6.21. TRZ轨迹I/O MDAnalysis.coordinates.TRZ

要阅读的类 IBIsCO / YASP TRZ二进制轨迹，包括坐标、速度等(请参阅 Timestep )。

数据是以二进制表示形式读取和写入的，但因为这取决于机器硬件体系结构，所以MDAnalysis 始终 读取和写入TRZ轨迹 little-endian 字节顺序。

6.21.1. 班级

class MDAnalysis.coordinates.TRZ.TRZReader(trzfilename, n_atoms=None, **kwargs)

读取IBIsCO或YASP轨迹文件

ts

Timestep 包含当前帧坐标的对象

类型:

timestep.Timestep

备注

二进制TRZ轨迹是 始终 假定为写入 little-endian 字节顺序，并按字节顺序读取。

在 0.11.0 版本发生变更: 帧现在基于0，而不是基于1。额外的数据(温度、能量、压力等)现在被读入数据字典。现在将self的弱ref传递给ts(ts._Reader)。

在 1.0.1 版本发生变更: 现在检查正确的 n_atoms 关于阅读和能提高 ValueError 。

在 2.1.0 版本发生变更: TRZReader现在返回一个默认值 dt 当不能从两个帧之间的差值获得时，为1.0。

在 2.3.0 版本发生变更: _Frame属性移动到 ts.data 字典。

创建TRZ读取器

参数:

• trzfilename (str) -- 输入文件的名称

• n_atoms (int) -- 轨迹中的原子数，必须从拓扑文件中获取！

• convert_units (bool (optional)) -- 将单位转换为MDAnalysis默认单位

抛出:

ValueError -- 如果 n_atoms 或者拓扑文件中的原子数量与轨迹中的原子数量不匹配。

Writer(filename, n_atoms=None)

具有与此轨迹相同属性的轨迹写入器。

close()

如果TRZ文件处于打开状态，请将其关闭

property delta

多维积分时间步长

property n_atoms

一帧中的原子数

property n_frames

轨迹中的总帧数

open_trajectory()

打开轨迹文件

property skip_timestep

轨迹帧之间的时间步长

units = {'length': 'nm', 'time': 'ps', 'velocity': 'nm/ps'}

带有以下单位的词典 time 和 长度 (及 速度 ， 力 ..用于支持它的格式)

class MDAnalysis.coordinates.TRZ.TRZWriter(filename, n_atoms, title='TRZ', convert_units=True)

写入TRZ格式的轨迹。

备注

二进制TRZ轨迹是 始终 写入时间 little-endian 字节顺序。

创建一个TRZWriter

参数:

• filename (str) -- 输出文件的名称

• n_atoms (int) -- 轨迹中的原子数

• title (str (optional)) -- 轨迹的标题；标题必须为80个字符或更短，较长的标题会引发ValueError异常。

• convert_units (bool (optional)) -- 单位转换为MDAnalysis基本格式； [True]

close()

如果是打开的，则关闭

units = {'length': 'nm', 'time': 'ps', 'velocity': 'nm/ps'}

带有以下单位的词典 time 和 长度 (及 速度 ， 力 ..用于支持它的格式)