4.2.7. 安可乐团相似度计算 MDAnalysis.analysis.encore

作者:

马泰奥·蒂贝蒂，Wter Boomsma，Tone Bengtsen

年:

2015-2017年

版权所有:

GNU公共许可证v3

维护员:

Matteo Tiberti<matteo.tiberti@gmail.com>，Mtiberti on GitHub

在 0.16.0 版本加入.

该模块包含中描述的蛋白质集合之间的相似性度量的实现 [1] 。有关实现和示例，请参阅 [2] 。

该模块包括处理系综和轨迹的设施，通过 Universe 类，执行集合空间的聚类或降维，从输入数据估计多变量概率分布，等等。Encore可用于比较实验和模拟派生的系综，以及从依赖时间的模拟估计轨迹的收敛。

Encore包括三种不同的方法，用于计算在各个功能中实现的合奏之间的相似性度量：

  • 和声系综相似性 : hes()

  • 聚类集合相似度 : ces()

  • 降维集合相似性 : dres()

以及评估轨迹收敛的两种方法：

在已发表的作品中使用此模块时，请注明 [2] 。

4.2.7.1. 模块

4.2.7.2. 参考文献