5.18. PQR拓扑解析器
从原子中读出带电荷的原子 PQR 文件(由编写者 PDB2PQR) 。没有推导出连通性。
备注
文件格式在中介绍 MDAnalysis.coordinates.PQR 。
5.18.1. 班级
- class MDAnalysis.topology.PQRParser.PQRParser(filename)[源代码]
解析PQR文件中的原子信息 文件名 。
- 创建具有以下属性的MDAnalysis拓扑
原子团
原子名称
收费
半径
记录类型(ATOM/HETATM)
Resids
重命名
塞吉斯
- 猜测如下：
原子类型(如果不存在，则Gromacs生成的PQR文件具有这些类型)
群众
在 0.9.0 版本发生变更: 从PQR文件中读取chainID并将其用作segid(在我们始终使用‘system’作为新segid之前)。
在 0.16.1 版本发生变更: 现在读取插入密码并分裂成这些周围的新残基
在 0.18.0 版本发生变更: 添加了对记录类型的解析，现在可以从Gromacs读取PQR文件，这些文件提供ATOM类型作为最后一列，但没有segid
- close()
关闭轨迹文件。
- convert_forces_from_native(force, inplace=True)
力阵的换算 力 从原生单位到基本单位
- 参数:
force (array_like) -- 转型的力量
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 力 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.7 版本加入.
- convert_forces_to_native(force, inplace=True)
力阵的换算 力 从基本单位到原生单位。
- 参数:
force (array_like) -- 转型的力量
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 force 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.7 版本加入.
- convert_pos_from_native(x, inplace=True)
坐标数组x从原生单位到基本单位的转换。
- 参数:
x (array_like) -- 要转型的职位
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 x 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为
False以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。
- convert_pos_to_native(x, inplace=True)
坐标数组的转换 x 从基本单位到本地单位。
- 参数:
x (array_like) -- 要转型的职位
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 x 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为
False以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。
- convert_time_from_native(t, inplace=True)
转换时间 t 从原生单位到基本单位。
- 参数:
t (array_like) -- 要转换的时间值
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 t 被就地修改并返回(尽管请注意标量值 t 在Python中通过值传递，因此就地修改对调用方没有任何影响。)就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为
False以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。
- convert_time_to_native(t, inplace=True)
转换时间 t 从基本单位到本地单位。
- 参数:
t (array_like) -- 要转换的时间值
inplace (bool, optional) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 t 被就地修改并也被返回。(另请注意，标量值 t 在Python中通过值传递，因此就地修改对调用方没有任何影响。)
在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 在位 可以设置为
False以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。
- convert_velocities_from_native(v, inplace=True)
速度阵的换算 v 从原生单位到基本单位
- 参数:
v (array_like) -- 转型的速度
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 v 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.5 版本加入.
- convert_velocities_to_native(v, inplace=True)
坐标数组的转换 v 从基本单位到原生单位
- 参数:
v (array_like) -- 转型的速度
inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据
备注
默认情况下，输入 v 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。
在 0.7.5 版本加入.
- static guess_flavour(line)[源代码]
猜猜此行是PQR格式的哪个变体
- 参数:
line (str) -- 整行PQR文件以ATOM/HETATM开头
- 返回:
风味 ( str )--原始/GROMACS/NO_CHAINID
。。添加的版本：：0.18.0
- units = {'length': None, 'time': None, 'velocity': None}
带有以下单位的词典 time 和 长度 (及 速度 ， 力 ..用于支持它的格式)