5.15. PDB拓扑解析器

该拓扑解析器使用标准的PDB文件来构建最小内部结构表示(原子列表)。

拓扑阅读器逐行读取PDB文件，并忽略原子数，但仅正确读取最高9999的残基数。如果您的系统包含至少10,000个残基，则您需要使用不同的文件格式(例如， XPDB 格式，请参见 ExtendedPDBParser )，可以处理高达99,999个残留数。

备注

解析器处理原子及其名称。质量是猜测的，如果未知，则设置为0。未设置部分费用。如果元素有效，则对其进行解析。如果部分缺失或不正确，则分配空记录。

参见

• MDAnalysis.topology.ExtendedPDBParser

• MDAnalysis.coordinates.PDB.PDBReader

• MDAnalysis.core.universe.Universe

5.15.1. 班级

class MDAnalysis.topology.PDBParser.PDBParser(filename)

从标准PDB文件中获取原子列表的解析器。

创建以下属性(如果存在)：

• 姓名

• 链科动物

• 诱因

• 占有率

• 记录类型(ATOM/HETATM)

• 居留

• 更名

• 塞吉斯

• 元素

• 债券

• 正式指控

猜测以下属性：

• 群众

参见

MDAnalysis.coordinates.PDB.PDBReader

在 0.8 版本加入.

在 0.18.0 版本发生变更: 添加了对记录类型的解析

在 1.0.0 版本发生变更: 添加了对有效元素的解析

在 2.0.0 版本发生变更: 如果PDB文件中没有焊点，则不添加焊点属性。如果元素无效或部分缺失，则现在分配空元素记录(问题#2422)。别名 bfactors 拓扑属性为 tempfactors 。 bfactors 已弃用，将在3.0中删除(问题#1901)

在 2.3.0 版本发生变更: 正式指控现在从PDB文件中读取(如果存在)。如果PDB文件中不存在正式费用，则不会创建ForformalCharge属性。任何未设置的正式费用均假定值为0。加薪 UserWarning 取而代之的是 RuntimeError 当CONECT记录损坏时。

在 2.5.0 版本发生变更: 如果遇到未知条目，则不会填充正式费用，而是发出UserWarning。

close()

关闭轨迹文件。

convert_forces_from_native(force, inplace=True)

力阵的换算 力 从原生单位到基本单位

参数:

• force (array_like) -- 转型的力量

• inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 力 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.7 版本加入.

convert_forces_to_native(force, inplace=True)

力阵的换算 力 从基本单位到原生单位。

参数:

• force (array_like) -- 转型的力量

• inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 force 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.7 版本加入.

convert_pos_from_native(x, inplace=True)

坐标数组x从原生单位到基本单位的转换。

参数:

• x (array_like) -- 要转型的职位

• inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 x 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为 False 以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。

convert_pos_to_native(x, inplace=True)

坐标数组的转换 x 从基本单位到本地单位。

参数:

• x (array_like) -- 要转型的职位

• inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 x 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为 False 以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。

convert_time_from_native(t, inplace=True)

转换时间 t 从原生单位到基本单位。

参数:

• t (array_like) -- 要转换的时间值

• inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 t 被就地修改并返回(尽管请注意标量值 t 在Python中通过值传递，因此就地修改对调用方没有任何影响。)就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为 False 以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。

convert_time_to_native(t, inplace=True)

转换时间 t 从基本单位到本地单位。

参数:

• t (array_like) -- 要转换的时间值

• inplace (bool, optional) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 t 被就地修改并也被返回。(另请注意，标量值 t 在Python中通过值传递，因此就地修改对调用方没有任何影响。)

在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 在位 可以设置为 False 以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。

convert_velocities_from_native(v, inplace=True)

速度阵的换算 v 从原生单位到基本单位

参数:

• v (array_like) -- 转型的速度

• inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 v 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.5 版本加入.

convert_velocities_to_native(v, inplace=True)

坐标数组的转换 v 从基本单位到原生单位

参数:

• v (array_like) -- 转型的速度

• inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 v 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.5 版本加入.

parse(**kwargs)

解析PDB文件中的原子信息

返回类型:

MDAnalysis Topology object

units = {'length': None, 'time': None, 'velocity': None}

带有以下单位的词典 time 和 长度 (及 速度 ， 力 ..用于支持它的格式)