Bio.SCOP软件包

子模块

模块内容

范围：蛋白质的结构分类。

SCOP数据库旨在提供所有已知蛋白质结构的人工构建的分类到一个层次中，该层次的主要级别是家族、超家族和折叠。

此模块中的Scope对象表示整个SCOP分类。它可以从三个SCOP可解析文件构建，可以根据需要进行修改，然后转换回相同的文件格式。可以使用域的SCOP标识符(SID)从SCOP获得单个SCOP域(由Domain类表示)。

  • nodeCodeDict--已知的2个字母节点代码与更长的节点代码之间的映射

    描述。已知的节点类型是‘cl’(类)、‘cf’(折叠)、‘sf’(超级家族)、‘fa’(家族)、‘dm’(域)、‘sp’(种)、‘px’(域)。将来可能会添加其他节点类型。

此模块还提供通过WWW访问SCOP的代码。

功能：

  • 搜索--访问主CGI脚本。

  • _OPEN--内部使用的函数。

Bio.SCOP.cmp_sccs(sccs1, sccs2)

订购SCOP简明分类字符串(SCCS)。

a.4.5.1<a.4.5.11<b.1.1.1

SCCS(例如a.4.5.11)简洁地表示域的分类。字母代表类，数字分别是折叠、超家族和家族。

Bio.SCOP.parse_domain(term)

将Astral标题字符串转换为Scop域。

Astral(http://astral.stanford.edu/)报头)包含SCOP域的简明描述。当域对象转换为字符串时，使用非常相似的格式。此方法返回的Domain包含大部分SCOP信息，但它不会位于SCOP层次结构中(即父节点将为None)。该描述由SCOP蛋白描述和物种描述组成。

一个典型的星体标题看起来像-->d1tpt_1a.46.2.1(1-70)胸苷磷酸化酶{Escherichia coli}

class Bio.SCOP.Scop(cla_handle=None, des_handle=None, hie_handle=None, dir_path=None, db_handle=None, version=None)

基类：object

整个SCOP层次结构。

根--层次结构的根节点

__init__(cla_handle=None, des_handle=None, hie_handle=None, dir_path=None, db_handle=None, version=None)

从SCOP可解析文件或SQL后端构建SCOP层次结构。

如果没有给出文件句柄，则返回一个具有单个空根节点的Scop对象。

如果给定了目录和版本(其中dir_path=..，version=.)或每个文件的文件句柄，则整个作用域树将构建在内存中。

如果给定了MySQLdb数据库句柄，则将根据需要构建树，从而最大限度地缩短构建时间。要构建SQL数据库，请使用方法write_xxx_sql来创建表。

getRoot()

获取根节点。

getDomainBySid(sid)

从其SID返回域。

getNodeBySunid(sunid)

从节点的sunid返回节点。

getDomains()

返回所有SCOP域的有序元组。

write_hie(handle)

从此对象构建一个HIE SCOP可解析文件。

write_des(handle)

从该对象构建一个DES SCOP可解析文件。

write_cla(handle)

从该对象构建一个CLA SCOP可解析文件。

getDomainFromSQL(sunid=None, sid=None)

使用sunid或sid从SQL后端加载节点。

getAscendentFromSQL(node, type)

使用SQL后端获取优势。

getDescendentsFromSQL(node, type)

使用数据库后端获取节点的后代。

这避免了SQL调用的重复迭代，因此比重复调用node.getChildren()要快得多。

write_hie_sql(handle)

将HIE数据写入SQL数据库。

write_cla_sql(handle)

将CLA数据写入SQL数据库。

write_des_sql(handle)

将DES数据写入SQL数据库。

class Bio.SCOP.Node(scop=None)

基类：object

范围层次中的节点。

属性：

  • sunid--SCOP唯一标识符。例如‘14986’

  • 父节点--父节点

  • 子节点--子节点列表

  • SCCS--SCOP简明分类字符串。例如‘a.1.1.2’

  • 类型--2个字母的节点类型代码。例如，域的‘px’

  • 说明--说明文本。

__init__(scop=None)

初始化范围层次中的节点。

如果向构造函数提供了SCOP实例，则该实例将用于使用SQL方法查找相关引用。如果未提供实例，则假定整个树存在并已连接。

__str__()

将节点表示为字符串。

toHieRecord()

返回Hie.Record。

toDesRecord()

返回Des.Record。

getChildren()

返回此节点的子节点列表。

getParent()

返回此节点的父节点。

getDescendents(node_type)

返回给定类型的所有子代节点的列表。

节点类型可以是两个字母的代码或更长的描述，例如‘fa’或‘family’。

getAscendent(node_type)

返回给定类型的ancenstor节点，或无。

节点类型可以是两个字母的代码或更长的描述，例如‘fa’或‘family’。

class Bio.SCOP.Domain(scop=None)

基类：Node

SCOP域。范围层次中的叶节点。

属性：

  • SID-SCOP域标识符。例如： "d5hbib_"

  • 残留物-残留物。它定义了组成此域的PDB原子集合。

__init__(scop=None)

初始化SCOP域对象。

__str__()

将SCOP域表示为字符串。

toDesRecord()

返回Des.Record。

toClaRecord()

返回一个Cla.Record。

class Bio.SCOP.Astral(dir_path=None, version=None, scop=None, astral_file=None, db_handle=None)

基类：object

星体数据库的表示。

Astral数据库的抽象，其中包含所有SCOP域的序列，以及按百分比id或eValue进行的聚类。

__init__(dir_path=None, version=None, scop=None, astral_file=None, db_handle=None)

初始化星体数据库。

您必须提供SCOP文件的目录：
  • dir_path-string，指向scope seq-x.xx目录位置的路径

    (不是目录本身)，以及

  • 版本-版本号。

或者，FASTA文件：

  • Astral_file-string，指向FASTA文件(将加载到内存中)的路径

或者，MySQL数据库：

  • DB_HANDLE-MySQL数据库的一个数据库句柄，该数据库句柄包含一个表‘ASTALL’，其中包含ASTAL数据。这可以使用writeToSQL创建。

domainsClusteredByEv(id)

获取按eValue群集的域。

domainsClusteredById(id)

获取按身份百分比群集的域。

getAstralDomainsFromFile(filename=None, file_handle=None)

从包含SID列表的文件中获取SCOP域。

getAstralDomainsFromSQL(column)

从MySQL数据库加载Astral域。

从MySQL数据库的Asteral表中的列加载一组Asteral域(可以使用writeToSQL(.)创建。

getSeqBySid(domain)

从给定域的SID中获取给定域的序列记录。

getSeq(domain)

返回与域关联的序号。

hashedDomainsById(id)

获取字典中按序列同一性聚类的域。

hashedDomainsByEv(id)

在字典中获取由eValue聚类的域。

isDomainInId(dom, id)

如果域在百分比ID的星体群集中，则返回TRUE。

isDomainInEv(dom, id)

如果域在eValues的星体集群中，则返回TRUE。

writeToSQL(db_handle)

将Astral数据库写入MySQL数据库。

Bio.SCOP.search(pdb=None, key=None, sid=None, disp=None, dir=None, loc=None, cgi='http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/legacy/search.cgi', **keywds)

访问SCOP搜索并返回结果的句柄。

访问search.cgi并返回结果的句柄。有关参数的说明，请参阅联机帮助文件：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/legacy/help.html

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