13.2.3. MDAnalysis的邻居搜索包装器 MDAnalysis.lib.NeighborSearch

此模块包含允许使用直接搜索邻居的类 AtomGroup 来自以下位置的对象 MDAnalysis 。

class MDAnalysis.lib.NeighborSearch.AtomNeighborSearch(atom_group: AtomGroup, box: _SupportsArray[dtype[Any]] | _NestedSequence[_SupportsArray[dtype[Any]]] | bool | int | float | complex | str | bytes | _NestedSequence[bool | int | float | complex | str | bytes] | None = None)

此类可用于查找给定查询位置半径内的所有原子/残基/片段。

对于邻居搜索，这个类是一个包装器 capped_distance 。

参数:

• atom_list (AtomGroup) -- 原子列表

• box (array-like or None, optional, default None) -- 以以下形式表示的模拟单元尺寸 MDAnalysis.trajectory.timestep.Timestep.dimensions 在计算接触时应考虑周期性边界条件。

search(atoms: AtomGroup, radius: float, level: str = 'A') → AtomGroup | ResidueGroup | SegmentGroup | None

返回其中的所有原子/残基/片段 半径 其中的原子 原子 。

参数:

• atoms (AtomGroup, MDAnalysis.core.groups.AtomGroup) -- 原子组对象

• radius (float) -- 在Angstrom搜索的半径。

• level (str) -- CHAR(A，R，S)。返回原子(A)、残基(R)或链段(S) 半径 的 原子 。

返回:

• AtomGroup (AtomGroup) -- When level='A', AtomGroup is being returned.

• ResidueGroup (ResidueGroup) -- When level='R', ResidueGroup is being returned.

• SegmentGroup (SegmentGroup) -- When level='S', SegmentGroup is being returned.

在 2.0.0 版本发生变更: 现在又回来了 AtomGroup (如果为空，则现在为空 AtomGroup 而不是空列表)， ResidueGroup ，或一个 SegmentGroup