6.13. MOL2文件格式 MDAnalysis.coordinates.MOL2
要使用的类 Tripos 分子结构形式 (MOL2) 坐标和拓扑文件。例如，由 DOCK 对接代码。
6.13.1. 使用mol2文件的示例
要打开Mol2，删除所有氢并另存为新文件，请使用以下命令：
u = Universe("Molecule.mol2")
gr = u.select_atoms("not name H*")
print(len(u.atoms), len(gr))
gr.write("Molecule_noh.mol2")
6.13.2. 班级
- class MDAnalysis.coordinates.MOL2.MOL2Reader(filename, **kwargs)[源代码]
MOL2结构格式阅读器。
在 0.11.0 版本发生变更: 帧现在基于0，而不是基于1。MOL2现在为每一帧重复使用相同的TimeStep对象，以前为每一帧创建了一个新的TimeStep实例。
在 0.20.0 版本发生变更: 允许在文件顶部添加注释。忽略状态位字符串
在 2.0.0 版本发生变更: 如果MOL2文件中没有焊点，则不添加焊点属性
在 2.2.0 版本发生变更: 读取省略可选列的MOL2文件。
从读取坐标 filename 。
- 参数:
filename (str or NamedStream) -- Mol2文件或流的名称
- units = {'length': 'Angstrom', 'time': None}
带有以下单位的词典 time 和 长度 (及 速度 ， 力 ..用于支持它的格式)
- class MDAnalysis.coordinates.MOL2.MOL2Writer(filename, n_atoms=None, convert_units=True)[源代码]
Mol2格式编写器
在中写入一个文件 Tripos 分子结构形式 (MOL2) 。
备注
MOL2Writer只能用于写出以前加载的MOL2文件。例如，如果您尝试将PDB文件转换为MOL，则应使用其他工具，如 rdkit.下面是一个如何使用 rdkit 要将PDB转换为MOL：
from rdkit import Chem mol = Chem.MolFromPDBFile("molecule.pdb", removeHs=False) Chem.MolToMolFile(mol, "molecule.mol" )
MOL2编写器当前不可用于rdkit主设备。它需要SYBYL原子类型生成。有关SYBYL原子类型(http://tripos.com/tripos_resources/fileroot/pdfs/mol2_format2.pdf).的列表，请参见第7页
在 0.11.0 版本发生变更: 帧现在基于0而不是基于1
创建新的MOL2Writer
- units = {'length': 'Angstrom', 'time': None}
带有以下单位的词典 time 和 长度 (及 速度 ， 力 ..用于支持它的格式)
备注
多维分析
MOL2Reader和MOL2Writer只处理分子、子结构、原子和键记录类型。其他记录目前不会在写入时被读取或保存。由于CRYSIN记录类型未被解析/写入，因此MOL2系统的维度始终设置为
None并写入无量纲化的MOL2文件。
6.13.3. MOL2格式备注
MOL2格式规范：(http://www.tripos.com/data/support/mol2.pdf)
示例文件(http://www.tripos.com/mol2/mol2_format3.html)：：
# Name: benzene # Creating user name: tom # Creation time: Wed Dec 28 00:18:30 1988 # Modifying user name: tom # Modification time: Wed Dec 28 00:18:30 1988 @<TRIPOS>MOLECULE benzene 12 12 1 0 0 SMALL NO_CHARGES @<TRIPOS>ATOM 1 C1 1.207 2.091 0.000 C.ar 1 BENZENE 0.000 2 C2 2.414 1.394 0.000 C.ar 1 BENZENE 0.000 3 C3 2.414 0.000 0.000 C.ar 1 BENZENE 0.000 4 C4 1.207 -0.697 0.000 C.ar 1 BENZENE 0.000 5 C5 0.000 0.000 0.000 C.ar 1 BENZENE 0.000 6 C6 0.000 1.394 0.000 C.ar 1 BENZENE 0.000 7 H1 1.207 3.175 0.000 H 1 BENZENE 0.000 8 H2 3.353 1.936 0.000 H 1 BENZENE 0.000 9 H3 3.353 -0.542 0.000 H 1 BENZENE 0.000 10 H4 1.207 -1.781 0.000 H 1 BENZENE 0.000 11 H5 -0.939 -0.542 0.000 H 1 BENZENE 0.000 12 H6 -0.939 1.936 0.000 H 1 BENZENE 0.000 @<TRIPOS>BOND 1 1 2 ar 2 1 6 ar 3 2 3 ar 4 3 4 ar 5 4 5 ar 6 5 6 ar 7 1 7 1 8 2 8 1 9 3 9 1 10 4 10 1 11 5 11 1 12 6 12 1 @<TRIPOS>SUBSTRUCTURE 1 BENZENE 1 PERM 0 **** **** 0 ROOT