5.27. MDAnalysis拓扑表

该模块包含用于原子分类等的静态查找表。这些表是按元素索引的字典。

MDAnalysis.topology.tables.atomelements = {'AC': 'C', 'BC': 'C', 'BR': 'BR', 'C0': 'CA', 'CA2+': 'CA', 'CAL': 'CA', 'CES': 'CS', 'CL': 'CL', 'CL-': 'CL', 'CLA': 'CL', 'CLAL': 'CL', 'CS': 'CS', 'CS+': 'CS', 'CU': 'CU', 'FE': 'FE', 'FE2': 'FE', 'IOD': 'I', 'K': 'K', 'K+': 'K', 'LI': 'LI', 'LI+': 'LI', 'LIT': 'LI', 'MG': 'MG', 'MG2+': 'MG', 'MW': 'DUMMY', 'NA': 'NA', 'NA+': 'NA', 'POT': 'K', 'QC': 'CE', 'QK': 'K', 'QL': 'LI', 'QN': 'NA', 'QR': 'RB', 'RB': 'RB', 'SOD': 'NA', 'ZN': 'ZN'}: 带有硬编码特殊原子名称的词典，用于猜测原子类型 MDAnalysis.topology.core.guess_atom_type() 。

MDAnalysis.topology.tables.masses = {'Ac': 227.028, 'Ag': 107.8682, 'Al': 26.981539, 'Am': 243.0, 'Ar': 39.948, 'As': 74.92159, 'At': 210.0, 'Au': 196.96654, 'B': 10.811, 'BR': 79.904, 'Ba': 137.327, 'Be': 9.012182, 'Bh': 262.0, 'Bi': 208.98037, 'Bk': 247.0, 'C': 12.011, 'CA': 40.08, 'CL': 35.45, 'CS': 132.9, 'CU': 63.546, 'Cd': 112.411, 'Ce': 140.116, 'Cf': 251.0, 'Cm': 247.0, 'Co': 58.9332, 'Cr': 51.9961, 'DUMMY': 0.0, 'Db': 262.0, 'Dy': 162.5, 'Er': 167.26, 'Es': 252.0, 'Eu': 151.965, 'F': 18.998, 'FE': 55.847, 'Fm': 257.0, 'Fr': 223.0, 'Ga': 69.723, 'Gd': 157.25, 'Ge': 72.61, 'H': 1.008, 'HE': 4.0026, 'Hf': 178.49, 'Hg': 200.59, 'Ho': 164.93032, 'Hs': 265.0, 'I': 126.9045, 'In': 114.82, 'Ir': 192.22, 'K': 39.102, 'Kr': 83.8, 'La': 138.9055, 'Li': 6.941, 'Lr': 262.0, 'Lu': 174.967, 'MG': 24.305, 'Md': 258.0, 'Mn': 54.93805, 'Mo': 95.94, 'Mt': 266.0, 'N': 14.007, 'NA': 22.98977, 'NE': 20.1797, 'Na': 22.989768, 'Nb': 92.90638, 'Nd': 144.24, 'Ni': 58.6934, 'No': 259.0, 'Np': 237.048, 'O': 15.999, 'Os': 190.2, 'P': 30.974, 'Pa': 231.0359, 'Pb': 207.2, 'Pd': 106.42, 'Pm': 145.0, 'Po': 209.0, 'Pr': 140.90765, 'Pt': 195.08, 'Pu': 244.0, 'RB': 85.4678, 'Ra': 226.025, 'Re': 186.207, 'Rf': 261.0, 'Rh': 102.9055, 'Rn': 222.0, 'Ru': 101.07, 'S': 32.06, 'Sb': 121.757, 'Sc': 44.95591, 'Se': 78.96, 'Sg': 263.0, 'Si': 28.0855, 'Sm': 150.36, 'Sn': 118.71, 'Sr': 87.62, 'Ta': 180.9479, 'Tb': 158.92534, 'Tc': 98.0, 'Te': 127.6, 'Th': 232.0381, 'Ti': 47.88, 'Tl': 204.3833, 'Tm': 168.93421, 'U': 238.0289, 'V': 50.9415, 'W': 183.85, 'Xe': 131.29, 'Y': 88.90585, 'Yb': 173.04, 'ZN': 65.37, 'Zr': 91.224}: 以u为单位的原子质量的字典表，由来自 atomelements 。

MDAnalysis.topology.tables.vdwradii = {'AA': 1.85, 'AG': 1.72, 'AL': 1.84, 'AR': 1.88, 'AT': 2.02, 'AU': 1.66, 'B': 1.92, 'BA': 2.68, 'BE': 1.53, 'BI': 2.07, 'BR': 1.85, 'C': 1.7, 'CA': 2.31, 'CD': 1.58, 'CL': 1.75, 'CS': 3.43, 'CU': 1.4, 'F': 1.47, 'FR': 3.48, 'GA': 1.87, 'GE': 2.11, 'H': 1.1, 'HE': 1.4, 'HH': 1.55, 'I': 1.98, 'IN': 1.93, 'K': 2.75, 'KR': 2.02, 'LI': 1.82, 'MG': 1.73, 'N': 1.55, 'NA': 2.27, 'NE': 1.54, 'NI': 1.63, 'O': 1.52, 'P': 1.8, 'PB': 2.02, 'PD': 1.63, 'PO': 1.97, 'PT': 1.75, 'RA': 2.83, 'RN': 2.2, 'RR': 3.03, 'S': 1.8, 'SB': 2.06, 'SE': 1.9, 'SI': 2.1, 'SN': 2.17, 'SR': 2.49, 'TE': 2.06, 'TL': 1.96, 'U': 1.86, 'XE': 2.16, 'ZN': 1.39}: 带有VDW半径的字典表，由来自的元素索引 atomelements 。。。另请参阅： MDAnalysis.topology.core.guess_bonds()

原始原始数据以多行字符串的形式存储，这些字符串通过 kv2dict() 。将来，这些表可能会移到外部数据文件中；请参见 kv2dict() 以了解文件格式的说明。

MDAnalysis.topology.tables.kv2dict(s, convertor=<class 'str'>)[源代码]

键值记录列表的原始即席解析器。

这根弦 s 应该在单独的行上包含每个键-值对(用换行符分隔)。键后的第一个空格用于分隔key和value。
允许使用空行。
允许使用注释行(以#开头)。
前导空格被忽略。

这个 转换器 是将其单个参数转换为有效的Python类型的函数。默认为 str() 但其他可能性有 int() (对于整数)或 float() 用于浮点数。

原始表存储在字符串中

MDAnalysis.topology.tables.TABLE_ATOMELEMENTS = '\n# translation of atomnames to types/element\n# based on CHARMM and AMBER usage with a little bit of GROMOS (and PROPKA)\n# NOTE: CL might be ambiguous and is interpreted as chloride!\n\n# --------- ------------------\n# atomname element\n# --------- ------------------\n\n# Bromide\nBR BR\n\n# Calcium\nCAL CA\nC0 CA\nCA2+ CA\n\n# Cesium\nCES CS\n\n# Chloride\nCLA CL\nCLAL CL\nCL CL\nCL- CL\n\n# Iodide\nIOD I\n\n# Iron\nFE FE\nFE2 FE\n\n# Lithium\nLIT LI\nLI LI\nLI+ LI\nQL LI\n\n# Magnesium\nMG MG\nMG2+ MG\n\n# Noble gases\n## XXX collides with NE, HE in Arg XXX\n## XXX so we remove the noble gases XXX\n##HE HE\n##NE NE\n\n# Potassium\nK K\nPOT K\nK+ K\nQK K\n\n# Sodium\nSOD NA\nNA NA\nNA+ NA\nQN NA\n\n# Zink\nZN ZN\n\n# Copper\nCU CU\n\n# Cesium\nCS CS\nCS+ CS\nCES CS\n\n# Cerium??\nQC CE\n\n# Rubidium\nRB RB\nQR RB\n\n# special carbons (Amber?)\nBC C\nAC C\n\n# dummy atom types\nMW DUMMY\n\n# other types are guessed from the name; see\n# topology.core.guess_atom_elements()\n': 具有硬编码的特殊原子名称的表，用于猜测原子类型 MDAnalysis.topology.core.guess_atom_element() 。

MDAnalysis.topology.tables.TABLE_MASSES = '\n# masses for elements in atomic units (u)\n# (taken from CHARMM and Gromacs atommass.dat)\n\n#------------ -----------\n# atomtype mass\n#------------ -----------\nAc 227.028\nAl 26.981539\nAm 243\nSb 121.757\nAr 39.948\nAs 74.92159\nAt 210\nBa 137.327\nBk 247\nBe 9.012182\nBi 208.98037\nBh 262\nB 10.811\nBR 79.90400\nCd 112.411\nCA 40.08000\nCf 251\nC 12.01100\nCe 140.11600\nCS 132.90000\nCL 35.45000\nCr 51.9961\nCo 58.9332\nCU 63.54600\nCm 247\nDb 262\nDy 162.5\nEs 252\nEr 167.26\nEu 151.965\nFm 257\nF 18.99800\nFr 223\nGd 157.25\nGa 69.723\nGe 72.61\nAu 196.96654\nHf 178.49\nHs 265\nHE 4.00260\nHo 164.93032\nH 1.00800\nIn 114.82\nI 126.90450\nIr 192.22\nFE 55.84700\nKr 83.8\nLa 138.9055\nLr 262\nPb 207.2\nLi 6.941\nLu 174.967\nMG 24.30500\nMn 54.93805\nMt 266\nMd 258\nHg 200.59\nMo 95.94\nN 14.00700\nNA 22.98977\nNd 144.24\nNE 20.17970\nNp 237.048\nNi 58.6934\nNb 92.90638\nNo 259\nOs 190.2\nO 15.99900\nPd 106.42\nP 30.97400\nPt 195.08\nPu 244\nPo 209\nK 39.10200\nPr 140.90765\nPm 145\nPa 231.0359\nRa 226.025\nRn 222\nRe 186.207\nRh 102.9055\nRB 85.46780\nRu 101.07\nRf 261\nSm 150.36\nSc 44.95591\nSg 263\nSe 78.96\nSi 28.0855\nAg 107.8682\nNa 22.989768\nSr 87.62\nS 32.06000\nTa 180.9479\nTc 98\nTe 127.6\nTb 158.92534\nTl 204.3833\nTh 232.0381\nTm 168.93421\nSn 118.71\nTi 47.88\nW 183.85\nU 238.0289\nV 50.9415\nXe 131.29\nYb 173.04\nY 88.90585\nZN 65.37000\nZr 91.224\nDUMMY 0.0\n': 原子质量为u的纯文本表。

MDAnalysis.topology.tables.TABLE_VDWRADII = '\n# Van der Waals radii taken from\n# [1] Bondi, A. (1964). "Van der Waals Volumes and Radii".\n# J. Phys. Chem. 68 (3): 441-451. doi:10.1021/j100785a001.\n# [2] Rowland and Taylor (1996). "Intermolecular Nonbonded Contact Distances in Organic Crystal Structures:\n# Comparison with Distances Expected from van der Waals Radii".\n# J. Phys. Chem., 1996, 100 (18), 7384.7391. doi:10.1021/jp953141+.\n# [3] Mantina, et al. (2009). "Consistent van der Waals Radii for the Whole Main Group".\n# J. Phys. Chem. A, 2009, 113 (19), 5806-5812. doi:10.1021/jp8111556.\n#------------ -----------\n# atomtype r_vdw\n#------------ -----------\nH 1.10\nHE 1.40\nLI 1.82\nBE 1.53\nB 1.92\nC 1.70\nN 1.55\nO 1.52\nF 1.47\nNE 1.54\nNA 2.27\nMG 1.73\nAL 1.84\nSI 2.10\nP 1.80\nS 1.80\nCL 1.75\nAR 1.88\nK 2.75\nCA 2.31\nNI 1.63\nCU 1.40\nZN 1.39\nGA 1.87\nGE 2.11\nAA 1.85\nSE 1.90\nBR 1.85\nKR 2.02\nRR 3.03\nSR 2.49\nPD 1.63\nAG 1.72\nCD 1.58\nIN 1.93\nSN 2.17\nSB 2.06\nTE 2.06\nI 1.98\nXE 2.16\nCS 3.43\nBA 2.68\nPT 1.75\nAU 1.66\nHH 1.55\nTL 1.96\nPB 2.02\nBI 2.07\nPO 1.97\nAT 2.02\nRN 2.20\nFR 3.48\nRA 2.83\nU 1.86\n': 具有VDW半径的纯文本表。