4.6.1. 聚合物分析 MDAnalysis.analysis.polymer
- 作者:
理查德·J·高尔斯
- 年:
2015年、2018年
- 版权所有:
GNU公共许可证v3
该模块包含分析聚合物的各种常用工具。
- class MDAnalysis.analysis.polymer.PersistenceLength(atomgroups, **kwargs)[源代码]
计算高分子链的驻留长度
持续长度是聚合物链上的两个点变得解相关的长度。这是通过首先测量自相关来确定的 (\(C(n)\) )的两个键向量 (\(\mathbf{{a}}_i, \mathbf{{a}}_{{i + n}}\) )由 \(n\) 债券
\[C(N)=\langeCos\theta_{i，i+n}\Rangel= \lange\mathbf{a_i}\cot\mathbf{a_{i+n}}\range\]然后对其进行指数衰减，从而得到持续时间
\[C(N)\约\EXP\Left(-\FRAC{n\bar{l_B}}{l_P}\Right)\]哪里 \(\bar{{l_B}}\) 是平均键长，以及 \(l_P\) 是符合的持续长度
- 参数:
atomgroups (iterable) -- 原子组列表。每一个都应该代表一个单一的聚合物链，并按正确的顺序排序。
verbose (bool, optional) -- 如果设置为，则显示计算的详细进度
True。
- results.bond_autocorrelation
测得的键自相关
- 类型:
- results.lb
平均键长
在 2.0.0 版本加入.
- 类型:
浮动
- lb
的别名
results.lb。自 2.0.0 版本弃用: 将在MDAnalysis 3.0.0中删除。请使用
results.lb取而代之的是。- 类型:
浮动
- results.x
所预测的去相关长度 lp
在 2.0.0 版本加入.
- 类型:
- results.lp
计算的持续长度
在 2.0.0 版本加入.
- 类型:
浮动
- lp
的别名
results.lp。自 2.0.0 版本弃用: 将在MDAnalysis 3.0.0中删除。请使用
results.lp取而代之的是。- 类型:
浮动
- results.fit
所预测的模型主干去相关 lp
在 2.0.0 版本加入.
- 类型:
- fit
的别名
results.fit。自 2.0.0 版本弃用: 将在MDAnalysis 3.0.0中删除。请使用
results.fit取而代之的是。- 类型:
浮动
参见
sort_backbone()用于生成输入所需的已排序原子组。
示例
from MDAnalysis.tests.datafiles import TRZ_psf, TRZ import MDAnalysis as mda from MDAnalysis.analysis import polymer u = mda.Universe(TRZ_psf, TRZ) # this system is a pure polymer melt of polyamide, # so we can select the chains by using the .fragments attribute chains = u.atoms.fragments # select only the backbone atoms for each chain backbones = [chain.select_atoms('not name O* H*') for chain in chains] # sort the chains, removing any non-backbone atoms sorted_backbones = [polymer.sort_backbone(bb) for bb in backbones] persistence_length = polymer.PersistenceLength(sorted_backbones) # Run the analysis, this will average over all polymer chains # and all timesteps in trajectory persistence_length = persistence_length.run() print(f'The persistence length is: {persistence_length.results.lp}') # always check the visualisation of this: persistence_length.plot()
在 0.13.0 版本加入.
在 0.20.0 版本发生变更: Run方法现在自动执行指数拟合
在 1.0.0 版本发生变更: 已弃用
PersistenceLength.perform_fit()现已被移除。在 2.0.0 版本发生变更: 原
results现在存储为results.bond_autocorrelation。lb，lp，fit现在存储在一个MDAnalysis.analysis.base.Results实例。