4.2.7.1.6. 引导程序 MDAnalysis.analysis.ensemble.bootstrap

该模块包含用于通过替换重采样来引导集合(宇宙对象)或距离矩阵的函数。

作者:

马泰奥·蒂贝蒂，Wter Boomsma，Tone Bengtsen

在 0.16.0 版本加入.

MDAnalysis.analysis.encore.bootstrap.bootstrapped_matrix(matrix, ensemble_assignment)

引导输入方阵。生成的矩阵将具有与原始矩阵相同的形状，但其元素的顺序将被绘制(重复)。每个乐团都是单独引导的。

参数:

• matrix (encore.utils.TriangularMatrix) -- 相似/相异矩阵

• ensemble_assignment (numpy.array) -- 一系列合奏作业。此数组必须为matrix。大小为Long。

返回:

this_m --自举相似/相异矩阵

返回类型:

encore.utils.TriangularMatrix

MDAnalysis.analysis.encore.bootstrap.get_distance_matrix_bootstrap_samples(distance_matrix, ensemble_assignment, samples=100, ncores=1)

通过使用替换进行重采样，计算与自举的系综对应的距离矩阵。

参数:

• distance_matrix (encore.utils.TriangularMatrix) -- 构象距离矩阵

• ensemble_assignment (str) -- 从它们来自哪个合奏的帧映射到哪个合奏(必需的，因为合奏是独立引导的)

• samples (int, optional) -- 要创建多少个引导示例。

• ncores (int, optional) -- 可使用的最大核数(默认为1)

返回:

confdistmatrix

返回类型:

list of encore.utils.TriangularMatrix

MDAnalysis.analysis.encore.bootstrap.get_ensemble_bootstrap_samples(ensemble, samples=100)

通过使用替换重采样来生成自举合奏。

参数:

• ensemble (MDAnalysis.Universe) -- 构象距离矩阵

• samples (int, optional) -- 要创建多少个引导示例。

返回类型:

list of MDAnalysis.Universe objects