4.11.1. 分析数据文件

MDAnalysis.analysis.data 包含用作分析一部分的数据文件。这些可以是实验数据，也可以是理论数据。文件存储在包中，并可通过 MDAnalysis.analysis.data.filenames 。下面记录了这些变量，包括对文献的引用以及它们在内部的使用位置 MDAnalysis.analysis 。

4.11.1.1. 数据文件

MDAnalysis.analysis.data.filenames.Rama_ref

参考Ramachandran直方图 MDAnalysis.analysis.dihedrals.Ramachandran 。数据是在500个PDB结构的数据集上计算的，这些结构取自 [Lovell2003] 。这是一个数字数组，位于 \(\phi\) 和 \(\psi\) 主干二面角。

使用：：加载并绘制它

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from MDAnalysis.analysis.data.filenames import Rama_ref
X, Y = np.meshgrid(np.arange(-180, 180, 4), np.arange(-180, 180, 4))
Z = np.load(Rama_ref)
ax.contourf(X, Y, Z, levels=[1, 17, 15000])

给定高程将绘制包含90%和99%数据点的等高线。参考数据如中所示 Ramachandran reference plot figure 。中显示了分析数据和参考数据的示例 Ramachandran plot figure 举个例子。

参考Ramachandran曲线图，等高线包含参考数据集中90%(“允许区域”)和99%(“慷慨允许区域”)的数据点。

MDAnalysis.analysis.data.filenames.Janin_ref

参考Janin直方图 MDAnalysis.analysis.dihedrals.Janin 。数据是在500个PDB结构的数据集上计算的，这些结构取自 [Lovell2003] 。这是一个数字数组，位于 \(\chi_1\) 和 \(\chi_2\) 边链二面角。

使用：：加载并绘制它

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from MDAnalysis.analysis.data.filenames import Janin_ref
X, Y = np.meshgrid(np.arange(0, 360, 6), np.arange(0, 360, 6))
Z = np.load(Janin_ref)
ax.contourf(X, Y, Z, levels=[1, 6, 600])

给定的等级将绘制包含90%和98%数据的等高线。参考数据如中所示 Janin reference plot figure 。中显示了分析数据和参考数据的示例 Janin plot figure 举个例子。

用包含参考数据集中90%(允许区域)和98%(慷慨允许区域)的数据点的等高线绘制参考图。