6.18. TNG轨迹文件 MDAnalysis.coordinates.TNG

TNG格式 [Lundborg2014] 是中使用的格式 GROMACS 用于存储轨迹和拓扑信息。TNG格式允许广泛的压缩算法，并且与压缩的XTC格式不同，除了位置之外，XTC格式还可以存储速度和力。

此模块中的类基于 pytng 用于读取TNG文件的包。读者可直接访问 pytng documentation 以进一步了解pytng是如何在引擎盖下工作的。Pytng是一个可选的依赖项，必须安装才能使用此读取器。使用未安装PYTNG的读卡器将引发 ImportError 。变量 HAS_PYTNG 指示此模块是否具有可用的pytng。

除了位置、力和速度等与粒子相关的轨迹信息外，TNG格式还可以存储轨迹元数据和其他任意时间相关数据。其他信息的范围可以从维里和压力分量到系统的分子拓扑。这是由基于块的系统实现的，其中二进制标志指示各种数据块的存在或不存在。中提供了TNG文件的结构 TNG specification 。TNG文件 [Lundborg2014] 以及 pytng documentation 也是很好的资源。鼓励用户阅读完整的列表 TNG blocks 了解TNG格式的全部功能。

6.18.1. 当前的限制

目前只有TNG文件的Reader，没有Writer。这将取决于pytng的上游变化。此外，目前还不能从TNG文件中读取分子拓扑。

使用pytng读取TNG文件也有一些限制。目前我们不允许读取数据 off stride 。本质上，这意味着所有关键轨迹数据(位置、框、速度(如果存在)、力(如果存在))在轨迹积分器步骤中必须共享相同的步幅。TNG文件中的这些关键块此后称为 special blocks 。如果可选块(非特殊块的所有块)不与特殊块的共享积分步骤共享积分步骤，或不能被特殊块的共享积分步骤整除，则它们将不被读取。

引用

[Lundborg2014] (1,2,3,4,5,6,7,8,9)

Magnus Lundborg, Rossen Apostolov, Daniel Spångberg, Anders Gärdenäs, David van der Spoel, and Erik Lindahl. An efficient and extensible format, library, and api for binary trajectory data from molecular simulations. Journal of Computational Chemistry, 35(3):260–269, 2014. URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jcc.23495, doi:https://doi.org/10.1002/jcc.23495.