5.28. TPR拓扑解析器的实用函数

这个 MDAnalysis.topology.tpr 模块包含Gromacs TPR拓扑读取器的类和函数 TPRParser 已经建成了。

5.28.1. TPR支持

这个 MDAnalysis.topology.tpr 模块是必需的。 MDAnalysis.topology.TPRParser 模块。

MDAnalysis.topology.tpr.SUPPORTED_VERSIONS = (58, 73, 83, 100, 103, 110, 112, 116, 119, 122, 127, 129)

内置不变序列。

如果没有给定参数，则构造函数返回一个空的元组。如果指定了Iterable，则从Iterable的项初始化元组。

如果参数是元组，则返回值是相同的对象。

子模块

MDAnalysis.topology.tpr.setting
MDAnalysis.topology.tpr.obj
MDAnalysis.topology.tpr.utils

5.28.2. TPRParser设置

常量的定义。

当前读取的文件格式版本在中定义 SUPPORTED_VERSIONS 。

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_ANGLES = 10: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_ANGRES = 58: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_ANGRESZ = 59: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_ANHARM_POL = 51: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_BHAM = 38: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_BHAM_LR = 40: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_BONDS = 0: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_CBTDIHS = 22: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_CMAP = 27: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_COM_PULL = 75: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_CONNBONDS = 4: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_CONSTR = 62: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_CONSTRNC = 63: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_COUL14 = 34: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_COUL_LR = 43: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_COUL_RECIP = 45: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_COUL_SR = 42: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_CROSS_BOND_ANGLES = 15: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_CROSS_BOND_BONDS = 14: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_CUBICBONDS = 3: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_DENSITYFITTING = 76: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_DHDL_CON = 86: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_DIHRES = 60: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_DIHRESVIOL = 61: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_DISPCORR = 41: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_DISRES = 54: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_DISRESVIOL = 55: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_DKDL = 88: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_DPD = 47: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_DVDL = 87: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_DVDL_BONDED = 91: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_DVDL_COUL = 89: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_DVDL_RESTRAINT = 92: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_DVDL_TEMPERATURE = 93: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_DVDL_VDW = 90: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_ECONSERVED = 81: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_EKIN = 79: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_EPOT = 78: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_EQM = 77: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_ETOT = 80: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_FBPOSRES = 53: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_FENEBONDS = 6: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_FOURDIHS = 23: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_G96ANGLES = 11: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_G96BONDS = 1: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_GB12 = 28: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_GB13 = 29: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_GB14 = 30: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_GBPOL = 31: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_HARMONIC = 5: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_IDIHS = 24: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_LINEAR_ANGLES = 13: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_LJ = 37: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_LJ14 = 33: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_LJC14_Q = 35: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_LJC_PAIRS_NB = 36: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_LJ_LR = 39: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_LJ_RECIP = 46: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_MORSE = 2: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_NPSOLVATION = 32: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_NRE = 94: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_ORIRES = 56: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_ORIRESDEV = 57: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_PDIHS = 19: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_PDISPCORR = 84: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_PIDIHS = 25: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_POLARIZATION = 48: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_POSRES = 52: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_PRES = 85: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_QUARTIC_ANGLES = 17: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_RBDIHS = 20: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_RESTRANGLES = 12: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_RESTRBONDS = 9: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_RESTRDIHS = 21: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_RF_EXCL = 44: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_SETTLE = 64: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_TABANGLES = 18: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_TABBONDS = 7: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_TABBONDSNC = 8: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_TABDIHS = 26: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_TEMP = 82: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_THOLE_POL = 50: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_UREY_BRADLEY = 16: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_VSITE1 = 65: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_VSITE2 = 66: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_VSITE2FD = 67: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_VSITE3 = 68: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_VSITE3FAD = 70: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_VSITE3FD = 69: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_VSITE3OUT = 71: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_VSITE4FD = 72: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_VSITE4FDN = 73: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_VSITEN = 74: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_VTEMP_NOLONGERUSED = 83: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.F_WATER_POL = 49: 函数类型来自 <gromacs_dir>/include/types/idef.h

MDAnalysis.topology.tpr.setting.SUPPORTED_VERSIONS = (58, 73, 83, 100, 103, 110, 112, 116, 119, 122, 127, 129): TPRParser可以读取的Gromacs TPR文件格式版本。

MDAnalysis.topology.tpr.setting.ftupd = [(20, 3), (20, 4), (20, 5), (34, 6), (43, 7), (43, 8), (70, 9), (98, 12), (76, 13), (30, 14), (30, 15), (30, 16), (34, 17), (43, 18), (98, 21), (98, 22), (26, 23), (26, 25), (43, 26), (65, 27), (60, 28), (61, 29), (61, 30), (72, 31), (72, 32), (41, 35), (41, 36), (32, 40), (32, 44), (32, 45), (93, 46), (46, 47), (30, 48), (36, 50), (90, 53), (22, 55), (22, 56), (22, 57), (26, 60), (26, 61), (49, 73), (50, 74), (46, 75), (20, 77), (46, 81), (69, 83), (66, 84), (54, 86), (76, 51), (79, 89), (79, 90), (79, 91), (79, 92), (79, 93), (117, 76), (121, 65), (118, 67)]: 函数类型来自 <gromacs_dir>/src/gmxlib/tpxio.c

MDAnalysis.topology.tpr.setting.interaction_types = [('BONDS', 'Bond', 2), ('G96BONDS', 'G96Bond', 2), ('MORSE', 'Morse', 2), ('CUBICBONDS', 'Cubic Bonds', 2), ('CONNBONDS', 'Connect Bonds', 2), ('HARMONIC', 'Harmonic Pot.', 2), ('FENEBONDS', 'FENE Bonds', 2), ('TABBONDS', 'Tab. Bonds', 2), ('TABBONDSNC', 'Tab. Bonds NC', 2), ('RESTRAINTPOT', 'Restraint Pot.', 2), ('ANGLES', 'Angle', 3), ('G96ANGLES', 'G96Angle', 3), ('RESTRANGLES', 'Restricted Angles', 3), ('LINEAR_ANGLES', 'Lin. Angle', 3), ('CROSS_BOND_BOND', 'Bond-Cross', 3), ('CROSS_BOND_ANGLE', 'BA-Cross', 3), ('UREY_BRADLEY', 'U-B', 3), ('QANGLES', 'Quartic Angles', 3), ('TABANGLES', 'Tab. Angles', 3), ('PDIHS', 'Proper Dih.', 4), ('RBDIHS', 'Ryckaert-Bell.', 4), ('RESTRDIHS', 'Restricted Dih.', 4), ('CBTDIHS', 'CBT Dih.', 4), ('FOURDIHS', 'Fourier Dih.', 4), ('IDIHS', 'Improper Dih.', 4), ('PIDIHS', 'Improper Dih.', 4), ('TABDIHS', 'Tab. Dih.', 4), ('CMAP', 'CMAP Dih.', 5), ('GB12', 'GB 1-2 Pol.', 2), ('GB13', 'GB 1-3 Pol.', 2), ('GB14', 'GB 1-4 Pol.', 2), ('GBPOL', 'GB Polarization', None), ('NPSOLVATION', 'Nonpolar Sol.', None), ('LJ14', 'LJ-14', 2), ('COUL14', 'Coulomb-14', None), ('LJC14_Q', 'LJC-14 q', 2), ('LJC_NB', 'LJC Pairs NB', 2), ('LJ_SR', 'LJ (SR)', 2), ('BHAM', 'Buck.ham (SR)', 2), ('LJ_LR', 'LJ (LR)', None), ('BHAM_LR', 'Buck.ham (LR)', None), ('DISPCORR', 'Disper. corr.', None), ('COUL_SR', 'Coulomb (SR)', None), ('COUL_LR', 'Coulomb (LR)', None), ('RF_EXCL', 'RF excl.', None), ('COUL_RECIP', 'Coul. recip.', None), ('LJ_RECIP', 'LJ recip.', None), ('DPD', 'DPD', None), ('POLARIZATION', 'Polarization', 2), ('WATERPOL', 'Water Pol.', 5), ('THOLE', 'Thole Pol.', 4), ('ANHARM_POL', 'Anharm. Pol.', 2), ('POSRES', 'Position Rest.', 1), ('FBPOSRES', 'Flat-bottom posres', 1), ('DISRES', 'Dis. Rest.', 2), ('DISRESVIOL', 'D.R.Viol. (nm)', None), ('ORIRES', 'Orient. Rest.', 2), ('ORDEV', 'Ori. R. RMSD', None), ('ANGRES', 'Angle Rest.', 4), ('ANGRESZ', 'Angle Rest. Z', 2), ('DIHRES', 'Dih. Rest.', 4), ('DIHRESVIOL', 'Dih. Rest. Viol.', None), ('CONSTR', 'Constraint', 2), ('CONSTRNC', 'Constr. No Conn.', 2), ('SETTLE', 'Settle', 3), ('VSITE1', 'Virtual site 1', 2), ('VSITE2', 'Virtual site 2', 3), ('VSITE2FD', 'Virtual site 2fd', 3), ('VSITE3', 'Virtual site 3', 4), ('VSITE3FD', 'Virtual site 3fd', 4), ('VSITE3FAD', 'Virtual site 3fad', 4), ('VSITE3OUT', 'Virtual site 3out', 4), ('VSITE4FD', 'Virtual site 4fd', 5), ('VSITE4FDN', 'Virtual site 4fdn', 5), ('VSITEN', 'Virtual site N', 2), ('COM_PULL', 'COM Pull En.', None), ('DENSITYFIT', 'Density fitting', None), ('EQM', 'Quantum En.', None), ('EPOT', 'Potential', None), ('EKIN', 'Kinetic En.', None), ('ETOT', 'Total Energy', None), ('ECONS', 'Conserved En.', None), ('TEMP', 'Temperature', None), ('VTEMP', 'Vir. Temp. (not used)', None), ('PDISPCORR', 'Pres. DC', None), ('PRES', 'Pressure', None), ('DH/DL_CON', 'dH/dl constr.', None), ('DV/DL', 'dVremain/dl', None), ('DK/DL', 'dEkin/dl', None), ('DVC/DL', 'dVcoul/dl', None), ('DVV/DL', 'dVvdw/dl', None), ('DVB/DL', 'dVbonded/dl', None), ('DVR/DL', 'dVrestraint/dl', None), ('DVT/DL', 'dVtemperature/dl', None)]: 交互类型来自 <gromacs_dir>/gmxlib/ifunc.c

5.28.3. TPRParser的类定义

class MDAnalysis.topology.tpr.obj.Atom(m, q, mB, qB, tp, typeB, ptype, resind, atomnumber)

创建Atom(m，q，MB，qb，tp，typeB，ptype，resind，ame number)的新实例

atomnumber: 第8号字段的别名

m: 字段号0的别名

mB: 字段编号2的别名

ptype: 第6号字段的别名

q: 字段编号%1的别名

qB: 字段编号3的别名

resind: 第7号字段的别名

tp: 字段编号4的别名

typeB: 字段编号5的别名

class MDAnalysis.topology.tpr.obj.AtomKind(id, name, type, resid, resname, mass, charge, atomic_number)[源代码]

property element_symbol

原子元素的符号。

与原子序数对应的符号。如果原子序数无法识别(如果粒子不是真正的原子(例如，粗粒度粒子)就会发生这种情况)，则返回一个空字符串。

class MDAnalysis.topology.tpr.obj.Atoms(atoms, nr, nres, type, typeB, atomnames, resnames)

创建原子的新实例(ATOM、NR、NRES、TYPE、TYPEB、ATOM NAMES、RENAME)

atomnames: 字段编号5的别名

atoms: 字段号0的别名

nr: 字段编号%1的别名

nres: 字段编号2的别名

resnames: 第6号字段的别名

type: 字段编号3的别名

typeB: 字段编号4的别名

class MDAnalysis.topology.tpr.obj.Box(size, rel, v)

创建长方体的新实例(Size，Rel，v)

rel: 字段编号%1的别名

size: 字段号0的别名

v: 字段编号2的别名

class MDAnalysis.topology.tpr.obj.Ilist(nr, ik, iatoms)

创建Ilist的新实例(nr、ik、itom)

iatoms: 字段编号2的别名

ik: 字段编号%1的别名

nr: 字段号0的别名

class MDAnalysis.topology.tpr.obj.InteractionKind(name, long_name, natoms)[源代码]

性质：参与这类相互作用的原子数

process(atom_ndx)[源代码]

class MDAnalysis.topology.tpr.obj.Molblock(molb_type, molb_nmol, molb_natoms_mol, molb_nposres_xA, molb_nposres_xB)

创建Molblock的新实例(molb_type、molb_nmol、molb_natom_mol、molb_nposres_xA、molb_nposres_xB)

molb_natoms_mol: 字段编号2的别名

molb_nmol: 字段编号%1的别名

molb_nposres_xA: 字段编号3的别名

molb_nposres_xB: 字段编号4的别名

molb_type: 字段号0的别名

class MDAnalysis.topology.tpr.obj.MoleculeKind(name, atomkinds, bonds=None, angles=None, dihe=None, impr=None, donors=None, acceptors=None)[源代码]

number_of_atoms()[源代码]

number_of_residues()[源代码]

remap_angles(atom_start_ndx)[源代码]

remap_bonds(atom_start_ndx)[源代码]

remap_dihe(atom_start_ndx)[源代码]

remap_impr(atom_start_ndx)[源代码]

class MDAnalysis.topology.tpr.obj.Mtop(nmoltype, moltypes, nmolblock)

创建Mtop的新实例(nmoltype、moltype、nmolblock)

moltypes: 字段编号%1的别名

nmolblock: 字段编号2的别名

nmoltype: 字段号0的别名

class MDAnalysis.topology.tpr.obj.Params(atnr, ntypes, functype, reppow, fudgeQQ)

创建参数的新实例(atnr，ntype，unctype，eppow，fudgeQQ)

atnr: 字段号0的别名

fudgeQQ: 字段编号4的别名

functype: 字段编号2的别名

ntypes: 字段编号%1的别名

reppow: 字段编号3的别名

class MDAnalysis.topology.tpr.obj.TpxHeader(ver_str, precision, fver, fgen, file_tag, natoms, ngtc, fep_state, lamb, bIr, bTop, bX, bV, bF, bBox, sizeOfTprBody)

创建TpxHeader(ver_str、Precision、Fver、fgen、FILE_TAG、Natom、NGTC、FEP_STATE、lamb、Bir、BTOP、BX、BV、BF、BBOX、sizeOfTprBody)的新实例

bBox: 字段号14的别名

bF: 字段号13的别名

bIr: 9号字段的别名

bTop: 第10号字段的别名

bV: 字段号12的别名

bX: 第11号字段的别名

fep_state: 第7号字段的别名

fgen: 字段编号3的别名

file_tag: 字段编号4的别名

fver: 字段编号2的别名

lamb: 第8号字段的别名

natoms: 字段编号5的别名

ngtc: 第6号字段的别名

precision: 字段编号%1的别名

sizeOfTprBody: 字段号15的别名

ver_str: 字段号0的别名

5.28.4. TPRParser的实用程序

函数调用顺序：：

(TPRParser.py call do_mtop)
do_mtop -> do_symtab
        -> do_ffparams -> do_iparams
        -> do_moltype  -> do_atoms  -> do_atom
                                    -> do_resinfo
                       -> do_ilists
                       -> do_block
                       -> do_blocka
        -> do_molblock

然后按照下面的格式编写材料 MDAnalysis.Universe 读进去了。

该模块还包含 do_inputrec() 来读取TPR标头。

class MDAnalysis.topology.tpr.utils.TPXUnpacker(data)[源代码]

针对TPX文件的特殊性，扩展标准XDR解包器。

do_string()[源代码]

模拟gmx_fio_do_string

GMX_FIO_DO_STRING从XDR文件中读取字符串。与pythonunpack_string相反，gmx_fio_do_string在读取实际字符串之前将大小作为无符号整数读取。

请参阅<gromacs-2016-src>/src/gromacs/fileio/gmx_system_xdr.c:454

unpack_int64()[源代码]

unpack_uchar()[源代码]

unpack_uint64()[源代码]

unpack_ushort()[源代码]

class MDAnalysis.topology.tpr.utils.TPXUnpacker2020(data)[源代码]

拆包机的TPX文件从Gromacs 2020年及以后。

Gromacs 2020中引入的序列化程序的新实现(InMhemySerializer)改变了文件正文中某些类型的唯一含义(头仍然使用以前的序列化程序实现)。

do_string()[源代码]: 模拟gmx_fio_do_string

classmethod from_unpacker(unpacker)[源代码]

unpack_fstring(n)[源代码]

unpack_uchar()[源代码]

unpack_ushort()[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.define_unpack_real(prec, data)[源代码]: 基于使用的浮点精度定义数据的Unpack_Real方法

MDAnalysis.topology.tpr.utils.do_atom(data, fver)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.do_atoms(data, symtab, fver)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.do_block(data)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.do_blocka(data)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.do_ffparams(data, fver)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.do_harm(data)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.do_ilists(data, fver)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.do_iparams(data, functypes, fver)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.do_molblock(data)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.do_moltype(data, symtab, fver)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.do_mtop(data, fver, tpr_resid_from_one=False)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.do_resinfo(data, symtab, fver, nres)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.do_rvec(data)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.do_symstr(data, symtab)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.do_symtab(data)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.extract_box_info(data, fver)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.fileVersion_err(fver)[源代码]

MDAnalysis.topology.tpr.utils.ndo_int(data, n)[源代码]: 在Gromacs中模拟gmx_fio_ndo_real.

MDAnalysis.topology.tpr.utils.ndo_ivec(data, n)[源代码]: 在Gromacs中模拟gmx_fio_ndo_rvec

MDAnalysis.topology.tpr.utils.ndo_real(data, n)[源代码]: 在Gromacs中模拟gmx_fio_ndo_real.

MDAnalysis.topology.tpr.utils.ndo_rvec(data, n)[源代码]: 在Gromacs中模拟gmx_fio_ndo_rvec

MDAnalysis.topology.tpr.utils.read_tpxheader(data)[源代码]: 此函数现在与tpxio.cpp中的do_tpxHeader兼容