4.5.2. 最新的核酸分析 MDAnalysis.analysis.nucleicacids

作者:

阿莉亚·莱斯库利

年:

2022

版权:

GNU公共许可证v3

该模块提供了分析核酸结构的类。这是以前的核酸工具的更新，更高性能的版本。有关应用程序，请参阅 [ᵇDenning2011, ᵇDenning2012] 。

参考文献

[ᵇDenning2011] (1,2,3)

Elizabeth J. Denning, U. Deva Priyakumar, Lennart Nilsson, and Alexander D. Mackerell Jr. Impact of 2-hydroxyl sampling on the conformational properties of rna: update of the charmm all-atom additive force field for rna. Journal of Computational Chemistry, 32(9):1929–1943, 2011. doi:https://doi.org/10.1002/jcc.21777.

[ᵇDenning2012] (1,2,3)

Elizabeth J. Denning and Alexander D. MacKerell. Intrinsic contribution of the 2\'-hydroxyl to rna conformational heterogeneity. Journal of the American Chemical Society, 134(5):2800–2806, 2012. PMID: 22242623. doi:10.1021/ja211328g.

4.5.2.1. 距离

class MDAnalysis.analysis.nucleicacids.NucPairDist(selection1: List[AtomGroup], selection2: List[AtomGroup], **kwargs)

原子对距离计算基类。

获取两个列表 AtomGroup 并计算它们之间在轨迹上的距离。用作其他核酸距离类的超类。将测量共享两个列表中的一个索引的原子之间的距离 AtomGroup 。

参数:

• selection1 (List[AtomGroup]) -- 列表 AtomGroup 包含每个被分析的核酸的一个原子的。

• selection2 (List[AtomGroup]) -- 列表 AtomGroup 包含每个被分析的核酸的一个原子的。

• kwargs (dict) -- 论据 AnalysisBase

times

用于分析的模拟时间。

类型:

numpy.ndarray

results.pair_distances

成对距离的二维数组。第一个维度是模拟时间，第二个维度包含选择1和选择2中每个条目对的配对距离。

在 2.4.0 版本加入.

类型:

numpy.ndarray

抛出:

ValueError -- 如果给出的选项长度不同

在 2.5.0 版本发生变更: 通过将选择索引传递给 results 从MDAnalys2.5.0版开始，IS已被删除。请使用 results.pair_distances 取而代之的是。这个 results.times 已弃用，现已从MDAnalysis 2.5.0版本中删除。请使用类属性 times 取而代之的是。

run(start=None, stop=None, step=None, frames=None, verbose=None, *, progressbar_kwargs={})

执行计算

参数:

• start (int, optional) -- 分析的起始框架

• stop (int, optional) -- 停止分析框架

• step (int, optional) -- 要在每个分析的帧之间跳过的帧数

• frames (array_like, optional) -- 用于切片轨迹的整数或布尔数组； frames 只能使用 instead 的 start ， stop ，以及 step 。设置 both frames 并且至少有一项 start ， stop ， step 设置为非默认值将引发 ValueError 。。。版本已添加：：2.2.0

• verbose (bool, optional) -- 启用详细信息

• progressbar_kwargs (dict, optional) -- 带有有关进度条位置等的自定义参数的ProgressBar关键字；请参见 MDAnalysis.lib.log.ProgressBar 查看完整的列表。

在 2.2.0 版本发生变更: 添加了分析任意帧的功能，方法是在 frames 关键字参数。

在 2.5.0 版本发生变更: 增列 progressbar_kwargs 参数，允许修改tqdm进度条的描述、位置等

class MDAnalysis.analysis.nucleicacids.WatsonCrickDist(strand1: List[Residue], strand2: List[Residue], n1_name: str = 'N1', n3_name: str = 'N3', g_name: str = 'G', a_name: str = 'A', u_name: str = 'U', t_name: str = 'T', c_name: str = 'C', **kwargs)

弹道上选定残留物的沃森-克里克基线距离。

获取两个列表 Residue 对象，并计算它们之间在轨迹上的沃森-克里克距离。基数与它们在作为参数给出的列表中的索引相匹配。

参数:

• strand1 (List[Residue]) -- 第一批基地名单

• strand2 (List[Residue]) -- 第二个基地名单

• n1_name (str (optional)) -- 核酸中氮1的名称，默认情况下分配给N1

• n3_name (str (optional)) -- 核酸中氮3的名称，默认分配给N3

• g_name (str (optional)) -- 拓扑中鸟嘌呤的名称，默认情况下分配给G

• a_name (str (optional)) -- 拓扑中腺嘌呤的名称，默认情况下指定给A

• u_name (str (optional)) -- 拓扑中Uracil的名称，默认情况下分配给U

• t_name (str (optional)) -- 拓扑中胸腺嘧啶的名称，默认情况下分配给T

• c_name (str (optional)) -- 拓扑中胞嘧啶的名称，默认情况下分配给C

• **kwargs (dict) -- 论据 AnalysisBase

times

用于分析的模拟时间。

类型:

numpy.ndarray

results.pair_distances

沃森-克里克基线距离的二维数组。第一维是模拟时间，第二维包含链1和链2中每个条目对的配对距离。

在 2.4.0 版本加入.

类型:

numpy.ndarray

抛出:

• ValueError -- 如果给出的残基不是氨基酸

• ValueError -- 如果给出的选项长度不同

在 2.5.0 版本发生变更: 通过将链索引传递给 results 已弃用，现已从MDAnalys2.5.0版中删除。请使用 results.pair_distances 取而代之的是。这个 results.times 已弃用，现已从MDAnalysis 2.5.0版本中删除。请使用类属性 times 取而代之的是。

run(start=None, stop=None, step=None, frames=None, verbose=None, *, progressbar_kwargs={})

执行计算

参数:

• start (int, optional) -- 分析的起始框架

• stop (int, optional) -- 停止分析框架

• step (int, optional) -- 要在每个分析的帧之间跳过的帧数

• frames (array_like, optional) -- 用于切片轨迹的整数或布尔数组； frames 只能使用 instead 的 start ， stop ，以及 step 。设置 both frames 并且至少有一项 start ， stop ， step 设置为非默认值将引发 ValueError 。。。版本已添加：：2.2.0

• verbose (bool, optional) -- 启用详细信息

• progressbar_kwargs (dict, optional) -- 带有有关进度条位置等的自定义参数的ProgressBar关键字；请参见 MDAnalysis.lib.log.ProgressBar 查看完整的列表。

在 2.2.0 版本发生变更: 添加了分析任意帧的功能，方法是在 frames 关键字参数。

在 2.5.0 版本发生变更: 增列 progressbar_kwargs 参数，允许修改tqdm进度条的描述、位置等