4.5.1. 核酸分析 MDAnalysis.analysis.nuclinfo

作者:

伊丽莎白·丹宁

年:

2011

版权所有:

GNU公共许可证v3

该模块提供分析核酸结构的功能，特别是

  • 主干二面体，

  • 气二面体，

  • AS或CP相角，

  • 沃森-克里克N1-N3距离，C2-O2距离，N6-O4距离，O6-N4距离。

有关此类分析的应用，请参见 [ᵃDenning2011, ᵃDenning2012] 。

所有函数都需要一个 Universe 作为参数与指定有问题的一个或多个基数的其他参数一起使用。角度以度为单位。这些函数对核酸和原子名称使用标准的CHARMM名称。

参考文献

[ᵃDenning2011] (1,2,3)

Elizabeth J. Denning, U. Deva Priyakumar, Lennart Nilsson, and Alexander D. Mackerell Jr. Impact of 2-hydroxyl sampling on the conformational properties of rna: update of the charmm all-atom additive force field for rna. Journal of Computational Chemistry, 32(9):1929–1943, 2011. doi:https://doi.org/10.1002/jcc.21777.

[ᵃDenning2012] (1,2,3)

Elizabeth J. Denning and Alexander D. MacKerell. Intrinsic contribution of the 2\'-hydroxyl to rna conformational heterogeneity. Journal of the American Chemical Society, 134(5):2800–2806, 2012. PMID: 22242623. doi:10.1021/ja211328g.

4.5.1.1. 距离

MDAnalysis.analysis.nuclinfo.wc_pair(universe, i, bp, seg1='SYSTEM', seg2='SYSTEM')[源代码]

残渣的Watson-Crick基准线距离 i 有残留物 bp 。

计算了Watson-Crick氢键中氮原子的距离。

参数:

  • universe (Universe) -- Universe 包含弹道

  • i (int) -- 第一垒的残留物

  • bp (int) -- 第二垒的残留物

  • seg1 (str (optional)) -- 第一垒的段ID [“系统”]

  • seg2 (str (optional)) -- 二垒的段ID [“系统”]

返回:

沃森-克里克碱基对距离

返回类型:

float

备注

如果发生故障，请务必检查数据段标识。

在 0.7.6 版本加入.

MDAnalysis.analysis.nuclinfo.minor_pair(universe, i, bp, seg1='SYSTEM', seg2='SYSTEM')[源代码]

残留物的次要凹槽底孔距离 i 有残留物 bp 。

计算了小槽氢键中氮原子和氧原子的距离。

参数:

  • universe (Universe) -- Universe 包含弹道

  • i (int) -- 第一垒的残留物

  • bp (int) -- 第二垒的残留物

  • seg1 (str (optional)) -- 第一垒的段ID [“系统”]

  • seg2 (str (optional)) -- 二垒的段ID [“系统”]

返回:

小槽碱基对距离

返回类型:

float

备注

如果发生故障，请务必检查数据段标识。

在 0.7.6 版本加入.

MDAnalysis.analysis.nuclinfo.major_pair(universe, i, bp, seg1='SYSTEM', seg2='SYSTEM')[源代码]

残留物的主槽底孔距离 i 有残留物 bp 。

计算了主槽氢键中氮原子和氧原子的距离。

参数:

  • universe (Universe) -- Universe 包含弹道

  • i (int) -- 第一垒的残留物

  • bp (int) -- 第二垒的残留物

  • seg1 (str (optional)) -- 第一垒的段ID [“系统”]

  • seg2 (str (optional)) -- 二垒的段ID [“系统”]

返回:

主槽碱基对距离

返回类型:

float

备注

如果发生故障，请务必检查数据段标识。

在 0.7.6 版本加入.

4.5.1.2. 阶段

MDAnalysis.analysis.nuclinfo.phase_cp(universe, seg, i)[源代码]

描述残留物核糖折叠物相的伪角 i 使用CP方法。

角度是由核糖环中原子的位置计算出来的。

参数:

  • universe (Universe) -- Universe 包含弹道

  • seg (str) -- 基本数据段ID

  • i (int) -- 第一垒的残留物

返回:

相位角(度)

返回类型:

float

在 0.7.6 版本加入.

MDAnalysis.analysis.nuclinfo.phase_as(universe, seg, i)[源代码]

描述残留物核糖折叠物相的伪角 i 使用AS方法

角度是由核糖环中原子的位置向量计算的。

参数:

  • universe (Universe) -- Universe 包含弹道

  • seg (str) -- 基本数据段ID

  • i (int) -- 第一垒的残留物

返回:

相位角(度)

返回类型:

float

在 0.7.6 版本加入.

4.5.1.3. 二面角

MDAnalysis.analysis.nuclinfo.tors(universe, seg, i)[源代码]

核主干二面角的计算。

二面角是阿尔法、贝塔、伽马、德尔塔、埃西隆、泽塔、齐。

根据渣油原子的位置计算二面体 i 。

参数:

  • universe (Universe) -- Universe 包含弹道

  • seg (str) -- 基本数据段ID

  • i (int) -- 第一垒的残留物

返回:

[[alpha, beta, gamma, delta, epsilon, zeta, chi]] --扭转角(度)

返回类型:

list of floats

备注

如果发生故障，请务必检查数据段标识。

在 0.7.6 版本加入.

MDAnalysis.analysis.nuclinfo.tors_alpha(universe, seg, i)[源代码]

阿尔法主干二面体

根据渣油的位置原子计算二面体 i 。

参数:

  • universe (Universe) -- Universe 包含弹道

  • seg (str) -- 基本数据段ID

  • i (int) -- 第一垒的残留物

返回:

Alpha --扭转角(度)

返回类型:

float

在 0.7.6 版本加入.

MDAnalysis.analysis.nuclinfo.tors_beta(universe, seg, i)[源代码]

贝塔主干二面体

根据渣油的位置原子计算二面体 i 。

参数:

  • universe (Universe) -- Universe 包含弹道

  • seg (str) -- 基本数据段ID

  • i (int) -- 第一垒的残留物

返回:

beta --扭转角(度)

返回类型:

float

在 0.7.6 版本加入.

MDAnalysis.analysis.nuclinfo.tors_gamma(universe, seg, i)[源代码]

伽马主干二面体

根据渣油的位置原子计算二面体 i 。

参数:

  • universe (Universe) -- Universe 包含弹道

  • seg (str) -- 基本数据段ID

  • i (int) -- 第一垒的残留物

返回:

伽马 --扭转角(度)

返回类型:

float

在 0.7.6 版本加入.

MDAnalysis.analysis.nuclinfo.tors_delta(universe, seg, i)[源代码]

三角主干二面体

根据渣油的位置原子计算二面体 i 。

参数:

  • universe (Universe) -- Universe 包含弹道

  • seg (str) -- 基本数据段ID

  • i (int) -- 第一垒的残留物

返回:

德尔塔 --扭转角(度)

返回类型:

float

在 0.7.6 版本加入.

MDAnalysis.analysis.nuclinfo.tors_eps(universe, seg, i)[源代码]

Epsilon主干二面体

根据渣油的位置原子计算二面体 i 。

参数:

  • universe (Universe) -- Universe 包含弹道

  • seg (str) -- 基本数据段ID

  • i (int) -- 第一垒的残留物

返回:

Epsilon --扭转角(度)

返回类型:

float

在 0.7.6 版本加入.

MDAnalysis.analysis.nuclinfo.tors_zeta(universe, seg, i)[源代码]

Zeta主干二面体

根据渣油的位置原子计算二面体 i 。

参数:

  • universe (Universe) -- Universe 包含弹道

  • seg (str) -- 基本数据段ID

  • i (int) -- 第一垒的残留物

返回:

zeta --扭转角(度)

返回类型:

float

在 0.7.6 版本加入.

MDAnalysis.analysis.nuclinfo.tors_chi(universe, seg, i)[源代码]

池核酸二面体

根据渣油的位置原子计算二面体 i 。

参数:

  • universe (Universe) -- Universe 包含弹道

  • seg (str) -- 基本数据段ID

  • i (int) -- 第一垒的残留物

返回:

chi --扭转角(度)

返回类型:

float

在 0.7.6 版本加入.

MDAnalysis.analysis.nuclinfo.hydroxyl(universe, seg, i)[源代码]

2-羟基二面体。仅适用于RNA计算。

备注

这种二面体计算只有在使用Charmm力场参数所记录的原子名称的情况下才有效，即“C1‘，C2’，O2‘，H2’”。

参数:

  • universe (Universe) -- Universe 包含弹道

  • seg (str) -- 基本数据段ID

  • i (int) -- 第一垒的残留物

返回:

hydroxyl_angle --扭转角(度)

返回类型:

float

在 0.7.6 版本加入.

MDAnalysis.analysis.nuclinfo.pseudo_dihe_baseflip(universe, bp1, bp2, i, seg1='SYSTEM', seg2='SYSTEM', seg3='SYSTEM')[源代码]

翻转碱基的伪二面体。仅适用于核酸碱基翻转

根据渣油的位置原子计算二面体 i

备注

这种二面体计算只有在使用Charmm力场参数所记录的原子名称的情况下才有效。

参数:

  • universe (Universe) -- Universe 包含弹道

  • bp1 (int) -- 将碱基对替换为 bp2

  • bp2 (int) -- 停留在翻转的底座下方

  • i (int) -- 翻转底座的残留物

  • segid1 (str (optional)) -- 与重油碱基配对的Sgid bp2

  • segid2 (str (optional)) -- Segid，与翻转残渣的segid相同 i

  • segid3 (str (optional)) -- 残渣的数量 i 那就是翻转

返回:

伪二面角(度)

返回类型:

float

在 0.8.0 版本加入.