11.3.3. 拓扑属性对象 MDAnalysis.core.topologyattrs
常见 TopologyAttr 大多数拓扑解析器使用的实例。
TopologyAttrs用于包含原子名称或Resids等属性。这些数据通常由TopologyParser读取。
引用
11.3.3. 拓扑属性对象
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.Angles(values, types=None, guessed=False, order=None)[源代码]
三个原子之间的夹角
用3个长元组的列表进行初始化， [(0, 1, 2), (1, 2, 3), (2, 3, 4)]
这些指数指的是原子指数。
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.Atomindices[源代码]
组中每个原子的全局唯一索引。
如果组是一个原子组，则这将给出组中每个原子的索引。这是拓扑中每个原子的明确标识符，它是不可更改的。
如果组是ResidueGroup或SegmentGroup，则这将以该组中元素的顺序给出该组中表示的一维阵列中的每个原子的索引。
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.Atomnames(vals, guessed=False)[源代码]
每个原子的名称。
- chi1_selection(n_name='N', ca_name='CA', cb_name='CB', cg_name='CG CG1 OG OG1 SG')[源代码]
选择与CH1侧链二面体对应的原子基团
N-CA-CB-*G.伽马原子被认为是伽马位置上的重原子。如果存在一个以上的重原子(例如CG1和CG2)，则使用数较小的那个(CG1)。警告
这里的CH1原子的编号遵循IUPAC 1970年的规则。然而，应该注意的是，使用二面角的分析可能有不同的定义。例如，
MDAnalysis.analysis.dihedrals.Janin类不将伽马原子不是碳原子的氨基酸纳入其Ch1选择中。- 参数:
- 返回:
以正确的顺序选择4个原子。如果未找到CB和/或CG，则此方法返回
None。- 返回类型:
在 0.7.5 版本加入.
在 1.0.0 版本发生变更: 为灵活的原子名称添加了参数，并重构了代码以加快原子与布尔数组的匹配。
- chi1_selections(n_name='N', ca_name='CA', cb_name='CB', cg_name='CG CG1 OG OG1 SG')[源代码]
选择与CHI1侧链二面体N-CA-CB-CG对应的原子组列表。
- omega_selection(c_name='C', n_name='N', ca_name='CA')[源代码]
选择与omega蛋白质骨架二面体CA-C-N‘-CA’相对应的原子基。
Omega描述的是-C-N-肽键。通常，它是反式的(180度)，尽管偶尔也会观察到顺式键(0度)(特别是在Pro附近)。
- omega_selections(c_name='C', n_name='N', ca_name='CA')[源代码]
选择与omega蛋白质骨架二面体CA-C-N‘-CA’相对应的原子基团列表。
Omega描述的是-C-N-肽键。通常，它是反式的(180度)，尽管偶尔也会观察到顺式键(0度)(特别是在Pro附近)。
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.Bonds(values, types=None, guessed=False, order=None)[源代码]
两个原子之间的键
必须由从零开始的元组列表进行初始化。这些指数指的是原子指数。例如， ` [(0, 1), (1, 2), (2, 3)]`
还添加了 bonded_atoms ， fragment 和 fragments 属性。
- fragindices()[源代码]
这个
fragment indices在所有的Atoms在这里面AtomGroup。A
numpy.ndarray使用shape=(n_atoms,)和dtype=numpy.int64。在 0.20.0 版本加入.
- fragment()[源代码]
-
片段是一个
group of atoms它们通过以下方式互连Bonds即，存在沿着一个或多个Bonds在任何一对Atoms在一个片段中。因此，一个片段通常对应于一个分子。在 0.9.0 版本加入.
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.CMaps(values, types=None, guessed=False, order=None)[源代码]
五个原子之间的连接。添加的版本：：1.0.0
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.Charges(values, guessed=False)[源代码]
- center_of_charge(wrap=False, unwrap=False, compound='group')[源代码]
基团(化合物)的(绝对)电荷中心
\[\boldsymbol R = \frac{\sum_i \vert q_i \vert \boldsymbol r_i} {\sum_i \vert q_i \vert}\]哪里 \(q_i\) 就是指控和 \(\boldsymbol r_i\) 原子的位置 \(i\) 在给定的情况下
MDAnalysis.core.groups.AtomGroup。每个收费中心Residue，Segment、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。如果化合物的电荷之和为零，则该化合物的质心坐标为nan(不是一个数字)。- 参数:
wrap (bool, optional) -- 如果
True和 compound 是'group'，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果True和 compound 不是group，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。相反，生成的质心位置向量将在计算后移动到主单元格。unwrap (bool, optional) -- 如果
True，化合物将在计算其中心之前被解开。compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If
'group', the center of mass of all atoms in the group will be returned as a single position vector. Otherwise, the centers of mass of eachSegment,Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions ofAtomsbelonging to the group will be taken into account.
- 返回:
center --集团负责中锋(S)位置向量(S)。如果 compound 被设置为
'group'，则输出将是单个位置向量。如果 compound 被设置为'segments'或'residues'，则输出将是形状的二维坐标数组(n, 3)哪里n是化合物的数量。- 返回类型:
备注
只有当底层拓扑具有有关原子电荷的信息时，才能访问此方法。
在 2.2.0 版本加入.
- dipole_moment(**kwargs)[源代码]
基团或基团中化合物的偶极矩。
\[\mu = |\boldsymbol{\mu}| = \sqrt{ \sum_{i=1}^{D} \mu^2 }\]哪里 \(D\) 是维度的数量，在本例中为3。
计算分子的偶极矩
Atoms在这群人中。偶极子PERResidue，Segment、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。请注意，当有净电荷时，偶极矩的大小取决于 center 被选中了。看见
dipole_vector()。- 参数:
wrap (bool, optional) -- 如果
True和 compound 是'group'，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果True和 compound 不是group，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。unwrap (bool, optional) -- 如果
True，化合物将在计算其中心之前被解开。compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If
'group', a single dipole vector returns. Otherwise, an array of eachSegment,Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions ofAtomsbelonging to the group will be taken into account.center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。
- 返回:
群的(化合物)的偶极矩(S) \(eÅ\) 。如果 compound 被设置为
'group'，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组(n,)哪里n是化合物的数量。- 返回类型:
在 2.4.0 版本加入.
- dipole_vector(wrap=False, unwrap=False, compound='group', center='mass')[源代码]
群的偶极向量。
\[\boldsymbol{\mu} = \sum_{i=1}^{N} q_{i} ( \mathbf{r}_{i} - \mathbf{r}_{COM} )\]计算的偶极向量
Atoms在这群人中。偶极向量PERResidue，Segment、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。请注意，偶极矩的大小与
center除非该物种有净电荷，否则选择。在带电基团的情况下，偶极矩稍后可以通过以下方式进行调整：\[\boldsymbol{\mu}_{COC} = \boldsymbol{\mu}_{COM} + q_{ag}\mathbf{r}_{COM} - q_{ag}\boldsymbol{r}_{COC}\]哪里 \(\mathbf{r}_{COM}\) 是质心， \(\mathbf{r}_{COC}\) 是指控的中心。
- 参数:
wrap (bool, optional) -- 如果
True和 compound 是'group'，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果True和 compound 不是group，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。unwrap (bool, optional) -- 如果
True，化合物将在计算其中心之前被解开。compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If
'group', a single dipole vector returns. Otherwise, an array of eachSegment,Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions ofAtomsbelonging to the group will be taken into account.center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。
- 返回:
群的(化合物)的偶极向量(S) \(eÅ\) 。如果 compound 被设置为
'group'，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组(n,3)哪里n是化合物的数量。- 返回类型:
在 2.4.0 版本加入.
- quadrupole_moment(**kwargs)[源代码]
基团的四极矩 [Gray1984] 。
\[Q = \sqrt{\frac{2}{3}{\hat{\mathsf{Q}}}:{\hat{\mathsf{Q}}}}\]其中，四极矩是由无迹四极张量的张量双重收缩计算的 \(\hat{\mathsf{Q}}\)
计算四极矩
Atoms在这群人中。四极PERResidue，Segment、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。注意，当分子或基团中有一个不对称的平面时，四极矩的大小取决于
center已选择且无法翻译。- 参数:
wrap (bool, optional) -- 如果
True和 compound 是'group'，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果True和 compound 不是group，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。unwrap (bool, optional) -- 如果
True，化合物将在计算其中心之前被解开。compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If
'group', a single quadrupole value returns. Otherwise, an array of eachSegment,Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 1d array. Note that, in any case, only the positions ofAtomsbelonging to the group will be taken into account.center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。
- 返回:
群的(化合物)的四极矩(S) \(eÅ^2\) 。如果 compound 被设置为
'group'，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组(n,)哪里n是化合物的数量。- 返回类型:
在 2.4.0 版本加入.
- quadrupole_tensor(wrap=False, unwrap=False, compound='group', center='mass')[源代码]
基团或化合物的无迹四极张量。
这个张量首先被计算为从参考点到某个原子的矢量的外积，然后乘以原子电荷。然后将每个原子的张量相加，以产生该群的四极张量：
\[\mathsf{Q} = \sum_{i=1}^{N} q_{i} ( \mathbf{r}_{i} - \mathbf{r}_{COM} ) \otimes ( \mathbf{r}_{i} - \mathbf{r}_{COM} )\]无迹四极张量， \(\hat{\mathsf{Q}}\) ，然后取自：
\[\hat{\mathsf{Q}} = \frac{3}{2} \mathsf{Q} - \frac{1}{2} tr(\mathsf{Q})\]计算四极张量
Atoms在这群人中。张量PERResidue，Segment、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。请注意，当分子或基团中存在不对称平面时，四极张量的大小取决于
center(例如， \(\mathbf{r}_{COM}\) )，并且不能翻译。- 参数:
wrap (bool, optional) -- 如果
True和 compound 是'group'，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果True和 compound 不是group，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。unwrap (bool, optional) -- 如果
True，化合物将在计算其中心之前被解开。compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', ) -- 'fragments'}, optional If
'group', a single quadrupole value returns. Otherwise, an array of eachSegment,Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 1d array. Note that, in any case, only the positions ofAtomsbelonging to the group will be taken into account.center ({'mass', 'charge'}, optional) -- 选择偶极向量是在“质量”的中心还是“电荷”的中心计算，默认为“质量”。
- 返回:
群的(化合物)的四极张量(S) \(eÅ^2\) 。如果 compound 被设置为
'group'，则输出将是形状的单个张量(3,3)。否则，输出将是一维形状数组(n,3,3)哪里n是化合物的数量。- 返回类型:
在 2.4.0 版本加入.
- total_charge(compound='group')[源代码]
该族(化合物)的总电荷。
计算的总费用
Atoms在这群人中。每项收费合计Residue，Segment、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。- 参数:
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional If 'group', the total charge of all atoms in the group will be returned as a single value. Otherwise, the total charges per
Segment,Residue, molecule, or fragment will be returned as a 1d array. Note that, in any case, only the charges ofAtomsbelonging to the group will be taken into account.- 返回:
该族(化合物)的总电荷。如果 compound 设置为
'group'，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组(n,)哪里n是化合物的数量。- 返回类型:
在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.Dihedrals(values, types=None, guessed=False, order=None)[源代码]
四个有序原子之间的联系
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.Impropers(values, types=None, guessed=False, order=None)[源代码]
四个原子之间的虚构二面体
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.Masses(values, guessed=False)[源代码]
- align_principal_axis(axis, vector)[源代码]
将主轴与索引对齐 axis 使用 vector 。
- 参数:
axis ({0, 1, 2}) -- 主轴的索引(0、1或2)，由
principal_axes()。vector (array_like) -- 要与主轴对齐的矢量。
备注
要对齐通道的长轴(第一主轴，即 axis =0)与z轴：：
u.atoms.align_principal_axis(0, [0,0,1]) u.atoms.write("aligned.pdb")
- asphericity(wrap=False, unwrap=False, compound='group')[源代码]
非球形性。
看见 [Dima2004b] 获取背景信息。
- 参数:
在 0.7.7 版本加入.
在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字
在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 展开 和 化合物 参数
在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。
在 2.5.0 版本发生变更: 添加了对任何 compound 类型
- center_of_mass(wrap=False, unwrap=False, compound='group')[源代码]
基团(化合物)的质心
\[\boldsymbol R = \frac{\sum_i m_i \boldsymbol r_i}{\sum m_i}\]哪里 \(m_i\) 是质量和质量 \(\boldsymbol r_i\) 原子的位置 \(i\) 在给定的情况下
MDAnalysis.core.groups.AtomGroup。每个质心Residue，Segment、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。如果化合物的质量之和为零，则该化合物的质心坐标为nan(不是一个数字)。- 参数:
wrap (bool, optional) -- 如果
True和 compound 是'group'，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果True和 compound 不是group，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。相反，生成的质心位置向量将在计算后移动到主单元格。unwrap (bool, optional) -- 如果
True，化合物将在计算其中心之前被解开。compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional If
'group', the center of mass of all atoms in the group will be returned as a single position vector. Otherwise, the centers of mass of eachSegment,Residue, molecule, or fragment will be returned as an array of position vectors, i.e. a 2d array. Note that, in any case, only the positions ofAtomsbelonging to the group will be taken into account.
- 返回:
居中 --群质心的位置向量。如果 compound 设置为
'group'，则输出将是单个位置向量。如果 compound 设置为'segments'或'residues'，则输出将是形状的二维坐标数组(n, 3)哪里n是化合物的数量。- 返回类型:
备注
只有当底层拓扑具有有关原子质量的信息时，才能访问此方法。
在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 参数
在 0.19.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数
在 0.20.0 版本发生变更: 已添加
'molecules'和'fragments'化合物；添加 unwrap 参数在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。
- dtype
float64的别名
- gyration_moments(wrap=False, unwrap=False, compound='group')[源代码]
旋转张量的力矩。
力矩定义为回转张量的特征值。
\[\mathsf{T} = \frac{1}{N} \sum_{i=1}^{N} (\mathbf{r}_\mathrm{i} - \mathbf{r}_\mathrm{COM})(\mathbf{r}_\mathrm{i} - \mathbf{r}_\mathrm{COM})\]哪里 \(\mathbf{r}_\mathrm{COM}\) 是质心。
看见 [Dima2004a] 获取背景信息。
- 参数:
- 返回:
principle_moments_of_gyration --中(化合物)基团的回转向量(S) \(Å^2\) 。如果 compound 被设置为
'group'，则输出将是长度为3的单个向量。否则，输出将是形状的2D数组(n,3)哪里n是化合物的数量。- 返回类型:
在 2.5.0 版本加入.
- moment_of_inertia(wrap=False, unwrap=False, compound='group')[源代码]
相对于质心的转动惯量张量。
- 参数:
wrap (bool, optional) -- 如果
True和 compound 是'group'，在计算之前，将所有原子移到主单元格中。如果True和 compound 不是group，每种化合物的质量中心都将在不移动任何原子的情况下计算，以保持化合物的完整性。相反，生成的质心位置向量将在计算后移动到主单元格。unwrap (bool, optional) -- 如果
True，化合物将在计算它们的中心和惯性张量之前被展开。compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional compound determines the behavior of wrap. Note that, in any case, only the positions of
Atomsbelonging to the group will be taken into account.
- 返回:
moment_of_inertia --转动惯量张量为3x3数值数组。
- 返回类型:
备注
转动惯量张量 \(\mathsf{{I}}\) 是为一组 \(N\) 具有坐标的原子 \(\mathbf{{r}}_i,\ 1 \le i \le N\) 相对于其质心的相对坐标
\[\mathbf{r}‘_i=\mathbf{r}_i-\frac{1}{\sum_{i=1}^{N}m_i}\sum_{i=1}^{N}m_i\mathbf{r}_i\]作为
\[\mathsf{i}=\sum_{i=1}^{N}m_i\Big[(\mathbf{r}‘_i\cot\mathbf{r}’_i)\sum_{\pha=1}^{3} \HAT{\mathbf{e}}_\Alpha\oTimes\HAT{\mathbf{e}}_\Alpha-\mathbf{r}‘_i\oTimes\mathbf{r}’_i\Big]\]哪里 \(\hat{{\mathbf{{e}}}}_\alpha\) 是笛卡尔单位向量，还是笛卡尔坐标
\[I_{\α，\beta}=\sum_{k=1}^{N}m_k \BIG(\BIG(\sum_{\Gamma=1}^3(x‘^{(K)}_{\Gamma})^2\BIG)\Delta_{\Alpha，\beta} -x‘^{(K)}_{\Alpha}x’^{(K)}_{\beta}\Big)。\]哪里 \(x'^{{(k)}}_{{\alpha}}\) 是相对坐标的笛卡尔坐标 \(\mathbf{{r}}'_k\) 。
在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字
在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 unwrap 参数
在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。
- principal_axes(wrap=False)[源代码]
根据转动惯量计算主轴。
E1，e2，e3=原子组.主体_轴()
特征向量按特征值排序，即第一个对应于最高特征值，因此是第一主轴。
特征向量构成右手坐标系。
- 参数:
wrap (bool, optional) -- 如果
True，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]- 返回:
axis_vectors --3 x 3阵列，带
v[0]作为第一个，v[1]作为第二名，以及v[2]作为第三特征向量。- 返回类型:
array
在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字
在 1.0.0 版本发生变更: 始终在右手惯例中返回主轴。
在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。
- radius_of_gyration(wrap=False, **kwargs)[源代码]
回转半径。
- 参数:
wrap (bool, optional) -- 如果
True，在计算前移动主单元格内的所有原子。 [False]
在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字
在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。
- shape_parameter(wrap=False, unwrap=False, compound='group')[源代码]
形状参数。
看见 [Dima2004a] 获取背景信息。
- 参数:
在 0.7.7 版本加入.
在 0.8 版本发生变更: 已添加 pbc 关键字
在 2.1.0 版本发生变更: 已重命名 pbc Kwarg to wrap 。 pbc 仍可接受，但已弃用，并将在3.0版中删除。多余的粗鲁人被移除了。
在 2.5.0 版本发生变更: 添加了对任何 compound 类型
- total_mass(compound='group')[源代码]
该族(化合物)的总质量。
计算行星的总质量
Atoms在这群人中。每单位总质量Residue，Segment、分子或片段可以通过设置 compound 相应的参数。- 参数:
compound ({'group', 'segments', 'residues', 'molecules', 'fragments'},) -- optional If
'group', the total mass of all atoms in the group will be returned as a single value. Otherwise, the total masses perSegment,Residue, molecule, or fragment will be returned as a 1d array. Note that, in any case, only the masses ofAtomsbelonging to the group will be taken into account.- 返回:
该族(化合物)的总质量。如果 compound 设置为
'group'，则输出将是单个值。否则，输出将是一维形状数组(n,)哪里n是化合物的数量。- 返回类型:
在 0.20.0 版本发生变更: 已添加 compound 参数
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.Moltypes(vals, guessed=False)[源代码]
分子类型名称
共享同一分子类型的两个分子共享一个共同的模板拓扑结构。
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.RecordTypes(vals, guessed=False)[源代码]
对于类PDB格式，指示ATOM或HETATM
默认为‘ATOM’
在 0.20.0 版本发生变更: 现在存储数据类型对象的数组，而不是布尔映射
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.Resindices[源代码]
组中每个残基的全球唯一重新索引。
如果组是一个原子组，则这将给出组中每个原子的resindex。这明确地决定了每个原子的残基成员资格。重置这些值会更改原子的残基成员资格。
如果该组是ResidueGroup或SegmentGroup，则这将按照该组中元素的顺序给出该组中表示的每个残基在一维阵列中的重新索引。
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.Resnames(vals, guessed=False)[源代码]
-
- sequence(**kwargs)[源代码]
返回氨基酸序列。
使用关键字选择序列的格式 格式化 ：
格式化
描述
‘SeqRecord’
Bio.SeqRecord.SeqRecord(默认)“序号”
Bio.Seq.Seq‘字符串’
字符串
默认情况下返回序列(关键字
format = 'SeqRecord')作为Bio.SeqRecord.SeqRecord实例，然后可以对其进行进一步处理。在本例中，所有关键字参数(如 id 字符串或 name 或者 描述 )被直接传递到Bio.SeqRecord.SeqRecord。如果关键字 格式化 设置为
'Seq'，全部 科瓦格人 被忽略，并且一个Bio.Seq.Seq实例返回。与记录的不同之处在于，记录还包含元数据，并可直接用作中其他函数的输入Bio。如果关键字 格式化 设置为
'string'，全部 科瓦格人 将被忽略，并返回一个Python字符串。示例：写入FASTA文件
使用
Bio.SeqIO.write()，它接受序列记录：：import Bio.SeqIO # get the sequence record of a protein component of a Universe protein = u.select_atoms("protein") record = protein.sequence(id="myseq1", name="myprotein") Bio.SeqIO.write(record, "single.fasta", "fasta")
具有多个条目的FASTA文件可以写为：：
Bio.SeqIO.write([record1, record2, ...], "multi.fasta", "fasta")
- 参数:
format (string, optional) --
"string"：以1个字母的代码字符串形式返回序列"Seq"：返回Bio.Seq.Seq实例"SeqRecord"：返回Bio.SeqRecord.SeqRecord实例
默认值为
"SeqRecord"id (optional) -- SeqRecord的序列ID(对于不同的序列应该不同)
name (optional) -- 蛋白质的名称。
description (optional) -- 序列的简短描述。
kwargs (optional) -- 类可以理解的任何其他关键字参数：Bio.SeqRecord.SeqRecord。
- 抛出:
ValueError --
1-letter IUPAC protein amino acid code; make sure to only --
select protein residues. --
TypeError --
在 0.9.0 版本加入.
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.Segindices[源代码]
组中每个段的全局唯一段索引。
如果组是一个原子组，则这将给出组中每个原子的段索引。这明确地确定了每个原子的段成员身份。不可能设置这些，因为片段中的成员资格是每个原子残基的属性。
如果该组是ResidueGroup或SegmentGroup，则以该组中元素的顺序给出该组中表示的每个段的段索引。
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.Tempfactors(values, guessed=False)[源代码]
原子的温度因子
- group
SegmentGroup的别名
- class MDAnalysis.core.topologyattrs.TopologyAttr(values, guessed=False)[源代码]
拓扑属性的基类。
备注
这个类打算被子类化，并且主要相当于一个骨架。这里的方法应该存在于所有
TopologyAttr子类，但默认情况下它们会引发适当的异常。- attrname
附加到属性时用于属性的名称
Topology对象- 类型:
应力
- singular
单数对象(原子/残基/段)上的属性名称
- 类型:
应力
- per_object
如果组件和属性之间存在严格映射
- 类型:
应力
- dtype
键入以将此属性强制为。对于字符串，请使用‘Object’
- 类型:
整型/浮点型/对象
- top
与关联的Topology对象TopologyAttr的句柄
- 类型:
拓扑学
- classmethod from_blank(n_atoms=None, n_residues=None, n_segments=None, values=None)[源代码]
创建此TopologyAttribute的空白版本
- property is_guessed
如果这个信息的来源是一个猜测，那就糟了