Bio.codonalign包¶
子模块¶
模块内容¶
用于处理密码子对齐的代码。
- Bio.codonalign.build(pro_align, nucl_seqs, corr_dict=None, gap_char='-', unknown='X', codon_table=None, complete_protein=False, anchor_len=10, max_score=10)¶
根据蛋白质比对和相应的核苷酸构建密码子比对。
- 参数:
PRO_ALIGN-蛋白质多序列对齐对象
nucl_seqs-由SeqIO.parse或SeqIO.index返回的对象或SeqRecord的集合。
corr_dict-将蛋白质id映射到核苷酸id的字典
Complete_Protein-序列是否以起始密码子开始
返回CodonAlignment对象。
下面的例子回答了“生物之星”的这个问题:https://www.biostars.org/p/89741/
>>> from Bio.Seq import Seq >>> from Bio.SeqRecord import SeqRecord >>> from Bio.Align import MultipleSeqAlignment >>> from Bio.codonalign import build >>> seq1 = SeqRecord(Seq('ATGTCTCGT'), id='pro1') >>> seq2 = SeqRecord(Seq('ATGCGT'), id='pro2') >>> pro1 = SeqRecord(Seq('MSR'), id='pro1') >>> pro2 = SeqRecord(Seq('M-R'), id='pro2') >>> aln = MultipleSeqAlignment([pro1, pro2]) >>> codon_aln = build(aln, [seq1, seq2]) >>> print(codon_aln) CodonAlignment with 2 rows and 9 columns (3 codons) ATGTCTCGT pro1 ATG---CGT pro2