5.17. PDBQT拓扑解析器

使用 PDBQT 文件以构建最低内部结构表示(原子列表)，包括 AutoDock 原子类型(存储为 Atom.type )和部分收费 (Atom.charge )。

• 逐行读取PDBQT文件，不需要连续的ATOM编号。

• 不支持多型号PDBQT文件。

备注

只读取原子及其名称；不推断连接性。质量是猜测的，如果未知，则设置为0。

参见

None

5.17.1. 班级

class MDAnalysis.topology.PDBQTParser.PDBQTParser(filename)

从PDBQT文件中读取拓扑。

创建以下属性：

• 原子ID(序列)

• 原子类型

• 原子名称

• AltLocs

• 更名

• ChainID(变为segid)

• 居留

• 记录类型(ATOM/HETATM)

• 金龟子

• 占有率

• 诱因

• 收费

猜测如下：

• 元素

• 群众

在 0.18.0 版本发生变更: 添加了对记录类型的解析

close()

关闭轨迹文件。

convert_forces_from_native(force, inplace=True)

力阵的换算 力 从原生单位到基本单位

参数:

• force (array_like) -- 转型的力量

• inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 力 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.7 版本加入.

convert_forces_to_native(force, inplace=True)

力阵的换算 力 从基本单位到原生单位。

参数:

• force (array_like) -- 转型的力量

• inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 force 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.7 版本加入.

convert_pos_from_native(x, inplace=True)

坐标数组x从原生单位到基本单位的转换。

参数:

• x (array_like) -- 要转型的职位

• inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 x 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为 False 以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。

convert_pos_to_native(x, inplace=True)

坐标数组的转换 x 从基本单位到本地单位。

参数:

• x (array_like) -- 要转型的职位

• inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 x 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为 False 以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。

convert_time_from_native(t, inplace=True)

转换时间 t 从原生单位到基本单位。

参数:

• t (array_like) -- 要转换的时间值

• inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 t 被就地修改并返回(尽管请注意标量值 t 在Python中通过值传递，因此就地修改对调用方没有任何影响。)就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为 False 以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。

convert_time_to_native(t, inplace=True)

转换时间 t 从基本单位到本地单位。

参数:

• t (array_like) -- 要转换的时间值

• inplace (bool, optional) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 t 被就地修改并也被返回。(另请注意，标量值 t 在Python中通过值传递，因此就地修改对调用方没有任何影响。)

在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 在位 可以设置为 False 以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。

convert_velocities_from_native(v, inplace=True)

速度阵的换算 v 从原生单位到基本单位

参数:

• v (array_like) -- 转型的速度

• inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 v 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.5 版本加入.

convert_velocities_to_native(v, inplace=True)

坐标数组的转换 v 从基本单位到原生单位

参数:

• v (array_like) -- 转型的速度

• inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 v 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.5 版本加入.

parse(**kwargs)

解析PDBQT文件中的原子信息 文件名 。

返回类型:

MDAnalysis Topology object

units = {'length': None, 'time': None, 'velocity': None}

带有以下单位的词典 time 和 长度 (及 速度 ， 力 ..用于支持它的格式)