5.11. LAMMPSParser
在 1.0.0 版本发生变更: 已弃用 LAMMPSDataConverter 现已被移除。
5.11.1. 原子样式
默认情况下，Lammps数据文件的解析器和读取器需要 原子性 或 full atom_style 。这可以通过将 atom_style 关键字参数。这应该是一个空格分隔的字符串，用于指示 id ， type ， resid ， charge ， x ， y 和 z 菲尔兹。这个 resid 和 charge 字段是可选的，任何其他指定的字段都将被忽略。
例如，要读取以下格式的文件，其中没有RESID：：
Atoms # atomic
1 1 3.7151744275286681e+01 1.8684434743140471e+01 1.9285127961842125e+01 0 0 0
可以使用以下代码：
>>> import MDAnalysis as mda
>>>
>>> u = mda.Universe('myfile.data', atom_style='id type x y z')
5.11.2. 班级
- class MDAnalysis.topology.LAMMPSParser.DATAParser(filename)[源代码]
分析LAMMPS数据文件以获取拓扑和坐标。
请注意，LAMMPS数据文件可以独立使用。
由于拓扑读取器和坐标读取器共享许多常见功能，因此此类中保留了拓扑和坐标解析功能
缺省情况下，解析器需要 原子性 或 full atom_style 但是，这可以通过传递一个 atom_style 关键字参数，请参见 原子样式 。
在 0.9.0 版本加入.
- close()
关闭轨迹文件。
- convert_forces_from_native(force, inplace=True)
力阵的换算 力 从原生单位到基本单位
- 参数:
force (array_like) -- 转型的力量
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 力 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.7 版本加入.
- convert_forces_to_native(force, inplace=True)
力阵的换算 力 从基本单位到原生单位。
- 参数:
force (array_like) -- 转型的力量
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 force 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.7 版本加入.
- convert_pos_from_native(x, inplace=True)
坐标数组x从原生单位到基本单位的转换。
- 参数:
x (array_like) -- 要转型的职位
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 x 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为
False以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。
- convert_pos_to_native(x, inplace=True)
坐标数组的转换 x 从基本单位到本地单位。
- 参数:
x (array_like) -- 要转型的职位
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 x 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为
False以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。
- convert_time_from_native(t, inplace=True)
转换时间 t 从原生单位到基本单位。
- 参数:
t (array_like) -- 要转换的时间值
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 t 被就地修改并返回(尽管请注意标量值 t 在Python中通过值传递，因此就地修改对调用方没有任何影响。)就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为
False以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。
- convert_time_to_native(t, inplace=True)
转换时间 t 从基本单位到本地单位。
- 参数:
t (array_like) -- 要转换的时间值
inplace (bool, optional) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 t 被就地修改并也被返回。(另请注意，标量值 t 在Python中通过值传递，因此就地修改对调用方没有任何影响。)
在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 在位 可以设置为
False以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。
- convert_velocities_from_native(v, inplace=True)
速度阵的换算 v 从原生单位到基本单位
- 参数:
v (array_like) -- 转型的速度
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 v 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.5 版本加入.
- convert_velocities_to_native(v, inplace=True)
坐标数组的转换 v 从基本单位到原生单位
- 参数:
v (array_like) -- 转型的速度
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 v 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.5 版本加入.
- grab_datafile()[源代码]
将数据文件拆分成标题和节的词典
- 返回:
header - dict of header section ( 价值 )
sections - dict of section name ( 内容 )
- read_DATA_timestep(n_atoms, TS_class, TS_kwargs, atom_style=None)[源代码]
读取数据文件并尝试提取x、v、box。
职位
速度(可选)
方框信息
将其填充到TimeStep对象中并返回它
在 0.9.0 版本加入.
在 0.18.0 版本发生变更: 添加了ATOM_STYLE KARG
- units = {'length': None, 'time': None, 'velocity': None}
带有以下单位的词典 time 和 长度 (及 速度 ， 力 ..用于支持它的格式)