Bio.codonalign.codonalign模块¶
用于处理密码子对齐的代码。
CodonAlignment类继承自MultipleSeqAlignment类。这是处理biopython中密码子对齐的核心类。
- class Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment(records='', name=None)¶
-
从MultipleSeqAlignment继承的密码子对齐类。
>>> from Bio.SeqRecord import SeqRecord >>> a = SeqRecord(CodonSeq("AAAACGTCG"), id="Alpha") >>> b = SeqRecord(CodonSeq("AAA---TCG"), id="Beta") >>> c = SeqRecord(CodonSeq("AAAAGGTGG"), id="Gamma") >>> print(CodonAlignment([a, b, c])) CodonAlignment with 3 rows and 9 columns (3 codons) AAAACGTCG Alpha AAA---TCG Beta AAAAGGTGG Gamma
- __init__(records='', name=None)¶
初始化类。
- __str__()¶
返回对齐的多行字符串摘要。
此输出显示为可读,但大对齐显示为截断。最多显示20行(序列)和60列(20个密码子),带有记录标识符。这应该可以很好地放在一个屏幕上。例如:
- __getitem__(index)¶
返回单个索引的CodonAlignment对象。
- __add__(other)¶
通过添加两条具有相同行数的密码子对齐进行合并。
该方法还允许将CodonAlignment对象与MultipleSeqAlignment对象组合在一起。以下规则适用:
CodonAlignment+CodonAlignment->CodonAlignment
CodonAlignment+MultipleSeqAlignment->MultipleSeqAlignment
- get_aln_length()¶
获取对齐长度。
- toMultipleSeqAlignment()¶
将CodonAlignment转换为MultipleSeqAlignment。
使用Seq存储序列返回包含CodonAlignment中所有SeqRecord的MultipleSeqAlignment
- get_dn_ds_matrix(method='NG86', codon_table=None)¶
可选择的方式有NG86、LWL85、YN00和ML。
- 论点:
方法:可用的方法有NG86、LWL85、YN00和ML。
CODON_TABLE-用于正向转换的密码表。
- get_dn_ds_tree(dn_ds_method='NG86', tree_method='UPGMA', codon_table=None)¶
构建DN树和DS树。
- 论点:
DN_DS_METHOD-可用的方法包括NG86、LWL85、YN00和ML。
tree_method-可用的方法包括UPGMA和NJ。
- classmethod from_msa(align)¶
将MultipleSeqAlignment转换为CodonAlignment。
函数将MultipleSeqAlignment转换为CodonAlignment。用户有责任确保满足CodonAlign所需的所有要求。
- Bio.codonalign.codonalignment.mktest(codon_alns, codon_table=None, alpha=0.05)¶
麦克唐纳-克莱特曼中立性测试。
实施麦克唐纳-克莱特曼中立测试(pmid:1904993)此方法计算更改而不是站点(http://mkt.uab.es/mkt/help_mkt.asp).
- 参数:
codon_alns-要比较的CodonAlignment列表(每个CodonAlignment对象对应于从物种中采样的基因)
返回测试结果的p值。