6.2. MDAnalysis中的CRD结构文件 MDAnalysis.coordinates.CRD

读取和写入CHARMM卡坐标格式(后缀为“CRD”)的坐标。CHARMM“扩展格式”是自动处理的。

class MDAnalysis.coordinates.CRD.CRDReader(filename, convert_units=True, n_atoms=None, **kwargs)

实现标准和扩展CRD坐标格式的CRD读取器

在 0.11.0 版本发生变更: 现在返回ValueError而不是FormatError。帧现在基于0，而不是基于1。

Writer(filename, **kwargs)

返回以下项的CRDWriter 文件名 。

参数:

filename (str) -- 输出CRD文件的文件名

返回类型:

CRDWriter

units = {'length': 'Angstrom', 'time': None}

带有以下单位的词典 time 和 长度 (及 速度 ， 力 ..用于支持它的格式)

class MDAnalysis.coordinates.CRD.CRDWriter(filename, **kwargs)

实现CHARMM CRD坐标格式的CRD编写器。

如果有99,999个以上的原子，它会自动写入CHARMM EXT扩展格式。

要求存在以下属性：-RESDS-resname-NAMES-chainIDs-tempfacts

在 0.11.0 版本发生变更: 帧现在基于0而不是基于1

在 2.2.0 版本发生变更: 现在可以显式请求CRD扩展格式 extended 关键字

在 2.6.0 版本发生变更: 文件现在已写入 wt 模式和保留扩展名，允许以压缩格式写入文件

参数:

• filename (str or NamedStream) -- 输出文件或流的名称

• extended (bool (optional)) -- 默认情况下，使用非扩展CRD格式 [False] 。但是，可以通过指定以下内容强制扩展CRD格式 extended =True 。请注意，扩展格式为 始终 在原子数量超过99,999的情况下使用，而不管 extended 。。。版本已添加：：2.2.0

units = {'length': 'Angstrom', 'time': None}

带有以下单位的词典 time 和 长度 (及 速度 ， 力 ..用于支持它的格式)

write(selection, frame=None)

将当前轨迹帧上的选择写入文件。

参数:

• selection (AtomGroup) -- 待写的原子组

• frame (int (optional)) -- 将轨迹移动到帧 frame ；默认情况下，写入当前帧。