，这些是该指数 Segment 实例。

property ix_array

集团中各成分股的唯一指数。

对于一个团队来说， ix_array 是否与 ix 。这种方法在组件和组之间提供了一致的API。

参见

ix

moment_of_inertia(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

相对于质心的转动惯量张量。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。相反，生成的质心位置向量将在计算后移动到主单元格。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算它们的中心和惯性张量之前被展开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional compound determines the behavior of wrap. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

moment_of_inertia --转动惯量张量为3x3数值数组。

返回类型:

numpy.ndarray

备注

转动惯量张量 \(\mathsf{{I}}\) 是为一组 \(N\) 具有坐标的原子 \(\mathbf{{r}}_i,\ 1 \le i \le N\) 相对于其质心的相对坐标

\[\mathbf{r}‘_i=\mathbf{r}_i-\frac{1}{\sum_{i=1}^{N}m_i}\sum_{i=1}^{N}m_i\mathbf{r}_i\]

作为

\[\mathsf{i}=\sum_{i=1}^{N}m_i\Big[(\mathbf{r}‘_i\cot\mathbf{r}’_i)\sum_{\pha=1}^{3} \HAT{\mathbf{e}}_\Alpha\oTimes\HAT{\mathbf{e}}_\Alpha-\mathbf{r}‘_i\oTimes\mathbf{r}’_i\Big]\]

哪里 \(\hat{{\mathbf{{e}}}}_\alpha\) 是笛卡尔单位向量，还是笛卡尔坐标

\[I_{\α，\beta}=\sum_{k=1}^{N}m_k \BIG(\BIG(\sum_{\Gamma=1}^3(x‘^{(K)}_{\Gamma})^2\BIG)\Delta_{\Alpha，\beta} -x‘^{(K)}_{\Alpha}x’^{(K)}_{\beta}\Big)。\]

哪里 \(x'^{{(k)}}_{{\alpha}}\) 是相对坐标的笛卡尔坐标 \(\mathbf{{r}}'_k\) 。

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 unwrap 参数

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property n_atoms

数量 Atoms 出现在这张图中 ResidueGroup ，包括重复残基(因此，重复原子)。

相当于 len(self.atoms) 。

property n_residues

土壤中残留物的数量 ResidueGroup 。

相当于 len(self) 。

property n_segments

ResidueGroup中存在的唯一段数。

相当于 len(self.segments) 。

omega_selections(c_name='C', n_name='N', ca_name='CA')

选择与omega蛋白质骨架二面体CA-C-N‘-CA’相对应的原子基团列表。

Omega描述的是-C-N-肽键。通常，它是反式的(180度)，尽管偶尔也会观察到顺式键(0度)(特别是在Pro附近)。

参数:

c_name (str (optional)) -- 主链C原子的名称
n_name (str (optional)) -- 主链N原子的名称
ca_name (str (optional)) -- α-碳原子的名称

返回:

原子组列表 --按正确顺序选择4个原子。如果在先前的残留物(通过残留物)中没有找到C‘，则列表中的对应项为 None 。
。。添加的版本：：1.0.0

备注

这要求底层拓扑具有名称。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

pack_into_box(box=None, inplace=True)

全部移位 Atoms 在这一组中到主单位单元。

参数:

box (array_like) -- 长方体尺寸，可以是正交信息，也可以是三斜信息。单元格维度的格式必须与返回的格式相同 MDAnalysis.coordinates.timestep.Timestep.dimensions ， [lx, ly, lz, alpha, beta, gamma] 。如果 None ，使用这些时间步长维度。
inplace (bool) -- True 改变坐标的位置。

返回:

余弦 --原子坐标移位。

返回类型:

numpy.ndarray

备注

所有原子都将被移动，以使它们位于0到盒长度之间 \(L_i\) 在所有维度中，即模拟框的左下角被视为位于(0，0，0)：

\[X_i‘=x_i-\Left\lFloor\Frc{x_i}{L_i}\Right\r Floor\]

默认情况下，从基础的 Timestep 举个例子。可选参数 box 可用于提供替代像元信息(采用MDAnalysis标准格式 [Lx, Ly, Lz, alpha, beta, gamma] )。

适用于正交或三斜长方体类型。

备注

pack_into_box() 等同于 wrap() 使用所有默认关键字。

备注

AtomGroup.pack_into_box() 当前的速度比 ResidueGroup.pack_into_box() 或 SegmentGroup.pack_into_box() 。

在 0.8 版本加入.

phi_selections(c_name='C', n_name='N', ca_name='CA')

选择与Phi蛋白骨架二面体C‘-N-CA-C相对应的原子基团列表。

参数:

c_name (str (optional)) -- 主链C原子的名称
n_name (str (optional)) -- 主链N原子的名称
ca_name (str (optional)) -- α-碳原子的名称

返回:

原子组列表 --按正确顺序选择4个原子。如果在先前的残留物(通过READ)中没有找到C‘，则列表中的对应项为 None 。
。。添加的版本：：1.0.0

备注

这要求底层拓扑具有名称。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

principal_axes(wrap=False)

根据转动惯量计算主轴。

E1，e2，e3=原子组.主体_轴()

特征向量按特征值排序，即第一个对应于最高特征值，因此是第一主轴。

特征向量构成右手坐标系。

参数:: wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]
返回:: axis_vectors --3 x 3阵列，带 v[0] 作为第一个， v[1] 作为第二名，以及 v[2] 作为第三特征向量。
返回类型:: array

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 1.0.0 版本发生变更: 始终在右手惯例中返回主轴。

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

psi_selections(c_name='C', n_name='N', ca_name='CA')

选择与psi蛋白质骨架二面体N-CA-C-N‘相对应的原子基团列表。

参数:

c_name (str (optional)) -- 主链C原子的名称
n_name (str (optional)) -- 主链N原子的名称
ca_name (str (optional)) -- α-碳原子的名称

返回:

原子组列表 --按正确顺序选择4个原子。如果在下面的残留物中找不到N‘(通过残留物)，则列表中的对应项目为 None 。
。。添加的版本：：1.0.0

备注

这要求底层拓扑具有名称。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

quadrupole_moment(**kwargs)

基团的四极矩 [Gray1984] 。

\[Q = \sqrt{\frac{2}{3}{\hat{\mathsf{Q}}}:{\hat{\mathsf{Q}}}}\]

其中，四极矩是由无迹四极张量的张量双重收缩计算的 \(\hat{\mathsf{Q}}\)

计算四极矩 Atoms 在这群人中。四极PER Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

注意，当分子或基团中有一个不对称的平面时，四极矩的大小取决于 center 已选择且无法翻译。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If 'group', a single quadrupole value returns. Otherwise, an array of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 1d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.
center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。

返回:

群的(化合物)的四极矩(S) \(eÅ^2\) 。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组 (n,) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 2.4.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

quadrupole_tensor(wrap=False, unwrap=False, compound='group', center='mass')

基团或化合物的无迹四极张量。

这个张量首先被计算为从参考点到某个原子的矢量的外积，然后乘以原子电荷。然后将每个原子的张量相加，以产生该群的四极张量：

\[\mathsf{Q} = \sum_{i=1}^{N} q_{i} ( \mathbf{r}_{i} - \mathbf{r}_{COM} ) \otimes ( \mathbf{r}_{i} - \mathbf{r}_{COM} )\]

无迹四极张量， \(\hat{\mathsf{Q}}\) ，然后取自：

\[\hat{\mathsf{Q}} = \frac{3}{2} \mathsf{Q} - \frac{1}{2} tr(\mathsf{Q})\]

计算四极张量 Atoms 在这群人中。张量PER Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

请注意，当分子或基团中存在不对称平面时，四极张量的大小取决于 center (例如， \(\mathbf{r}_{COM}\) )，并且不能翻译。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If 'group', a single quadrupole value returns. Otherwise, an array of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 1d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.
center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。

返回:

群的(化合物)的四极张量(S) \(eÅ^2\) 。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是形状的单个张量 (3,3) 。否则，输出将是一维形状数组 (n,3,3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 2.4.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

radius_of_gyration(wrap=False, **kwargs)

回转半径。

参数:: wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property residues

这个 ResidueGroup 它本身。

参见

copy: 返回一个真实的 ResidueGroup

在 0.19.0 版本发生变更: 在以前的版本中，这返回一个副本，但现在 ResidueGroup 本身被返回。这应该不会影响任何代码，但只会加快计算速度。

rotate(R, point=(0, 0, 0))

应用旋转矩阵 R 设置为选定的坐标。 \(\mathsf{{R}}\) 是一个3x3正交矩阵，它将向量 \(\mathbf{{x}} \rightarrow \mathbf{{x}}'\) ：

\[\mathbf{x}‘=\mathsf{R}\mathbf{x}\]

Atom 坐标将进行在位旋转。

参数:

R (array_like) -- 3x3旋转矩阵
point (array_like, optional) -- 旋转中心

返回类型:

self

备注

默认情况下，绕原点旋转 point=(0, 0, 0) 。旋转组的步骤 g 围绕其几何体中心，使用 g.rotate(R, point=g.center_of_geometry()) 。

参见

rotateby: 绕给定轴和角度旋转
MDAnalysis.lib.transformations: 所有坐标变换的模

rotateby(angle, axis, point=None)

对选区的坐标应用旋转。

参数:

angle (float) -- 以度为单位的旋转角度。
axis (array_like) -- 旋转轴向量。
point (array_like, optional) -- 旋转中心。如果 None 然后使用该组的几何中心。

返回类型:

self

备注

从当前坐标的变换 \(\mathbf{{x}}\) 到新的坐标 \(\mathbf{{x}}'\) 是

\[\mathbf{x}‘=\mathsf{R}\，(\mathbf{x}-\mathbf{p})+\mathbf{p}\]

哪里 \(\mathsf{{R}}\) 是按以下方式旋转 angle 围绕着 axis 正在通过 point \(\mathbf{{p}}\) 。

参见

MDAnalysis.lib.transformations.rotation_matrix

calculate: 数学：mathsf{R}

property segments: 整理好 SegmentGroup 中存在的唯一段的 ResidueGroup 。

sequence(**kwargs)

返回氨基酸序列。

使用关键字选择序列的格式 格式化 ：

格式化	描述
‘SeqRecord’	`Bio.SeqRecord.SeqRecord` (默认)
“序号”	`Bio.Seq.Seq`
‘字符串’	字符串

默认情况下返回序列(关键字 format = 'SeqRecord' )作为 Bio.SeqRecord.SeqRecord 实例，然后可以对其进行进一步处理。在本例中，所有关键字参数(如 id 字符串或 name 或者描述 )被直接传递到 Bio.SeqRecord.SeqRecord 。

如果关键字 格式化 设置为 'Seq' ，全部 科瓦格人 被忽略，并且一个 Bio.Seq.Seq 实例返回。与记录的不同之处在于，记录还包含元数据，并可直接用作中其他函数的输入 Bio 。

如果关键字 格式化 设置为 'string' ，全部 科瓦格人 将被忽略，并返回一个Python字符串。

示例：写入FASTA文件

使用 Bio.SeqIO.write() ，它接受序列记录：：

import Bio.SeqIO

# get the sequence record of a protein component of a Universe
protein = u.select_atoms("protein")
record = protein.sequence(id="myseq1", name="myprotein")

Bio.SeqIO.write(record, "single.fasta", "fasta")

具有多个条目的FASTA文件可以写为：：

Bio.SeqIO.write([record1, record2, ...], "multi.fasta", "fasta")

参数:

format (string, optional) --
- "string" ：以1个字母的代码字符串形式返回序列
- "Seq" ：返回 Bio.Seq.Seq 实例
- "SeqRecord" ：返回 Bio.SeqRecord.SeqRecord 实例
默认值为 "SeqRecord"
id (optional) -- SeqRecord的序列ID(对于不同的序列应该不同)
name (optional) -- 蛋白质的名称。
description (optional) -- 序列的简短描述。
kwargs (optional) -- 类可以理解的任何其他关键字参数：Bio.SeqRecord.SeqRecord。

抛出:

ValueError --
1-letter IUPAC protein amino acid code; make sure to only --
select protein residues. --
TypeError --

在 0.9.0 版本加入.

备注

这需要对底层拓扑进行重命名。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

shape_parameter(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

形状参数。

看见 [Dima2004a] 获取背景信息。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- 在展开过程中要保留在一起的组件类型。

在 0.7.7 版本加入.

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。多余的粗鲁人被移除了。

在 2.5.0 版本发生变更: 添加了对任何 compound 类型

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

subtract(other)

使用此组中未出现在其他组中的元素进行分组

该组的原始顺序以及任何重复的元素都将保留。如果此组中的某个元素被复制并出现在其他组或组件中，则该元素的所有匹配项都将从返回的组中删除。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 具有以下元素的组 self 不在其中的 other ，保持秩序和重复。
返回类型:: Group

示例

不像 difference() 此方法不会对重复项进行排序或删除。

>>> ag1 = u.atoms[[3, 3, 2, 2, 1, 1]]
>>> ag2 = u.atoms[2]
>>> ag3 = ag1 - ag2  # or ag1.subtract(ag2)
>>> ag1.indices
array([3, 3, 1, 1])

参见

concatenate, difference

在 0.16 版本加入.

symmetric_difference(other)

仅属于这一组或另一组中的一组元素

此方法删除重复的元素，并对结果进行排序。它是与 ^ 接线员。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 使用中的元素分组 self 或在 other 但不是在两者中，没有重复的元素
返回类型:: Group

示例

>>> ag1 = u.atoms[[0, 1, 5, 3, 3, 2]]
>>> ag2 = u.atoms[[4, 4, 6, 2, 3, 5]]
>>> ag3 = ag1 ^ ag2  # or ag1.symmetric_difference(ag2)
>>> ag3.indices  # 0 and 1 are only in ag1, 4 and 6 are only in ag2
[0, 1, 4, 6]

参见

difference

在 0.16 版本加入.

total_charge(compound='group')

该族(化合物)的总电荷。

计算的总费用 Atoms 在这群人中。每项收费合计 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

参数:: compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional If 'group', the total charge of all atoms in the group will be returned as a single value. Otherwise, the total charges per Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as a 1d array. Note that, in any case, only the charges of Atoms belonging to the group will be taken into account.
返回:: 该族(化合物)的总电荷。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组 (n,) 哪里 n 是化合物的数量。
返回类型:: float or numpy.ndarray

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

total_mass(compound='group')

该族(化合物)的总质量。

计算行星的总质量 Atoms 在这群人中。每单位总质量 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

参数:: compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional If 'group', the total mass of all atoms in the group will be returned as a single value. Otherwise, the total masses per Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as a 1d array. Note that, in any case, only the masses of Atoms belonging to the group will be taken into account.
返回:: 该族(化合物)的总质量。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组 (n,) 哪里 n 是化合物的数量。
返回类型:: float or numpy.ndarray

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

transform(M)

应用齐次变换矩阵 M 到坐标。

Atom 坐标将进行旋转和在位平移。

参数:: M (array_like) -- 4x4矩阵，带旋转 R = M[:3, :3] 和中的翻译 t = M[:3, 3] 。
返回类型:: self

参见

MDAnalysis.lib.transformations: 所有坐标变换的模

备注

轮换 \(\mathsf{{R}}\) 是关于原点的，并在翻译之前应用 \(\mathbf{{t}}\) ：

\[\mathbf{x}‘=\mathsf{R}\mathbf{x}+\mathbf{t}\]

translate(t)

应用平移向量 t 设置为选定的坐标。

Atom 坐标将进行在位转换。

参数:: t (array_like) -- 要用来转换坐标的矢量
返回类型:: self

参见

MDAnalysis.lib.transformations: 所有坐标变换的模

备注

该方法将翻译应用于 AtomGroup 从当前坐标 \(\mathbf{{x}}\) 到新的坐标 \(\mathbf{{x}}'\) ：

\[\mathbf{x}‘=\mathbf{x}+\mathbf{t}\]

union(other)

此组或另一组中的元素组

与串联相反，此方法对元素进行排序并删除重复的元素。它与 | 接线员。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 具有以下组合元素的组 self 和 other ，没有重复的元素
返回类型:: Group

示例

与之形成鲜明对比的是 concatenate() ，则丢弃所有重复项，并对结果进行排序。

>>> ag1 = u.select_atoms('name O')
>>> ag2 = u.select_atoms('name N')
>>> ag3 = ag1 | ag2  # or ag1.union(ag2)
>>> ag3[:3].names
array(['N', 'O', 'N'], dtype=object)

参见

concatenate, intersection

在 0.16 版本加入.

property unique

返回一个 ResidueGroup 包含已排序和唯一的 Residues 只有这样。

示例

>>> rg = u.residues[[2, 1, 2, 2, 1, 0]]
>>> rg
<ResidueGroup with 6 residues>
>>> rg.ix
array([2, 1, 2, 2, 1, 0])
>>> rg2 = rg.unique
>>> rg2
<ResidueGroup with 3 residues>
>>> rg2.ix
array([0, 1, 2])
>>> rg2.unique is rg2
False

在 0.16.0 版本加入.

在 0.19.0 版本发生变更: 如果 ResidueGroup 已经是独一无二的 ResidueGroup.unique 现在返回组本身，而不是副本。

在 2.0.0 版本发生变更: 现在，此函数始终返回副本。

property universe: 潜在的 Universe 该组织所属的。

unwrap(compound='fragments', reference='com', inplace=True)

移动这个基团的原子，这样该基团化合物中的键就不会跨越周期边界分裂。

当原子被填充到初级单胞中，导致分子中间断裂时，这种功能最有用，然后分子出现在单胞的两边。这对于计算分子的质心等操作是有问题的。**

+-----------+       +-----------+
|           |       |           |
| 6       3 |       |         3 | 6
| !       ! |       |         ! | !
|-5-8   1-2-|  ==>  |       1-2-|-5-8
| !       ! |       |         ! | !
| 7       4 |       |         4 | 7
|           |       |           |
+-----------+       +-----------+

参数:

compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- ‘Fragments’}，可选要解开哪种类型的化合物。注意，在任何情况下，每个化合物中的所有原子都必须通过键相互连接，即化合物必须对应于分子(的一部分)。
reference ({'com', 'cog', None}, optional) -- 如果 'com' (质心)或 'cog' (几何中心)，展开的化合物将被移位，以便它们的单独参考点位于主单元格内。如果 None ，则不执行这样的移位。
inplace (bool, optional) -- 如果 True ，坐标将被原地修改。

返回:

余弦 --展开的原子坐标形状数组 (n, 3) 。

返回类型:

numpy.ndarray

抛出:

NoDataError -- 如果 compound 是 'molecules' 但基本的拓扑结构不包含分子信息，或者如果 reference 是 'com' 但该拓扑不包含体量。
ValueError -- 如果 reference 不是 'com' ， 'cog' ，或 None ，或者如果 reference 是 'com' 以及任何物体的总质量 compound 是零。

备注

请注意，只有原子才能 属于这个团体 将会被解开！如果要展开整个分子，请确保这些分子中的所有原子都是该群的一部分。包含群中所有碎片的所有原子的原子群 ag 可以使用以下命令创建：

all_frag_atoms = sum(ag.fragments)

参见

make_whole(), wrap(), pack_into_box(), apply_PBC()

在 0.20.0 版本加入.

wrap(compound='atoms', center='com', box=None, inplace=True)

根据周期性边界条件，将该组的内容移回到主单元格中。

指定一个 compound 将保留 Atoms 在这个过程中，每一种化合物都会结合在一起。如果 compound 不同于 'atoms' ，每个化合物作为一个整体将被移位，以便其 center 位于主单元格内。

参数:

compound ({'atoms', 'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional Which type of compound to keep together during wrapping. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.
center ({'com', 'cog'}) -- 如何定义一组给定原子的中心。如果 compound 是 'atoms' ，则此参数没有意义，因此被忽略。
box (array_like, optional) -- 系统的单位单元尺寸，可以是正交的或三斜的，并且必须以与返回的相同格式提供 MDAnalysis.coordinates.timestep.Timestep.dimensions ： [lx, ly, lz, alpha, beta, gamma] 。如果 None ，使用当前时间点的维度。
inplace (bool, optional) -- 如果 True ，坐标将更改到位。

返回:

Dtype的包裹原子坐标数组 np.float32 和形状 (len(self.atoms.n_atoms), 3)

返回类型:

numpy.ndarray

抛出:

ValueError -- 如果 compound 不是 'atoms' ， 'group' ， 'segments' ， 'residues' ， 'molecules' ，或 'fragments' 。
NoDataError -- 如果 compound 是 'molecule' 但拓扑结构不包含分子信息(分子数)，或者如果 compound 是 'fragments' 但该拓扑不包含键，或者如果 center 是 'com' 但拓扑图中并不包含质量。

备注

该基团的所有原子都将移动，使其化合物的中心位于初级周期图像内。对于正交单胞，主周期像被定义为半开区间 \([0,L_i)\) 之间 \(0\) 和方框长度 \(L_i\) 在所有维度中 \(i\in\{{x,y,z\}}\) 即，模拟框的原点被视为在原点处 \((0,0,0)\) 欧几里得坐标系的。一个复合中心驻留在 \(x_i\) 在维度上 \(i\) 将转移到 \(x_i'\) 根据

\[X_i‘=x_i-\Left\lFloor\Frc{x_i}{L_i}\Right\rFloor\，.\]

在指定 compound ，平移是基于每个化合物来计算的。同样的平移适用于该化合物中的所有原子，这意味着它不会被位移打破。然而，这可能意味着化合物的所有原子在包裹后并不都在单胞内，而是化合物的中心。请注意，只有原子才能 属于这个团体 都会被考虑进去的！

center 允许定义如何计算每组的中心。这可以是 'com' 对于质心，或 'cog' 表示几何图形的中心。

box 允许为转换提供单位单元格。如果未指定，则 dimensions 来自当前的信息 Timestep 将会被使用。

备注

AtomGroup.wrap() 当前的速度比 ResidueGroup.wrap() 或 SegmentGroup.wrap() 。

参见

pack_into_box(), unwrap(), MDAnalysis.lib.distances.apply_PBC()

在 0.9.2 版本加入.

在 0.20.0 版本发生变更: 这种方法只作用于原子。 属于这个团体 并将换行位置作为 numpy.ndarray 。添加了可选参数 inplace 。

class MDAnalysis.core.groups.SegmentGroup(*args, **kwargs)[源代码]

SegmentGroup 基类。

此类由一个 Universe 用于生成特定于其拓扑的 SegmentGroup 班级。所有的 TopologyAttr 组件从以下位置获得 GroupBase ，因此此类仅包含特定于 SegmentGroups 。

SegmentGroups 可以使用组运算符进行比较和组合。上查看这些运算符的列表 GroupBase 。

自 0.16.2 版本弃用: 即时选择器 的数据段将在1.0版本中删除。

在 1.0.0 版本发生变更: 已删除即时选择器，改用SELECT_ATOMERS

在 2.1.0 版本发生变更: 使用为SegmentGroup编制索引 None 引发了一个 TypeError 。

accumulate(attribute, function=<function sum>, compound='group')

累加与组相关联的属性(组的化合物)。

累积的属性 Atoms 在这群人中。每一个人的累积 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。默认情况下，该方法对每个复合体的所有属性求和，但可以使用任何接受数组并返回给定轴上的累积的函数。对于多维输入阵列，沿着第一轴执行累加。

参数:

attribute (str or array_like) -- 要累加的属性或值数组。如果一个 numpy.ndarray (或相容的)，则其第一维度必须与该群中的原子总数具有相同的长度。
function (callable, optional) -- 执行累加的函数。它必须将要累积的属性值数组作为其唯一位置参数，并接受(可选)关键字参数 axis 从而允许指定沿其执行累加的轴。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional If 'group', the accumulation of all attributes associated with atoms in the group will be returned as a single value. Otherwise, the accumulation of the attributes per Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as a 1d array. Note that, in any case, only the Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

针灸的针灸 attribute 。如果 compound 设置为 'group' 的第一个维度。 attribute 数组将收缩为单个值。如果 compound 设置为 'segments' ， 'residues' ， 'molecules' ，或 'fragments' ，第一维的长度将对应于化合物的数量。在所有情况下，返回的数组的其他维度都将是原始形状(不包括第一个维度)。

返回类型:

float or numpy.ndarray

抛出:

ValueError -- 如果提供的长度为 attribute 数组与组中的原子数不对应。
ValueError -- 如果 compound 不是 'group' ， 'segments' ， 'residues' ， 'molecules' ，或 'fragments' 。
NoDataError -- 如果 compound 是 'molecule' 但拓扑不包含分子信息(分子数)，或者如果 compound 是 'fragments' 但这种拓扑结构并不包含键。

示例

求出给定的总电荷量 AtomGroup ：：

>>> sel = u.select_atoms('prop mass > 4.0')
>>> sel.accumulate('charges')

求出所有CA的每残基总质量 Atoms ：：

>>> sel = u.select_atoms('name CA')
>>> sel.accumulate('masses', compound='residues')

找出给定的每个碎片的最大原子电荷 AtomGroup ：：

>>> sel.accumulate('charges', compound="fragments", function=np.max)

在 0.20.0 版本加入.

align_principal_axis(axis, vector)

将主轴与索引对齐 axis 使用 vector 。

参数:

axis ({0, 1, 2}) -- 主轴的索引(0、1或2)，由 principal_axes() 。
vector (array_like) -- 要与主轴对齐的矢量。

备注

要对齐通道的长轴(第一主轴，即 axis =0)与z轴：：

u.atoms.align_principal_axis(0, [0,0,1])
u.atoms.write("aligned.pdb")

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

asphericity(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

非球形性。

看见 [Dima2004b] 获取背景信息。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- 在展开过程中要保留在一起的组件类型。

在 0.7.7 版本加入.

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加展开和 化合物 参数

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

在 2.5.0 版本发生变更: 添加了对任何 compound 类型

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

asunique(sorted=False)[源代码]

返回一个 SegmentGroup 包含唯一 Segments 仅限，具有可选排序。

如果 SegmentGroup 是独一无二的，这就是群体本身。

参数:: sorted (bool (optional)) -- 返回的SegmentGroup是否应按SegIndex排序。
返回:: 独一 SegmentGroup
返回类型:: SegmentGroup

示例

>>> sg = u.segments[[2, 1, 2, 2, 1, 0]]
>>> sg
<SegmentGroup with 6 segments>
>>> sg.ix
array([2, 1, 2, 2, 1, 0])
>>> sg2 = sg.asunique()
>>> sg2
<SegmentGroup with 3 segments>
>>> sg2.ix
array([0, 1, 2])
>>> sg2.asunique() is sg2
True

在 2.0.0 版本加入.

property atoms

一个 AtomGroup 的 Atoms 出现在这张图中 SegmentGroup 。

这个 Atoms 按以下方式本地订购 Residue ，由以下人员进一步订购 Segment 在 SegmentGroup 。副本是 not 已删除。

bbox(wrap=False)

返回所选内容的边框。

该正交框的长度A、B、C为：

L = AtomGroup.bbox()
A,B,C = L[1] - L[0]

参数:: wrap (bool, optional) -- 如果 True ，全部移动 Atoms 到计算前的主单位单元格。 [False]
返回:: 转角 --2x3数组，将边框的角点指定为 [[xmin, ymin, zmin], [xmax, ymax, zmax]] 。
返回类型:: numpy.ndarray

在 0.7.2 版本加入.

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 1.0.0 版本发生变更: 删除了影响默认行为的标志

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

property bfactors: 带有警告的B因子别名

备注

这要求底层拓扑具有临时因素。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

bsphere(wrap=False)

返回所选内容的边界球体。

球体是相对于 center of geometry 。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。 [False]

返回:

R ( 浮动 )--边界球体的半径。
居中 ( numpy.ndarray )-球体中心的坐标为 [xcen, ycen, zcen] 。

在 0.7.3 版本加入.

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

center(weights, wrap=False, unwrap=False, compound='group')

群的(化合物)的加权中心

计算的加权中心 Atoms 在这群人中。每个加权中心数 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。如果一个复合体的权重和为零，则该复合体的权重中心的坐标将为 nan (不是一个数字)。

参数:

weights (array_like or None) -- 要使用的权重。设置 weights=None 相当于为群中的所有原子传递相同的权重。
wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 'group' 每个化合物的中心将在不移动任何 Atoms 以保持化合物的完整性。相反，生成的位置向量将在计算后移动到主单位单元格。默认 [False] 。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- If 'group', the weighted center of all atoms in the group will be returned as a single position vector. Else, the weighted centers of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

居中 --组的加权中心的位置向量。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个位置向量。如果 compound 设置为 'segments' ， 'residues' ， 'molecules' ，或 'fragments' ，则输出将是二维形状数组 (n, 3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

抛出:

ValueError -- 如果 compound 不是 'group' ， 'segments' ， 'residues' ， 'molecules' ，或 'fragments' 。
ValueError -- 如果‘WRAP’和‘UNWRAP’都设置为TRUE。
NoDataError -- 如果 compound 是 'molecule' 但拓扑结构不包含分子信息(分子数)，或者如果 compound 是 'fragments' 但这种拓扑结构并不包含键。

示例

找出一个给定的电荷中心 AtomGroup ：：

>>> sel = u.select_atoms('prop mass > 4.0')
>>> sel.center(sel.charges)

求出所有CA的每个残基的质心 Atoms ：：

>>> sel = u.select_atoms('name CA')
>>> sel.center(sel.masses, compound='residues')

在 0.19.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 'molecules' 和 'fragments' 化合物

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 unwrap 参数

在 1.0.0 版本发生变更: 删除了影响默认行为的标志

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

center_of_charge(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

基团(化合物)的(绝对)电荷中心

\[\boldsymbol R = \frac{\sum_i \vert q_i \vert \boldsymbol r_i} {\sum_i \vert q_i \vert}\]

哪里 \(q_i\) 就是指控和 \(\boldsymbol r_i\) 原子的位置 \(i\) 在给定的情况下 MDAnalysis.core.groups.AtomGroup 。每个收费中心 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。如果化合物的电荷之和为零，则该化合物的质心坐标为 nan (不是一个数字)。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。相反，生成的质心位置向量将在计算后移动到主单元格。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If 'group', the center of mass of all atoms in the group will be returned as a single position vector. Otherwise, the centers of mass of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

center --集团负责中锋(S)位置向量(S)。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是单个位置向量。如果 compound 被设置为 'segments' 或 'residues' ，则输出将是形状的二维坐标数组 (n, 3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

备注

只有当底层拓扑具有有关原子电荷的信息时，才能访问此方法。

在 2.2.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

center_of_geometry(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

群的(化合物)的几何中心

\[\boldsymbol R = \frac{\sum_i \boldsymbol r_i}{\sum_i 1}\]

哪里 \(\boldsymbol r_i\) 的 Atoms \(i\) 。每个几何图形的中心 Residue 或Per Segment 可以通过设置 compound 相应的参数。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 是 'segments' 或 'residues' ，将计算每个化合物的中心，而不移动任何 Atoms 以保持化合物的完整性。相反，生成的位置向量将在计算后移动到主单位单元格。默认为FALSE。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- If 'group', the center of geometry of all Atoms in the group will be returned as a single position vector. Else, the centers of geometry of each Segment or Residue will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

居中 --组几何中心的位置向量。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个位置向量。如果 compound 设置为 'segments' 或 'residues' ，则输出将是二维形状数组 (n, 3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 0.19.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 'molecules' 和 'fragments' 化合物

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 unwrap 参数

在 1.0.0 版本发生变更: 删除了影响默认行为的标志

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

center_of_mass(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

基团(化合物)的质心

\[\boldsymbol R = \frac{\sum_i m_i \boldsymbol r_i}{\sum m_i}\]

哪里 \(m_i\) 是质量和质量 \(\boldsymbol r_i\) 原子的位置 \(i\) 在给定的情况下 MDAnalysis.core.groups.AtomGroup 。每个质心 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。如果化合物的质量之和为零，则该化合物的质心坐标为 nan (不是一个数字)。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。相反，生成的质心位置向量将在计算后移动到主单元格。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional If 'group', the center of mass of all atoms in the group will be returned as a single position vector. Otherwise, the centers of mass of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

居中 --群质心的位置向量。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个位置向量。如果 compound 设置为 'segments' 或 'residues' ，则输出将是形状的二维坐标数组 (n, 3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

备注

只有当底层拓扑具有有关原子质量的信息时，才能访问此方法。

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 参数

在 0.19.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 'molecules' 和 'fragments' 化合物；添加 unwrap 参数

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

centroid(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

群的(化合物)的几何中心

\[\boldsymbol R = \frac{\sum_i \boldsymbol r_i}{\sum_i 1}\]

哪里 \(\boldsymbol r_i\) 的 Atoms \(i\) 。每个几何图形的中心 Residue 或Per Segment 可以通过设置 compound 相应的参数。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 是 'segments' 或 'residues' ，将计算每个化合物的中心，而不移动任何 Atoms 以保持化合物的完整性。相反，生成的位置向量将在计算后移动到主单位单元格。默认为FALSE。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- If 'group', the center of geometry of all Atoms in the group will be returned as a single position vector. Else, the centers of geometry of each Segment or Residue will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

居中 --组几何中心的位置向量。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个位置向量。如果 compound 设置为 'segments' 或 'residues' ，则输出将是二维形状数组 (n, 3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 0.19.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 'molecules' 和 'fragments' 化合物

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 unwrap 参数

在 1.0.0 版本发生变更: 删除了影响默认行为的标志

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

concatenate(other)

与同一级别的另一个组或组件串联。

保留重复条目和原始顺序。它与 + 接线员。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 具有以下元素的群 self 和 other 串接在一起
返回类型:: Group

示例

执行串联时保留原始内容(包括副本)的顺序。

>>> ag1 = u.select_atoms('name O')
>>> ag2 = u.select_atoms('name N')
>>> ag3 = ag1 + ag2  # or ag1.concatenate(ag2)
>>> ag3[:3].names
array(['O', 'O', 'O'], dtype=object)
>>> ag3[-3:].names
array(['N', 'N', 'N'], dtype=object)

在 0.16.0 版本加入.

copy(): 找另一组和这组一模一样的。

在 0.19.0 版本加入.

difference(other)

此组中未出现在其他组中的元素

此方法删除重复元素并对结果进行排序。因此，它不同于 subtract() 。 difference() 是与 - 接线员。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 具有以下元素的组 self 不在其中的 other ，没有重复的元素
返回类型:: Group

参见

subtract, symmetric_difference

在 0.16 版本加入.

property dimensions: 获取当前加载的时间步长的维度副本

dipole_moment(**kwargs)

基团或基团中化合物的偶极矩。

\[\mu = |\boldsymbol{\mu}| = \sqrt{ \sum_{i=1}^{D} \mu^2 }\]

哪里 \(D\) 是维度的数量，在本例中为3。

计算分子的偶极矩 Atoms 在这群人中。偶极子PER Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

请注意，当有净电荷时，偶极矩的大小取决于 center 被选中了。看见 dipole_vector() 。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If 'group', a single dipole vector returns. Otherwise, an array of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.
center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。

返回:

群的(化合物)的偶极矩(S) \(eÅ\) 。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组 (n,) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 2.4.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

dipole_vector(wrap=False, unwrap=False, compound='group', center='mass')

群的偶极向量。

\[\boldsymbol{\mu} = \sum_{i=1}^{N} q_{i} ( \mathbf{r}_{i} - \mathbf{r}_{COM} )\]

计算的偶极向量 Atoms 在这群人中。偶极向量PER Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

请注意，偶极矩的大小与 center 除非该物种有净电荷，否则选择。在带电基团的情况下，偶极矩稍后可以通过以下方式进行调整：

\[\boldsymbol{\mu}_{COC} = \boldsymbol{\mu}_{COM} + q_{ag}\mathbf{r}_{COM} - q_{ag}\boldsymbol{r}_{COC}\]

哪里 \(\mathbf{r}_{COM}\) 是质心， \(\mathbf{r}_{COC}\) 是指控的中心。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If 'group', a single dipole vector returns. Otherwise, an array of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.
center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。

返回:

群的(化合物)的偶极向量(S) \(eÅ\) 。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组 (n,3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 2.4.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

get_connections(typename, outside=True)

将原子之间的键合连接作为 TopologyGroup 。

参数:

typename (str) -- 组名称。{“债券”、“角度”、“二面体”、“改进”、“reybradleys”、“cmap”中的一项}
outside (bool (optional)) -- 是否包括涉及该组之外的原子的连接。

返回:

TopologyGroup --含有所选择的键合基团，即键、角、二面体、改性剂、尿素或环氧氯丙烷。
。。版本添加：：1.1.0

groupby(topattrs)

根据的值将此组中的项目组合在一起头像

参数:: topattrs (str or list) -- 用于对组件进行分组的一个或多个拓扑属性。单个参数作为字符串传递。多个参数作为列表传递。
返回:: 拓扑属性的多个组合的唯一值作为键，组作为值。
返回类型:: dict

示例

将相同质量的原子组合在一起：

>>> ag.groupby('masses')
{12.010999999999999: <AtomGroup with 462 atoms>,
 14.007: <AtomGroup with 116 atoms>,
 15.999000000000001: <AtomGroup with 134 atoms>}

要将具有相同残基名称和质量的原子组合在一起，请执行以下操作：

>>> ag.groupby(['resnames', 'masses'])
{('ALA', 1.008): <AtomGroup with 95 atoms>,
 ('ALA', 12.011): <AtomGroup with 57 atoms>,
 ('ALA', 14.007): <AtomGroup with 19 atoms>,
 ('ALA', 15.999): <AtomGroup with 19 atoms>},
 ('ARG', 1.008): <AtomGroup with 169 atoms>,
 ...}

>>> ag.groupby(['resnames', 'masses'])('ALA', 15.999)
 <AtomGroup with 19 atoms>

在 0.16.0 版本加入.

在 0.18.0 版本发生变更: 该函数接受多个属性

gyration_moments(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

旋转张量的力矩。

力矩定义为回转张量的特征值。

\[\mathsf{T} = \frac{1}{N} \sum_{i=1}^{N} (\mathbf{r}_\mathrm{i} - \mathbf{r}_\mathrm{COM})(\mathbf{r}_\mathrm{i} - \mathbf{r}_\mathrm{COM})\]

哪里 \(\mathbf{r}_\mathrm{COM}\) 是质心。

看见 [Dima2004a] 获取背景信息。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- 在展开过程中要保留在一起的组件类型。

返回:

principle_moments_of_gyration --中(化合物)基团的回转向量(S) \(Å^2\) 。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是长度为3的单个向量。否则，输出将是形状的2D数组 (n,3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 2.5.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

intersection(other)

既在这个组中又在另一个组中的一组元素

此方法删除重复元素并对结果进行排序。它与 & 接线员。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 具有以下共同元素的组 self 和 other ，没有重复的元素
返回类型:: Group

示例

当选择原子字符串变得太复杂时，可以使用交叉点。例如，要找到两个区段的4.0A以内的水原子：

>>> shell1 = u.select_atoms('resname SOL and around 4.0 segid 1')
>>> shell2 = u.select_atoms('resname SOL and around 4.0 segid 2')
>>> common = shell1 & shell2  # or shell1.intersection(shell2)

参见

union

在 0.16 版本加入.

is_strict_subset(other)

如果此组是另一个组的子集，但不相同

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: True 如果此组是另一个组的严格子集
返回类型:: bool

在 0.16 版本加入.

is_strict_superset(other)

如果此组是另一个组的超集，但不相同

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: True 如果这个组是另一个组的严格超集
返回类型:: bool

在 0.16 版本加入.

isdisjoint(other)

如果组中没有与其他组相同的元素

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: True 如果这两个组没有共同的元素
返回类型:: bool

在 0.16 版本加入.

issubset(other)

如果此组的所有元素都是其他组的一部分

请注意，空组是同一级别的任何组的子集。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: True 如果此组是另一个组的子集
返回类型:: bool

在 0.16 版本加入.

issuperset(other)

如果其他组的所有元素都是此组的一部分

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: True 如果此组是另一个组的子集
返回类型:: bool

在 0.16 版本加入.

property isunique

指示该组的所有组件是否唯一的布尔值，即该组不包含重复项。

示例

>>> ag = u.atoms[[2, 1, 2, 2, 1, 0]]
>>> ag
<AtomGroup with 6 atoms>
>>> ag.isunique
False
>>> ag2 = ag.unique
>>> ag2
<AtomGroup with 3 atoms>
>>> ag2.isunique
True

参见

asunique

在 0.19.0 版本加入.

property ix

集团中各成分股的唯一指数。

如果此组是 AtomGroup ，这些是该指数 Atom 实例。
如果它是一个 ResidueGroup ，这些是该指数 Residue 实例。
如果它是一个 SegmentGroup ，这些是该指数 Segment 实例。

property ix_array

集团中各成分股的唯一指数。

对于一个团队来说， ix_array 是否与 ix 。这种方法在组件和组之间提供了一致的API。

参见

ix

moment_of_inertia(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

相对于质心的转动惯量张量。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。相反，生成的质心位置向量将在计算后移动到主单元格。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算它们的中心和惯性张量之前被展开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional compound determines the behavior of wrap. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.

返回:

moment_of_inertia --转动惯量张量为3x3数值数组。

返回类型:

numpy.ndarray

备注

转动惯量张量 \(\mathsf{{I}}\) 是为一组 \(N\) 具有坐标的原子 \(\mathbf{{r}}_i,\ 1 \le i \le N\) 相对于其质心的相对坐标

\[\mathbf{r}‘_i=\mathbf{r}_i-\frac{1}{\sum_{i=1}^{N}m_i}\sum_{i=1}^{N}m_i\mathbf{r}_i\]

作为

\[\mathsf{i}=\sum_{i=1}^{N}m_i\Big[(\mathbf{r}‘_i\cot\mathbf{r}’_i)\sum_{\pha=1}^{3} \HAT{\mathbf{e}}_\Alpha\oTimes\HAT{\mathbf{e}}_\Alpha-\mathbf{r}‘_i\oTimes\mathbf{r}’_i\Big]\]

哪里 \(\hat{{\mathbf{{e}}}}_\alpha\) 是笛卡尔单位向量，还是笛卡尔坐标

\[I_{\α，\beta}=\sum_{k=1}^{N}m_k \BIG(\BIG(\sum_{\Gamma=1}^3(x‘^{(K)}_{\Gamma})^2\BIG)\Delta_{\Alpha，\beta} -x‘^{(K)}_{\Alpha}x’^{(K)}_{\beta}\Big)。\]

哪里 \(x'^{{(k)}}_{{\alpha}}\) 是相对坐标的笛卡尔坐标 \(\mathbf{{r}}'_k\) 。

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 unwrap 参数

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property n_atoms

原子中存在的原子数 SegmentGroup ，包括重复的片段(因此，重复的原子)。

相当于 len(self.atoms) 。

property n_residues

其中存在的残留物的数量 SegmentGroup ，包括重复片段(因此，残基)。

相当于 len(self.residues) 。

property n_segments

中的分段数 SegmentGroup 。

相当于 len(self) 。

pack_into_box(box=None, inplace=True)

全部移位 Atoms 在这一组中到主单位单元。

参数:

box (array_like) -- 长方体尺寸，可以是正交信息，也可以是三斜信息。单元格维度的格式必须与返回的格式相同 MDAnalysis.coordinates.timestep.Timestep.dimensions ， [lx, ly, lz, alpha, beta, gamma] 。如果 None ，使用这些时间步长维度。
inplace (bool) -- True 改变坐标的位置。

返回:

余弦 --原子坐标移位。

返回类型:

numpy.ndarray

备注

所有原子都将被移动，以使它们位于0到盒长度之间 \(L_i\) 在所有维度中，即模拟框的左下角被视为位于(0，0，0)：

\[X_i‘=x_i-\Left\lFloor\Frc{x_i}{L_i}\Right\r Floor\]

默认情况下，从基础的 Timestep 举个例子。可选参数 box 可用于提供替代像元信息(采用MDAnalysis标准格式 [Lx, Ly, Lz, alpha, beta, gamma] )。

适用于正交或三斜长方体类型。

备注

pack_into_box() 等同于 wrap() 使用所有默认关键字。

备注

AtomGroup.pack_into_box() 当前的速度比 ResidueGroup.pack_into_box() 或 SegmentGroup.pack_into_box() 。

在 0.8 版本加入.

principal_axes(wrap=False)

根据转动惯量计算主轴。

E1，e2，e3=原子组.主体_轴()

特征向量按特征值排序，即第一个对应于最高特征值，因此是第一主轴。

特征向量构成右手坐标系。

参数:: wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]
返回:: axis_vectors --3 x 3阵列，带 v[0] 作为第一个， v[1] 作为第二名，以及 v[2] 作为第三特征向量。
返回类型:: array

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 1.0.0 版本发生变更: 始终在右手惯例中返回主轴。

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

quadrupole_moment(**kwargs)

基团的四极矩 [Gray1984] 。

\[Q = \sqrt{\frac{2}{3}{\hat{\mathsf{Q}}}:{\hat{\mathsf{Q}}}}\]

其中，四极矩是由无迹四极张量的张量双重收缩计算的 \(\hat{\mathsf{Q}}\)

计算四极矩 Atoms 在这群人中。四极PER Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

注意，当分子或基团中有一个不对称的平面时，四极矩的大小取决于 center 已选择且无法翻译。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If 'group', a single quadrupole value returns. Otherwise, an array of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 1d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.
center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。

返回:

群的(化合物)的四极矩(S) \(eÅ^2\) 。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组 (n,) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 2.4.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

quadrupole_tensor(wrap=False, unwrap=False, compound='group', center='mass')

基团或化合物的无迹四极张量。

这个张量首先被计算为从参考点到某个原子的矢量的外积，然后乘以原子电荷。然后将每个原子的张量相加，以产生该群的四极张量：

\[\mathsf{Q} = \sum_{i=1}^{N} q_{i} ( \mathbf{r}_{i} - \mathbf{r}_{COM} ) \otimes ( \mathbf{r}_{i} - \mathbf{r}_{COM} )\]

无迹四极张量， \(\hat{\mathsf{Q}}\) ，然后取自：

\[\hat{\mathsf{Q}} = \frac{3}{2} \mathsf{Q} - \frac{1}{2} tr(\mathsf{Q})\]

计算四极张量 Atoms 在这群人中。张量PER Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

请注意，当分子或基团中存在不对称平面时，四极张量的大小取决于 center (例如， \(\mathbf{r}_{COM}\) )，并且不能翻译。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True 和 compound 是 'group' ，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果 True 和 compound 不是 group ，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If 'group', a single quadrupole value returns. Otherwise, an array of each Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 1d array. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.
center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。

返回:

群的(化合物)的四极张量(S) \(eÅ^2\) 。如果 compound 被设置为 'group' ，则输出将是形状的单个张量 (3,3) 。否则，输出将是一维形状数组 (n,3,3) 哪里 n 是化合物的数量。

返回类型:

numpy.ndarray

在 2.4.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

radius_of_gyration(wrap=False, **kwargs)

回转半径。

参数:: wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property residues

A ResidueGroup 的 Residues 出现在这张图中 SegmentGroup 。

这个 Residues 按以下方式本地订购 Segment 在 SegmentGroup 。副本是 not 已删除。

rotate(R, point=(0, 0, 0))

应用旋转矩阵 R 设置为选定的坐标。 \(\mathsf{{R}}\) 是一个3x3正交矩阵，它将向量 \(\mathbf{{x}} \rightarrow \mathbf{{x}}'\) ：

\[\mathbf{x}‘=\mathsf{R}\mathbf{x}\]

Atom 坐标将进行在位旋转。

参数:

R (array_like) -- 3x3旋转矩阵
point (array_like, optional) -- 旋转中心

返回类型:

self

备注

默认情况下，绕原点旋转 point=(0, 0, 0) 。旋转组的步骤 g 围绕其几何体中心，使用 g.rotate(R, point=g.center_of_geometry()) 。

参见

rotateby: 绕给定轴和角度旋转
MDAnalysis.lib.transformations: 所有坐标变换的模

rotateby(angle, axis, point=None)

对选区的坐标应用旋转。

参数:

angle (float) -- 以度为单位的旋转角度。
axis (array_like) -- 旋转轴向量。
point (array_like, optional) -- 旋转中心。如果 None 然后使用该组的几何中心。

返回类型:

self

备注

从当前坐标的变换 \(\mathbf{{x}}\) 到新的坐标 \(\mathbf{{x}}'\) 是

\[\mathbf{x}‘=\mathsf{R}\，(\mathbf{x}-\mathbf{p})+\mathbf{p}\]

哪里 \(\mathsf{{R}}\) 是按以下方式旋转 angle 围绕着 axis 正在通过 point \(\mathbf{{p}}\) 。

参见

MDAnalysis.lib.transformations.rotation_matrix

calculate: 数学：mathsf{R}

property segments

这个 SegmentGroup 它本身。

参见

copy: 返回一个真实的 SegmentGroup

在 0.19.0 版本发生变更: 在以前的版本中，这返回一个副本，但现在 SegmentGroup 本身被返回。这应该不会影响任何代码，但只会加快计算速度。

shape_parameter(wrap=False, unwrap=False, compound='group')

形状参数。

看见 [Dima2004a] 获取背景信息。

参数:

wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]
unwrap (bool, optional) -- 如果 True ，化合物将在计算其中心之前被解开。
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'}, optional) -- 在展开过程中要保留在一起的组件类型。

在 0.7.7 版本加入.

在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字

在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。多余的粗鲁人被移除了。

在 2.5.0 版本发生变更: 添加了对任何 compound 类型

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

subtract(other)

使用此组中未出现在其他组中的元素进行分组

该组的原始顺序以及任何重复的元素都将保留。如果此组中的某个元素被复制并出现在其他组或组件中，则该元素的所有匹配项都将从返回的组中删除。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 具有以下元素的组 self 不在其中的 other ，保持秩序和重复。
返回类型:: Group

示例

不像 difference() 此方法不会对重复项进行排序或删除。

>>> ag1 = u.atoms[[3, 3, 2, 2, 1, 1]]
>>> ag2 = u.atoms[2]
>>> ag3 = ag1 - ag2  # or ag1.subtract(ag2)
>>> ag1.indices
array([3, 3, 1, 1])

参见

concatenate, difference

在 0.16 版本加入.

symmetric_difference(other)

仅属于这一组或另一组中的一组元素

此方法删除重复的元素，并对结果进行排序。它是与 ^ 接线员。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 使用中的元素分组 self 或在 other 但不是在两者中，没有重复的元素
返回类型:: Group

示例

>>> ag1 = u.atoms[[0, 1, 5, 3, 3, 2]]
>>> ag2 = u.atoms[[4, 4, 6, 2, 3, 5]]
>>> ag3 = ag1 ^ ag2  # or ag1.symmetric_difference(ag2)
>>> ag3.indices  # 0 and 1 are only in ag1, 4 and 6 are only in ag2
[0, 1, 4, 6]

参见

difference

在 0.16 版本加入.

total_charge(compound='group')

该族(化合物)的总电荷。

计算的总费用 Atoms 在这群人中。每项收费合计 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

参数:: compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional If 'group', the total charge of all atoms in the group will be returned as a single value. Otherwise, the total charges per Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as a 1d array. Note that, in any case, only the charges of Atoms belonging to the group will be taken into account.
返回:: 该族(化合物)的总电荷。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组 (n,) 哪里 n 是化合物的数量。
返回类型:: float or numpy.ndarray

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

备注

这要求底层拓扑要有电荷。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

total_mass(compound='group')

该族(化合物)的总质量。

计算行星的总质量 Atoms 在这群人中。每单位总质量 Residue ， Segment 、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。

参数:: compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional If 'group', the total mass of all atoms in the group will be returned as a single value. Otherwise, the total masses per Segment, Residue, molecule, or fragment will be returned as a 1d array. Note that, in any case, only the masses of Atoms belonging to the group will be taken into account.
返回:: 该族(化合物)的总质量。如果 compound 设置为 'group' ，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组 (n,) 哪里 n 是化合物的数量。
返回类型:: float or numpy.ndarray

在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数

备注

这要求底层拓扑具有体量。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

transform(M)

应用齐次变换矩阵 M 到坐标。

Atom 坐标将进行旋转和在位平移。

参数:: M (array_like) -- 4x4矩阵，带旋转 R = M[:3, :3] 和中的翻译 t = M[:3, 3] 。
返回类型:: self

参见

MDAnalysis.lib.transformations: 所有坐标变换的模

备注

轮换 \(\mathsf{{R}}\) 是关于原点的，并在翻译之前应用 \(\mathbf{{t}}\) ：

\[\mathbf{x}‘=\mathsf{R}\mathbf{x}+\mathbf{t}\]

translate(t)

应用平移向量 t 设置为选定的坐标。

Atom 坐标将进行在位转换。

参数:: t (array_like) -- 要用来转换坐标的矢量
返回类型:: self

参见

MDAnalysis.lib.transformations: 所有坐标变换的模

备注

该方法将翻译应用于 AtomGroup 从当前坐标 \(\mathbf{{x}}\) 到新的坐标 \(\mathbf{{x}}'\) ：

\[\mathbf{x}‘=\mathbf{x}+\mathbf{t}\]

union(other)

此组或另一组中的元素组

与串联相反，此方法对元素进行排序并删除重复的元素。它与 | 接线员。

参数:: other (Group or Component) -- 组或组件具有 other.level 同 self.level
返回:: 具有以下组合元素的组 self 和 other ，没有重复的元素
返回类型:: Group

示例

与之形成鲜明对比的是 concatenate() ，则丢弃所有重复项，并对结果进行排序。

>>> ag1 = u.select_atoms('name O')
>>> ag2 = u.select_atoms('name N')
>>> ag3 = ag1 | ag2  # or ag1.union(ag2)
>>> ag3[:3].names
array(['N', 'O', 'N'], dtype=object)

参见

concatenate, intersection

在 0.16 版本加入.

property unique

返回一个 SegmentGroup 包含已排序和唯一的 Segments 只有这样。

示例

>>> sg = u.segments[[2, 1, 2, 2, 1, 0]]
>>> sg
<SegmentGroup with 6 segments>
>>> sg.ix
array([2, 1, 2, 2, 1, 0])
>>> sg2 = sg.unique
>>> sg2
<SegmentGroup with 3 segments>
>>> sg2.ix
array([0, 1, 2])
>>> sg2.unique is sg2
False

在 0.16.0 版本加入.

在 0.19.0 版本发生变更: 如果 SegmentGroup 已经是独一无二的 SegmentGroup.unique 现在返回组本身，而不是副本。

在 2.0.0 版本发生变更: 现在，此函数始终返回副本。

property universe: 潜在的 Universe 该组织所属的。

unwrap(compound='fragments', reference='com', inplace=True)

移动这个基团的原子，这样该基团化合物中的键就不会跨越周期边界分裂。

当原子被填充到初级单胞中，导致分子中间断裂时，这种功能最有用，然后分子出现在单胞的两边。这对于计算分子的质心等操作是有问题的。**

+-----------+       +-----------+
|           |       |           |
| 6       3 |       |         3 | 6
| !       ! |       |         ! | !
|-5-8   1-2-|  ==>  |       1-2-|-5-8
| !       ! |       |         ! | !
| 7       4 |       |         4 | 7
|           |       |           |
+-----------+       +-----------+

参数:

compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- ‘Fragments’}，可选要解开哪种类型的化合物。注意，在任何情况下，每个化合物中的所有原子都必须通过键相互连接，即化合物必须对应于分子(的一部分)。
reference ({'com', 'cog', None}, optional) -- 如果 'com' (质心)或 'cog' (几何中心)，展开的化合物将被移位，以便它们的单独参考点位于主单元格内。如果 None ，则不执行这样的移位。
inplace (bool, optional) -- 如果 True ，坐标将被原地修改。

返回:

余弦 --展开的原子坐标形状数组 (n, 3) 。

返回类型:

numpy.ndarray

抛出:

NoDataError -- 如果 compound 是 'molecules' 但基本的拓扑结构不包含分子信息，或者如果 reference 是 'com' 但该拓扑不包含体量。
ValueError -- 如果 reference 不是 'com' ， 'cog' ，或 None ，或者如果 reference 是 'com' 以及任何物体的总质量 compound 是零。

备注

请注意，只有原子才能 属于这个团体 将会被解开！如果要展开整个分子，请确保这些分子中的所有原子都是该群的一部分。包含群中所有碎片的所有原子的原子群 ag 可以使用以下命令创建：

all_frag_atoms = sum(ag.fragments)

参见

make_whole(), wrap(), pack_into_box(), apply_PBC()

在 0.20.0 版本加入.

wrap(compound='atoms', center='com', box=None, inplace=True)

根据周期性边界条件，将该组的内容移回到主单元格中。

指定一个 compound 将保留 Atoms 在这个过程中，每一种化合物都会结合在一起。如果 compound 不同于 'atoms' ，每个化合物作为一个整体将被移位，以便其 center 位于主单元格内。

参数:

compound ({'atoms', 'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional Which type of compound to keep together during wrapping. Note that, in any case, only the positions of Atoms belonging to the group will be taken into account.
center ({'com', 'cog'}) -- 如何定义一组给定原子的中心。如果 compound 是 'atoms' ，则此参数没有意义，因此被忽略。
box (array_like, optional) -- 系统的单位单元尺寸，可以是正交的或三斜的，并且必须以与返回的相同格式提供 MDAnalysis.coordinates.timestep.Timestep.dimensions ： [lx, ly, lz, alpha, beta, gamma] 。如果 None ，使用当前时间点的维度。
inplace (bool, optional) -- 如果 True ，坐标将更改到位。

返回:

Dtype的包裹原子坐标数组 np.float32 和形状 (len(self.atoms.n_atoms), 3)

返回类型:

numpy.ndarray

抛出:

ValueError -- 如果 compound 不是 'atoms' ， 'group' ， 'segments' ， 'residues' ， 'molecules' ，或 'fragments' 。
NoDataError -- 如果 compound 是 'molecule' 但拓扑结构不包含分子信息(分子数)，或者如果 compound 是 'fragments' 但该拓扑不包含键，或者如果 center 是 'com' 但拓扑图中并不包含质量。

备注

该基团的所有原子都将移动，使其化合物的中心位于初级周期图像内。对于正交单胞，主周期像被定义为半开区间 \([0,L_i)\) 之间 \(0\) 和方框长度 \(L_i\) 在所有维度中 \(i\in\{{x,y,z\}}\) 即，模拟框的原点被视为在原点处 \((0,0,0)\) 欧几里得坐标系的。一个复合中心驻留在 \(x_i\) 在维度上 \(i\) 将转移到 \(x_i'\) 根据

\[X_i‘=x_i-\Left\lFloor\Frc{x_i}{L_i}\Right\rFloor\，.\]

在指定 compound ，平移是基于每个化合物来计算的。同样的平移适用于该化合物中的所有原子，这意味着它不会被位移打破。然而，这可能意味着化合物的所有原子在包裹后并不都在单胞内，而是化合物的中心。请注意，只有原子才能 属于这个团体 都会被考虑进去的！

center 允许定义如何计算每组的中心。这可以是 'com' 对于质心，或 'cog' 表示几何图形的中心。

box 允许为转换提供单位单元格。如果未指定，则 dimensions 来自当前的信息 Timestep 将会被使用。

备注

AtomGroup.wrap() 当前的速度比 ResidueGroup.wrap() 或 SegmentGroup.wrap() 。

参见

pack_into_box(), unwrap(), MDAnalysis.lib.distances.apply_PBC()

在 0.9.2 版本加入.

在 0.20.0 版本发生变更: 这种方法只作用于原子。 属于这个团体 并将换行位置作为 numpy.ndarray 。添加了可选参数 inplace 。

class MDAnalysis.core.groups.UpdatingAtomGroup(*args, **kwargs)[源代码]

AtomGroup 动态更新其选定原子的子类。

访问的任何属性/方法 UpdatingAtomGroup 实例触发对组更新的最后一帧的检查。如果最后一帧与当前轨迹帧匹配，则正常返回该属性；否则更新该组(重新应用存储的选择)，然后才返回该属性。

在 0.16.0 版本加入.

参数:

base_group (AtomGroup) -- 所在的组精选将被应用于。
selections (a tuple of Selection) -- 已准备好应用的实例选择 base_group 。

property atoms

拿到一个静电 AtomGroup 与当前选定的组相同 Atoms 在 UpdatingAtomGroup 。

通过返回一个静电 AtomGroup 可以比较组中的内容之间轨迹帧。请参见下面的示例。

备注

这个 atoms 对象的属性 UpdatingAtomGroup 的行为方式与 AtomGroup.atoms ：后者返回 AtomGroup 本身，而前者返回一个 AtomGroup 而不是一个 UpdatingAtomGroup (为此，请使用 UpdatingAtomGroup.copy() )。

示例

静电式 atoms 允许比较框架之间的原子组。例如，跟踪进出蛋白质溶剂化Shell的水分子：

u = mda.Universe(TPR, XTC)
water_shell = u.select_atoms("name OW and around 3.5 protein", updating=True)
water_shell_prev = water_shell.atoms

for ts in u.trajectory:
    exchanged = water_shell - water_shell_prev

    print(ts.time, "waters in shell =", water_shell.n_residues)
    print(ts.time, "waters that exchanged = ", exchanged.n_residues)
    print(ts.time, "waters that remained bound = ",
          water_shell.n_residues - exchanged.n_residues)

    water_shell_prev = water_shell.atoms

通过记住当前时间步长中的原子 water_shell_prev ，则可以使用 subtraction of AtomGroups 去寻找改变了的水分子。

参见

copy: 返回一个真实的 UpdatingAtomGroup

copy()[源代码]: 再买一台吧 UpdatingAtomGroup 和这个一模一样。

在 0.19.0 版本加入.

property is_uptodate

仅根据帧编号检查选择是否需要更新。

不会捕获对使选择过时的坐标数据的修改，并且在这些情况下 is_uptodate 可能会返回错误的值。

返回:: True 如果该组的选择是最新的， False 不然的话。
返回类型:: bool

update_selection()[源代码]

强制重新评估和应用组的选择。

如果上次更新发生在不同的轨迹框架下，则在访问属性时自动触发此方法。

11.2.2.1.2. 化工单位

class MDAnalysis.core.groups.Atom(*args, **kwargs)[源代码]

Atom 基类。

此类由一个 Universe 用于生成特定于其拓扑的 Atom 班级。所有的 TopologyAttr 组件从以下位置获得 ComponentBase ，因此此类仅包含特定于 Atoms 。

property bfactor: 带有警告的B因子别名

备注

这要求底层拓扑具有临时因素。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property bonded_atoms: 一个 AtomGroup 在所有的 Atoms 捆绑在这上面 Atom 。

备注

这要求底层拓扑具有绑定。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property force

对原子的作用力。

力可以通过指定形状数组来改变 (3,) 。

备注

更改力不会反映在任何文件中；从轨迹读取任何帧都会将更改替换为文件中的更改

抛出:: NoDataError -- 如果潜在的 Timestep 不包含 forces 。

property fragindex: 的索引(ID) fragment 这 Atom 是。

在 0.20.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑具有绑定。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property fragment

一个 AtomGroup 表示此片段的 Atom 是。

片段是一个 group of atoms 它们通过以下方式互连 Bonds 即，存在沿着一个或多个 Bonds 在任何一对 Atoms 在一个片段中。因此，一个片段通常对应于一个分子。

在 0.9.0 版本加入.

备注

这要求底层拓扑具有绑定。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

get_connections(typename, outside=True)

将原子之间的键合连接作为 TopologyGroup 。

参数:

typename (str) -- 组名称。{“债券”、“角度”、“二面体”、“改进”、“reybradleys”、“cmap”中的一项}
outside (bool (optional)) -- 是否包括涉及该组之外的原子的连接。

返回:

TopologyGroup --含有所选择的键合基团，即键、角、二面体、改性剂、尿素或环氧氯丙烷。
。。版本添加：：1.1.0

property ix

此组件的唯一索引。

如果此组件是 Atom ，这是 Atom 。如果它是一个 Residue ，这是 Residue 。如果它是一个 Segment ，这是 Segment 。

property ix_array

此组件作为数组的唯一索引。

这种方法在组件和组之间提供了一致的API。

参见

ix

property position

原子的坐标。

可以通过指定长度为(3，)的数组来更改位置。

备注

更改位置不会反映在任何文件中；从轨迹读取任何帧都会将更改替换为文件中的更改

抛出:: NoDataError -- 如果潜在的 Timestep 不包含 positions 。

property velocity

原子的速度。

可以通过指定形状数组来改变速度 (3,) 。

备注

更改速度不会反映在任何文件中；从轨迹读取任何帧都会将更改替换为文件中的更改

抛出:: NoDataError -- 如果潜在的 Timestep 不包含 velocities 。

class MDAnalysis.core.groups.Residue(*args, **kwargs)[源代码]

Residue 基类。

此类由一个 Universe 用于生成特定于其拓扑的 Residue 班级。所有的 TopologyAttr 组件从以下位置获得 ComponentBase ，因此此类仅包含特定于 Residues 。

property atoms: 一个 AtomGroup 的 Atoms 出现在这张图中 Residue 。

property bfactors: 带有警告的B因子别名

备注

这要求底层拓扑具有临时因素。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

chi1_selection(n_name='N', ca_name='CA', cb_name='CB', cg_name='CG CG1 OG OG1 SG')

选择与CH1侧链二面体对应的原子基团 N-CA-CB-*G. 伽马原子被认为是伽马位置上的重原子。如果存在一个以上的重原子(例如CG1和CG2)，则使用数较小的那个(CG1)。

警告

这里的CH1原子的编号遵循IUPAC 1970年的规则。然而，应该注意的是，使用二面角的分析可能有不同的定义。例如， MDAnalysis.analysis.dihedrals.Janin 类不将伽马原子不是碳原子的氨基酸纳入其Ch1选择中。

参数:

c_name (str (optional)) -- 主链C原子的名称
ca_name (str (optional)) -- α-碳原子的名称
cb_name (str (optional)) -- β-碳原子的名称
cg_name (str (optional)) -- 伽马碳原子的名称

返回:

以正确的顺序选择4个原子。如果未找到CB和/或CG，则此方法返回 None 。

返回类型:

AtomGroup

在 0.7.5 版本加入.

在 1.0.0 版本发生变更: 为灵活的原子名称添加了参数，并重构了代码以加快原子与布尔数组的匹配。

备注

这要求底层拓扑具有名称。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

get_connections(typename, outside=True)

将原子之间的键合连接作为 TopologyGroup 。

参数:

typename (str) -- 组名称。{“债券”、“角度”、“二面体”、“改进”、“reybradleys”、“cmap”中的一项}
outside (bool (optional)) -- 是否包括涉及该组之外的原子的连接。

返回:

TopologyGroup --含有所选择的键合基团，即键、角、二面体、改性剂、尿素或环氧氯丙烷。
。。版本添加：：1.1.0

property ix

此组件的唯一索引。

如果此组件是 Atom ，这是 Atom 。如果它是一个 Residue ，这是 Residue 。如果它是一个 Segment ，这是 Segment 。

property ix_array

此组件作为数组的唯一索引。

这种方法在组件和组之间提供了一致的API。

参见

ix

omega_selection(c_name='C', n_name='N', ca_name='CA')

选择与omega蛋白质骨架二面体CA-C-N‘-CA’相对应的原子基。

Omega描述的是-C-N-肽键。通常，它是反式的(180度)，尽管偶尔也会观察到顺式键(0度)(特别是在Pro附近)。

参数:

c_name (str (optional)) -- 主链C原子的名称
n_name (str (optional)) -- 主链N原子的名称
ca_name (str (optional)) -- α-碳原子的名称

返回:

AtomGroup --按正确顺序选择4个原子。如果在前一个残数(按READ)中没有找到C‘，则此方法返回 None 。
。。版本已更改：：1.0.0 --添加了灵活原子名称的参数和重构代码，以加快原子与布尔数组的匹配。

备注

这要求底层拓扑具有名称。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

phi_selection(c_name='C', n_name='N', ca_name='CA')

选择与Phi蛋白骨架二面体C‘-N-CA-C对应的原子基团。

参数:

c_name (str (optional)) -- 主链C原子的名称
n_name (str (optional)) -- 主链N原子的名称
ca_name (str (optional)) -- α-碳原子的名称

返回:

AtomGroup --按正确顺序选择4个原子。如果在前一个残数(按READ)中没有找到C‘，则此方法返回 None 。
。。版本已更改：：1.0.0 --添加了灵活原子名称的参数和重构代码，以加快原子与布尔数组的匹配。

备注

这要求底层拓扑具有名称。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

psi_selection(c_name='C', n_name='N', ca_name='CA')

选择与psi蛋白骨架二面体N-CA-C-N‘相对应的原子基。

参数:

c_name (str (optional)) -- 主链C原子的名称
n_name (str (optional)) -- 主链N原子的名称
ca_name (str (optional)) -- α-碳原子的名称

返回:

AtomGroup --按正确顺序选择4个原子。如果在下面的残数(按READ)中没有找到N‘，则此方法返回 None 。
。。版本已更改：：1.0.0 --添加了灵活原子名称的参数和重构代码，以加快原子与布尔数组的匹配。

备注

这要求底层拓扑具有名称。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

property segment: 这个 Segment 这 Residue 属于。

class MDAnalysis.core.groups.Segment(*args, **kwargs)[源代码]

Segment 基类。

此类由一个 Universe 用于生成特定于其拓扑的 Segment 班级。所有的 TopologyAttr 组件从以下位置获得 ComponentBase ，因此此类仅包含特定于 Segments 。

自 0.16.2 版本弃用: 即时选择器 的 Segments 将在1.0版本中删除。

在 1.0.0 版本发生变更: 删除即时选择器，使用以下任一段.残留物 [...] 按数字或分段选择残留物 [segment.residue.resnames = ...] 按重新命名进行选择。

property atoms: 一个 AtomGroup 的 Atoms 出现在这张图中 Segment 。

property bfactors: 带有警告的B因子别名

备注

这要求底层拓扑具有临时因素。否则，一个 NoDataError 都被养大了。

get_connections(typename, outside=True)

将原子之间的键合连接作为 TopologyGroup 。

参数:

typename (str) -- 组名称。{“债券”、“角度”、“二面体”、“改进”、“reybradleys”、“cmap”中的一项}
outside (bool (optional)) -- 是否包括涉及该组之外的原子的连接。

返回:

TopologyGroup --含有所选择的键合基团，即键、角、二面体、改性剂、尿素或环氧氯丙烷。
。。版本添加：：1.1.0

property ix

此组件的唯一索引。

如果此组件是 Atom ，这是 Atom 。如果它是一个 Residue ，这是 Residue 。如果它是一个 Segment ，这是 Segment 。

property ix_array

此组件作为数组的唯一索引。

这种方法在组件和组之间提供了一致的API。

参见

ix

property residues: A ResidueGroup 的 Residues 出现在这张图中 Segment 。

11.2.2.1.3. 级别

上面的每个类都有一个级别属性。这可用于验证两个对象是否属于同一级别，或用于访问特定类：

u = mda.Universe()

ag = u.atoms[:10]
at = u.atoms[11]

ag.level == at.level  # Returns True

ag.level.singular  # Returns Atom class
at.level.plural  # Returns AtomGroup class

11.2.2. 核心对象：容器 MDAnalysis.core.groups

11.2.2.1. 班级

11.2.2.1.1. 收藏

11.2.2.1.2. 化工单位

11.2.2.1.3. 级别

11.2.2. 核心对象：容器 `MDAnalysis.core.groups`