5.14. MOL2文件格式 MDAnalysis.coordinates.MOL2

要阅读的类 Tripos 分子结构形式 (MOL2) 坐标和拓扑文件。由 DOCK 对接代码。

5.14.1. 班级

class MDAnalysis.topology.MOL2Parser.MOL2Parser(filename)[源代码]

从数据库中读取拓扑 Tripos MOL2_FILE。

创建以下属性：

  • 原子团

  • 原子名称

  • 原子类型

  • 收费

  • Resids

  • 重命名

  • 债券

  • 元素

猜测如下：

  • 群众

备注

元素直接从SYBYL原子类型获得。如果一些原子具有未知的原子类型，它们将被分配一个空的元素记录。如果所有原子都具有未知的原子类型，则不会设置Elements属性。

处理可选字段：

  1. resid 如果未提供，将设置为1。

  2. 如果没有原子 resname 字段，则不会设置重命名属性；如果某些原子具有 resname 虽然有些人不这样做， ValueError 将会发生。

  3. 如果“NO_电荷”出现在“@<tripos>分子”部分，并且没有原子具有 charge 字段，则不会设置费用属性；如果在 charge 窗口项出现， ValueError 会发生；如果指定了电荷模型，而某些原子没有 charge ， ValueError 也会发生。

抛出:

  • ValueError -- 如果一些原子有可选的场 resname (又名 subst_name )，而有些人则不是。

  • ValueError -- 如果“@<tripos>分子”部分中出现了“NO_电荷”，而某些原子有可选的场 charge 。

  • ValueError -- 如果在“@<tripos>分子”部分中指定了电荷模型，而某些原子没有可选的场 charge 。

在 0.9 版本发生变更: 现在子类TopologyReaderBase

在 0.20.0 版本发生变更: 允许在文件顶部添加注释，忽略状态位字符串

在 2.0.0 版本发生变更: 如果MOL2文件中没有焊点，则不添加焊点属性

在 2.0.0 版本发生变更: 从原子类型解析元素。

在 2.2.0 版本发生变更: 读取省略可选列的MOL2文件。

close()

关闭轨迹文件。

convert_forces_from_native(force, inplace=True)

力阵的换算 力 从原生单位到基本单位

参数:

  • force (array_like) -- 转型的力量

  • inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 力 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.7 版本加入.

convert_forces_to_native(force, inplace=True)

力阵的换算 力 从基本单位到原生单位。

参数:

  • force (array_like) -- 转型的力量

  • inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 force 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.7 版本加入.

convert_pos_from_native(x, inplace=True)

坐标数组x从原生单位到基本单位的转换。

参数:

  • x (array_like) -- 要转型的职位

  • inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 x 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为 False 以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。

convert_pos_to_native(x, inplace=True)

坐标数组的转换 x 从基本单位到本地单位。

参数:

  • x (array_like) -- 要转型的职位

  • inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 x 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为 False 以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。

convert_time_from_native(t, inplace=True)

转换时间 t 从原生单位到基本单位。

参数:

  • t (array_like) -- 要转换的时间值

  • inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 t 被就地修改并返回(尽管请注意标量值 t 在Python中通过值传递，因此就地修改对调用方没有任何影响。)就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 inplace 可以设置为 False 以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。

convert_time_to_native(t, inplace=True)

转换时间 t 从基本单位到本地单位。

参数:

  • t (array_like) -- 要转换的时间值

  • inplace (bool, optional) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 t 被就地修改并也被返回。(另请注意，标量值 t 在Python中通过值传递，因此就地修改对调用方没有任何影响。)

在 0.7.5 版本发生变更: 关键字 在位 可以设置为 False 以便返回修改后的副本 除非 不会发生转换，在这种情况下，对未修改的 x 返回。

convert_velocities_from_native(v, inplace=True)

速度阵的换算 v 从原生单位到基本单位

参数:

  • v (array_like) -- 转型的速度

  • inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 v 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.5 版本加入.

convert_velocities_to_native(v, inplace=True)

坐标数组的转换 v 从基本单位到原生单位

参数:

  • v (array_like) -- 转型的速度

  • inplace (bool (optional)) -- 是否就地修改数组，覆盖以前的数据

备注

默认情况下，输入 v 被就地修改并也被返回。就地操作提高了性能，因为避免了分配新阵列。

在 0.7.5 版本加入.

parse(**kwargs)[源代码]

解析MOL2文件 文件名 并退还判决书 structure 。

返回类型:

A MDAnalysis Topology object

units = {'length': None, 'time': None, 'velocity': None}

带有以下单位的词典 time 和 长度 (及 速度 ， 力 ..用于支持它的格式)