4.8.4. 电介质 MDAnalysis.analysis.dielectric

作者:

马蒂娅·费利斯·巴勒莫，菲利普·洛什

年:

2022

版权所有:

GNU公共许可证v3

class MDAnalysis.analysis.dielectric.DielectricConstant(atomgroup, temperature=300, make_whole=True, **kwargs)

计算平均偶极矩

\[\黑体符号M=\sum_i q_i\黑体符号r_i\]

哪里 \(q_i\) 就是指控和 \(\boldsymbol r_i\) 原子的位置 \(i\) 在给定的情况下 MDAnalysis.core.groups.AtomGroup 。此外，静态介电常数

\[\varepsilon=1+\frac{\langM^2\rangle-\langM\rangel^2} {3 \varepsilon_ 0 V k_B T}\]

对于锡箔边界条件下的系统进行了计算，这是用Ewald求和技术处理静电的常见情况。看见 [Neumann1983] 有关派生的详细信息，请参阅。

参数:

• atomgroup (MDAnalysis.core.groups.AtomGroup) -- 对其执行分析的原子组

• temperature (float) -- 模拟系统的温度(开尔文)

• make_whole (bool) -- 使分子完整；如果输入已经包含完整的分子，则可以禁用此功能以获得加速

• verbose (bool) -- 显示计算的详细进度

results.M

方向相关偶极矩 \(\langle \boldsymbol M \rangle\) 在……里面 \(eÅ\) 。

类型:

numpy.ndarray

results.M2

方向相关的平方偶极矩 \(\langle \boldsymbol M^2 \rangle\) 在……里面 \((eÅ)^2\)

类型:

numpy.ndarray

results.fluct

方向相关偶极矩涨落 \(\langle \boldsymbol M^2 \rangle - \langle \boldsymbol M \rangle^2\) 在……里面 \((eÅ)^2\)

类型:

浮动

results.eps

方向相关的静态介电常数

类型:

numpy.ndarray

results.eps_mean

静态介电常数

类型:

浮动

示例

创建 DielectricConstant 实例，方法是提供 AtomGroup ，然后使用 run() 方法：

import MDAnalysis as mda
from MDAnalysis.analysis.dielectric import DielectricConstant
from MDAnalysisTests.datafiles import PSF_TRICLINIC, DCD_TRICLINIC

# Load a pure water system
universe = mda.Universe(PSF_TRICLINIC, DCD_TRICLINIC)

diel = DielectricConstant(universe.atoms)
diel.run()
print(diel.results)

提供的原子组的静态介电常数保存在 Results 属性。

在 2.1.0 版本加入.