11.3.2. 核心拓扑对象 `MDAnalysis.core.topologyobjects`

多维分析的拓扑图描述构建块

class MDAnalysis.core.topologyobjects.Angle(ix, universe, type=None, guessed=False, order=None)[源代码]

三个角之间的夹角 Atom 实例。原子2是角度的顶点

在 0.8 版本加入.

在 0.9.0 版本发生变更: 现在是的子类 TopologyObject ；现在使用 __slots__ 并将原子存储在 atoms 属性

创建拓扑对象

参数:

ix (numpy array) -- 原子的指数
universe (MDAnalysis.Universe) --
type (optional) -- 债券的类型
guessed (optional) -- 如果债券是被猜中的

angle(pbc=True)[源代码]

返回该角度的角度(以度为单位)。

原子0和2之间的夹角，峰值为1：：

   2
  /
 /
1------0

备注

数值精度通常不超过4位小数(并且仅测试到3位小数)。

在 0.9.0 版本加入.

在 0.17.0 版本发生变更: 接近180的固定角度给出了NaN

在 0.19.0 版本发生变更: 新增PBC关键字，默认为True

value(pbc=True)

返回该角度的角度(以度为单位)。

原子0和2之间的夹角，峰值为1：：

   2
  /
 /
1------0

备注

数值精度通常不超过4位小数(并且仅测试到3位小数)。

在 0.9.0 版本加入.

在 0.17.0 版本发生变更: 接近180的固定角度给出了NaN

在 0.19.0 版本发生变更: 新增PBC关键字，默认为True

class MDAnalysis.core.topologyobjects.Bond(ix, universe, type=None, guessed=False, order=None)[源代码]

两人之间的纽带 Atom 实例。

二 Bond 实例可以与 == 和 != 操作员。如果原子序数相同且具有相同的键级，则一个键等于另一个键。忽略了两个原子序号的顺序，就像猜测了一个键一样。

还可以查询特定原子的存在：：

>>> Atom in Bond

都会回来 True 或 False 。

在 0.9.0 版本发生变更: 现在是的子类 TopologyObject 。已将类更改为使用 __slots__ 并将原子存储在 atoms 属性。

创建拓扑对象

参数:

ix (numpy array) -- 原子的指数
universe (MDAnalysis.Universe) --
type (optional) -- 债券的类型
guessed (optional) -- 如果债券是被猜中的

length(pbc=True)[源代码]: 债券的长度。

在 0.11.0 版本发生变更: 新增PBC关键字

在 0.19.0 版本发生变更: 将pbc的默认值更改为True

partner(Atom)[源代码]

返回:

另一个 Atom 在这里面
bond

value(pbc=True): 债券的长度。

在 0.11.0 版本发生变更: 新增PBC关键字

在 0.19.0 版本发生变更: 将pbc的默认值更改为True

class MDAnalysis.core.topologyobjects.CMap(ix, universe, type=None, guessed=False, order=None)[源代码]

5之间的耦合扭转校正映射项 Atom 实例。

在 1.0.0 版本加入.

创建拓扑对象

参数:

ix (numpy array) -- 原子的指数
universe (MDAnalysis.Universe) --
type (optional) -- 债券的类型
guessed (optional) -- 如果债券是被猜中的

class MDAnalysis.core.topologyobjects.Dihedral(ix, universe, type=None, guessed=False, order=None)[源代码]

四个之间的二面体(二面角) Atom 实例。

二面体定义为原子(1，2，3)和(2，3，4)形成的平面之间的夹角。

在 0.8 版本加入.

在 0.9.0 版本发生变更: 现在是的子类 TopologyObject ；现在使用 __slots__ 并将原子存储在 atoms 属性。

在 0.11.0 版本发生变更: 已重命名为Dihedral(Was Torsion)

创建拓扑对象

参数:

ix (numpy array) -- 原子的指数
universe (MDAnalysis.Universe) --
type (optional) -- 债券的类型
guessed (optional) -- 如果债券是被猜中的

dihedral(pbc=True)[源代码]

以度为单位计算二面角。

围绕连接原子1和2的轴的二面角(即原子(0，1，2)和(1，2，3)所跨越的平面之间的角度)：

        3
        |
  1-----2
 /
0

备注

数值精度通常不超过4位小数(并且仅测试到3位小数)。

在 0.9.0 版本加入.

在 0.19.0 版本发生变更: 新增PBC关键字，默认为True

value(pbc=True)

以度为单位计算二面角。

围绕连接原子1和2的轴的二面角(即原子(0，1，2)和(1，2，3)所跨越的平面之间的角度)：

        3
        |
  1-----2
 /
0

备注

数值精度通常不超过4位小数(并且仅测试到3位小数)。

在 0.9.0 版本加入.

在 0.19.0 版本发生变更: 新增PBC关键字，默认为True

class MDAnalysis.core.topologyobjects.ImproperDihedral(ix, universe, type=None, guessed=False, order=None)[源代码]

不正确的二面角(不正确的二面角) Atom 实例。

MDAnalysis将不适当的二面角视为原子(1，2，3)和(2，3，4)形成的平面之间的角度。

警告

在不适当的二面体中原子排序的定义可以改变。对照您的软件检查此处的定义。

在 0.9.0 版本加入.

在 0.11.0 版本发生变更: 已重命名为ImProperDihedral(不正确_扭矩)

创建拓扑对象

参数:

ix (numpy array) -- 原子的指数
universe (MDAnalysis.Universe) --
type (optional) -- 债券的类型
guessed (optional) -- 如果债券是被猜中的

improper()[源代码]: 以度为单位的不正确的二面角。

备注

数值精度通常不超过4位小数(并且仅测试到3位小数)。

class MDAnalysis.core.topologyobjects.TopologyDict(topologygroup)[源代码]

一种定制的词典，用于对一组原子中的键、角和二面体进行排序。

用法：：

topologydict = TopologyDict(members)

TopologyDicts也是从 TopologyGroup.topDict 属性。

这个 TopologyDict 从原子中收集所有选定的拓扑类型，并根据其中的原子类型对它们进行分类。一个 TopologyGroup 可以通过使用适当的键进行查询来包含所有给定的债券类型。这把钥匙是 TopologyDict 是键表示的原子类型的元组，可以使用 keys() 方法。

例如，从包含纯乙醇的系统中：

>>> td = u.bonds.topDict
>>> td.keys()
[('C', 'C'),
 ('C', 'H'),
 ('O', 'H'),
 ('C', 'O')]
>>> td['C', 'O']
< TopologyGroup containing 912 bonds >

备注

键的关键字取自原子的类型属性。

获得和设置键的类型是巧妙的，所以C-C-H角度被认为与H-C-C角度相同。

在创建和组合不同的词典时，会自动删除重复条目。这意味着原子1和2之间的键在一个词典中只会出现一次，尽管原子1和2都有这个键。 bond 属性。

二 TopologyDict 可以使用加法合并实例，并且在此过程中不会创建任何重复的绑定。

参数:: members -- 一份名单 TopologyObject 实例

在 0.8 版本加入.

在 0.9.0 版本发生变更: 更改了初始化，以使用 TopologyObject 实例而不是原子列表；现在从内部使用 TopologyGroup 而不是从访问 AtomGroup 。

keys()[源代码]: 返回可用债券的不同类型的列表

class MDAnalysis.core.topologyobjects.TopologyGroup(bondidx, universe, btype=None, type=None, guessed=None, order=None)[源代码]

用来装一组债券的容器。

特定类型的所有债券都可以从 TopologyGroup 通过使用类型元组进行查询：

tg2 = tg.select_bonds([key])

哪里 key 将所需的键描述为所涉及的 Atom 类型，由.type Atom属性定义)。属性可以显示可用键的列表 types() 方法。

或者，给定的所有键 AtomGroup 可以使用以下命令提取 atomgroup_intersection() ：：

tg2 = tg.atomgroup_intersection(ag)

这允许关键字严格强制所有绑定的所有成员都在传递给它的原子组内。

最后，TopologyGroup的切片方式类似于ATOM Groups：：

tg2 = tg[5:10]

这个 bonds() ， angles() 和 dihedrals() 方法为中的Cython距离计算函数提供了一条“快捷方式” MDAnalysis.lib.distances 。

拓扑组可以与相同键合类型的拓扑组组合(即可以组合包含拓扑组的两个角度)。

在 0.8 版本加入.

在 0.9.0 版本发生变更: 彻底检修：(1)增加内部 TopologyDict 可通过 topDict 属性。(2) selectBonds() 允许 topDict 要使用类型元组进行查询。(3)增加 atomgroup_intersection() 为了允许给定的债券 AtomGroup 等着被取回。

在 0.10.0 版本发生变更: 已添加 from_indices() 构造函数，允许从索引创建类。现在可以创建空组。已重命名 dump_contents() 至 to_indices()

在 0.11.0 版本发生变更: 已添加 values 方法以返回该组中每个对象的大小。

在 0.19.0 版本发生变更: Empty TopologyGroup现在通过INDEX属性和TO_INDEX()返回格式正确的空数组

angles(result=None, pbc=False)[源代码]

计算原子1和2之间的键和原子2和3之间的键之间形成的角度(以弧度为单位

参数:

result (array_like) -- 允许使用预定义的结果数组，请注意，这将被覆盖
pbc (bool) -- 在计算角度时应用周期性边界条件 [False] 当原子之间的连接矢量可能需要最小的图像约定时，这一点很重要

返回:

角度 ( ndarray )
。。版本已更改：：0.9.0 --添加 pbc 选项(默认 False )

property atom1: 该组中每个TopologyObject中的第一个原子

property atom2: 该组中每个TopologyObject中的第二个原子

property atom3: 该组中每个TopologyObject中的第三个原子

property atom4: 该组中每个TopologyObject中的第四个原子

atomgroup_intersection(ag, **kwargs)[源代码]

从这个拓扑组中检索传递的原子组中的所有绑定。

参数:

ag (AtomGroup) -- 这个 :class:~MDAnalysis.core.groups.AtomGroup 与…交叉与…相交
strict (bool) -- 仅检索完全包含在原子组中的绑定。 [False]

在 0.9.0 版本加入.

bonds(pbc=False, result=None)[源代码]

计算此拓扑组中所有焊接之间的距离

关键词:

pbc: 在计算距离时应用周期边界条件 [错误]
结果: 允许使用预定义的结果数组，请注意，这将被覆盖

使用cython实现

dihedrals(result=None, pbc=False)[源代码]

计算此拓扑组的二面角(弧度)。

定义为原子1、2和3形成的平面与原子2、3和4形成的平面之间的夹角。

参数:

result (array_like) -- 允许使用预定义的结果数组，请注意，这将被覆盖
pbc (bool) -- 在计算角度时应用周期性边界条件 [False] 当原子之间的连接矢量可能需要最小的图像约定时，这一点很重要

返回:

角度 ( ndarray )
。。版本已更改：：0.9.0 --添加 pbc 选项(默认 False )

dump_contents()

返回具有描述键的原子索引的数据结构。

此格式应与语义网._拓扑图中条目的原始内容相同。请注意，由于键在初始化时被排序，因此在每个条目中定义原子的顺序可能会颠倒。

返回:

指数 ( 元组 )--元组的元组，根据原子数定义此TopologyGroup的内容。(美国原子内基于0的索引)
。。添加的版本：：0.9.0
。。版本已更改：：0.10.0 --从“DUMP_CONTENTS”重命名为“TO_INDEX”

property indices

所有债券指数

参见

to_indices: 仅返回的函数 indices

selectBonds(selection): 根据类型从此拓扑组中检索选择。

select_bonds(selection)[源代码]: 根据类型从此拓扑组中检索选择。

to_indices()[源代码]

返回具有描述键的原子索引的数据结构。

此格式应与语义网._拓扑图中条目的原始内容相同。请注意，由于键在初始化时被排序，因此在每个条目中定义原子的顺序可能会颠倒。

返回:

指数 ( 元组 )--元组的元组，根据原子数定义此TopologyGroup的内容。(美国原子内基于0的索引)
。。添加的版本：：0.9.0
。。版本已更改：：0.10.0 --从“DUMP_CONTENTS”重命名为“TO_INDEX”

property topDict

返回此拓扑组的TopologyDict。

在获取特定类型的焊接时，它用于SELECT_BINDS方法。

这是一个缓存属性，因此将在第一次访问它时生成。

types()[源代码]: 返回此TopologyGroup中的绑定类型列表

property universe: 我们所属的宇宙

values(**kwargs)[源代码]

返回该组中每个对象的大小

关键词:

pbc: 在计算距离时应用周期边界条件 [False]
结果: 允许使用预定义的结果数组，请注意，这将被覆盖

在 0.11.0 版本加入.

class MDAnalysis.core.topologyobjects.TopologyObject(ix, universe, type=None, guessed=False, order=None)[源代码]

所有拓扑项的基类。

定义MDAnalysis中的焊点/角度/等的行为。

在 0.9.0 版本加入.

在 0.10.0 版本发生变更: All TopologyObject现在跟踪它们是否是通过 is_guessed 托管属性。

在 0.11.0 版本加入: 添加了 value 方法返回对象的大小

在 2.6.0 版本发生变更: 更新了Atom ID表示顺序，以与原子组索引的顺序匹配

创建拓扑对象

参数:

ix (numpy array) -- 原子的指数
universe (MDAnalysis.Universe) --
type (optional) -- 债券的类型
guessed (optional) -- 如果债券是被猜中的

property atoms: 这个键中的原子

property indices: 描述此对象的索引元组

在 0.10.0 版本加入.

property type

元组形式的债券类型

备注

在比较类型时，重要的是也要考虑类型的反面，即：

a.type == b.type or a.type == b.type[::-1]

class MDAnalysis.core.topologyobjects.UreyBradley(ix, universe, type=None, guessed=False, order=None)[源代码]

两者之间的Urey-Bradley角 Atom 实例。二 UreyBradley 实例可以与 == 和 != 操作员。如果涉及相同的原子序数，则UreyBradley角等于另一个。

在 1.0.0 版本加入.

创建拓扑对象

参数:

ix (numpy array) -- 原子的指数
universe (MDAnalysis.Universe) --
type (optional) -- 债券的类型
guessed (optional) -- 如果债券是被猜中的

distance(pbc=True)[源代码]: 原子之间的距离。

partner(Atom)[源代码]

返回:

另一个 Atom 在这里面
互动

value(pbc=True): 原子之间的距离。

11.3.2. 核心拓扑对象 MDAnalysis.core.topologyobjects

11.3.2. 核心拓扑对象 `MDAnalysis.core.topologyobjects`