11.1. MDAnalysis的核心功能

基本类是一个 AtomGroup ；整个模拟称为 Universe 。所选内容是根据 AtomGroup 并返回另一个 AtomGroup 。

要开始，请加载宇宙：：

u = Universe(topology_file, trajectory_file)

简单选择蛋白质4A范围内的所有水氧：

water_shell = u.select_atoms('name OH2 and around 4.0 protein')
water_shell.n_atoms           # how many waters were selected
water_shell.total_mass()       # their total mass

AtomGroup 实例具有允许计算简单属性的各种方法。对于更复杂的分析，请以Numy数组形式获取坐标：：

coords = water_shell.positions

并编写您自己的Python代码。