6.16. MDAnalysis中的PDBQT结构文件 MDAnalysis.coordinates.PDBQT
MDAnalysis从以下位置读取坐标 PDBQT 文件和其他可选数据，如B系数、部分费用和 AutoDock 原子类型。也可以用PDBQT文件代替PSF文件来定义原子列表(但在这种情况下没有连接性信息可用)。
- class MDAnalysis.coordinates.PDBQT.PDBQTReader(filename, convert_units=True, n_atoms=None, **kwargs)[源代码]
读取PDBQT格式文件的PDBQTReader，没有任何修饰。
- 记录如下：
单位细胞A、B、C、α、β、伽马的CRYST1
原子。用于x、y、z的HETATM
原创 PDB format documentation 使用 AutoDOCK extensions
COLUMNS
数据类型
FIELD
DEFINITION
1-6
记录名称
《CRYST1》
7-15
实数(9.3)
一个
A(Angstroms)。
16-24
实数(9.3)
B类
B(埃)。
25-33
实数(9.3)
C
C(埃)。
34-40
实数(7.2)
Alpha
Alpha(度)。
41-47
实数(7.2)
测试版
贝塔(度)。
48-54
实数(7.2)
伽马
Gamma(度)。
1-6
记录名称
“原子”
7-11
整数
串行
ATOM序列号。
13-16
原子
名字
原子名称。
17
性格
AltLoc
备用位置指示器。已忽略
18-21
残留物名称
重命名
残留物的名字。
22
性格
链ID
链标识符。
23-26
整数
资源序号
残渣序列号。
27
AChar
ICODE
插入残基的代码。已忽略
31-38
实数(8.3)
X
以埃为单位的X的正交坐标。
39-46
实数(8.3)
是的
以埃为单位的Y的直角坐标。
47-54
实数(8.3)
Z
以埃为单位的Z的直角坐标。
55-60
实数(6.2)
入住率
入住率。
61-66
实数(6.2)
温度因素
温度系数。
67-76
真实(10.4)
部分克莱格
加斯泰格人部分充电 q 。
79-80
字符串(2)
原子类型
自动对接原子型 t 。
我们忽略扭转记号，只拉出部分电荷和原子类型的列：：
COMPND NSC7810 REMARK 3 active torsions: REMARK status: ('A' for Active; 'I' for Inactive) REMARK 1 A between atoms: A7_7 and C22_23 REMARK 2 A between atoms: A9_9 and A11_11 REMARK 3 A between atoms: A17_17 and C21_21 ROOT 123456789.123456789.123456789.123456789.123456789.123456789.123456789.123456789. (column reference) ATOM 1 A1 INH I 1.054 3.021 1.101 0.00 0.00 0.002 A ATOM 2 A2 INH I 1.150 1.704 0.764 0.00 0.00 0.012 A ATOM 3 A3 INH I -0.006 0.975 0.431 0.00 0.00 -0.024 A ATOM 4 A4 INH I 0.070 -0.385 0.081 0.00 0.00 0.012 A ATOM 5 A5 INH I -1.062 -1.073 -0.238 0.00 0.00 0.002 A ATOM 6 A6 INH I -2.306 -0.456 -0.226 0.00 0.00 0.019 A ATOM 7 A7 INH I -2.426 0.885 0.114 0.00 0.00 0.052 A ATOM 8 A8 INH I -1.265 1.621 0.449 0.00 0.00 0.002 A ATOM 9 A9 INH I -1.339 2.986 0.801 0.00 0.00 -0.013 A ATOM 10 A10 INH I -0.176 3.667 1.128 0.00 0.00 0.013 A ENDROOT BRANCH 9 11 ATOM 11 A11 INH I -2.644 3.682 0.827 0.00 0.00 -0.013 A ATOM 12 A16 INH I -3.007 4.557 -0.220 0.00 0.00 0.002 A ATOM 13 A12 INH I -3.522 3.485 1.882 0.00 0.00 0.013 A ATOM 14 A15 INH I -4.262 5.209 -0.177 0.00 0.00 -0.024 A ATOM 15 A17 INH I -2.144 4.784 -1.319 0.00 0.00 0.052 A ATOM 16 A14 INH I -5.122 4.981 0.910 0.00 0.00 0.012 A ATOM 17 A20 INH I -4.627 6.077 -1.222 0.00 0.00 0.012 A ATOM 18 A13 INH I -4.749 4.135 1.912 0.00 0.00 0.002 A ATOM 19 A19 INH I -3.777 6.285 -2.267 0.00 0.00 0.002 A ATOM 20 A18 INH I -2.543 5.650 -2.328 0.00 0.00 0.019 A BRANCH 15 21 ATOM 21 C21 INH I -0.834 4.113 -1.388 0.00 0.00 0.210 C ATOM 22 O1 INH I -0.774 2.915 -1.581 0.00 0.00 -0.644 OA ATOM 23 O3 INH I 0.298 4.828 -1.237 0.00 0.00 -0.644 OA ENDBRANCH 15 21 ENDBRANCH 9 11 BRANCH 7 24 ATOM 24 C22 INH I -3.749 1.535 0.125 0.00 0.00 0.210 C ATOM 25 O2 INH I -4.019 2.378 -0.708 0.00 0.00 -0.644 OA ATOM 26 O4 INH I -4.659 1.196 1.059 0.00 0.00 -0.644 OA ENDBRANCH 7 24 TORSDOF 3 123456789.123456789.123456789.123456789.123456789.123456789.123456789.123456789. (column reference)
在 0.11.0 版本发生变更: 帧现在基于0而不是基于1
- Writer(filename, **kwargs)[源代码]
返回允许的(简单的)PDBQTWriter 文件名 。
- 参数:
filename (str) -- 输出PDBQT文件的文件名
- 返回类型:
- units = {'length': 'Angstrom', 'time': None}
带有以下单位的词典 time 和 长度 (及 速度 ， 力 ..用于支持它的格式)