5.5. FHI-AIMS拓扑分析器 MDAnalysis.topolgy.FHIAIMSParser
阅读了一篇 FHI-AIMS .in 文件，并从中提取原子信息。因为FHI-AIMS输入文件只有原子名称信息，所以不会填充有关残基和片段的任何信息。
5.5.1. 班级
- class MDAnalysis.topology.FHIAIMSParser.FHIAIMSParser(filename)[源代码]
解析FHI-AIMS文件中的原子列表
- 创建以下属性：
原子名称
- 猜测以下属性：
原子类型
群众
- close()
关闭轨迹文件。
- convert_forces_from_native(force, inplace=True)
力阵的换算 力 从原生单位到基本单位
- 参数:
force (array_like) -- 转型的力量
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 力 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.7 版本加入.
- convert_forces_to_native(force, inplace=True)
力阵的换算 力 从基本单位到原生单位。
- 参数:
force (array_like) -- 转型的力量
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 force 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.7 版本加入.
- convert_pos_from_native(x, inplace=True)
坐标数组x从原生单位到基本单位的转换。
- 参数:
x (array_like) -- 要转型的职位
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 x 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为
False以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。
- convert_pos_to_native(x, inplace=True)
坐标数组的转换 x 从基本单位到本地单位。
- 参数:
x (array_like) -- 要转型的职位
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 x 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为
False以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。
- convert_time_from_native(t, inplace=True)
转换时间 t 从原生单位到基本单位。
- 参数:
t (array_like) -- 要转换的时间值
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 t 被就地修改并返回(尽管请注意标量值 t 在Python中通过值传递，因此就地修改对调用方没有任何影响。)就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为
False以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。
- convert_time_to_native(t, inplace=True)
转换时间 t 从基本单位到本地单位。
- 参数:
t (array_like) -- 要转换的时间值
inplace (bool, optional) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 t 被就地修改并也被返回。(另请注意，标量值 t 在Python中通过值传递，因此就地修改对调用方没有任何影响。)
在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 在位 可以设置为
False以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。
- convert_velocities_from_native(v, inplace=True)
速度阵的换算 v 从原生单位到基本单位
- 参数:
v (array_like) -- 转型的速度
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 v 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.5 版本加入.
- convert_velocities_to_native(v, inplace=True)
坐标数组的转换 v 从基本单位到原生单位
- 参数:
v (array_like) -- 转型的速度
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 v 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.5 版本加入.
- units = {'length': None, 'time': None, 'velocity': None}
带有以下单位的词典 time 和 长度 (及 速度 ， 力 ..用于支持它的格式)