Bio.codonalign.codonalign模块¶

用于处理密码子对齐的代码。

CodonAlignment类继承自MultipleSeqAlignment类。这是处理biopython中密码子对齐的核心类。

class Bio.codonalign.codonalignment.CodonAlignment(records='', name=None)¶

基类：MultipleSeqAlignment

从MultipleSeqAlignment继承的密码子对齐类。

>>> from Bio.SeqRecord import SeqRecord
>>> a = SeqRecord(CodonSeq("AAAACGTCG"), id="Alpha")
>>> b = SeqRecord(CodonSeq("AAA---TCG"), id="Beta")
>>> c = SeqRecord(CodonSeq("AAAAGGTGG"), id="Gamma")
>>> print(CodonAlignment([a, b, c]))
CodonAlignment with 3 rows and 9 columns (3 codons)
AAAACGTCG Alpha
AAA---TCG Beta
AAAAGGTGG Gamma

__init__(records='', name=None)¶: 初始化类。

__str__()¶

返回对齐的多行字符串摘要。

此输出显示为可读，但大对齐显示为截断。最多显示20行(序列)和60列(20个密码子)，带有记录标识符。这应该可以很好地放在一个屏幕上。例如：

__getitem__(index)¶: 返回单个索引的CodonAlignment对象。

__add__(other)¶

通过添加两条具有相同行数的密码子对齐进行合并。

该方法还允许将CodonAlignment对象与MultipleSeqAlignment对象组合在一起。以下规则适用：

CodonAlignment+CodonAlignment->CodonAlignment

CodonAlignment+MultipleSeqAlignment->MultipleSeqAlignment

get_aln_length()¶: 获取对齐长度。

toMultipleSeqAlignment()¶

将CodonAlignment转换为MultipleSeqAlignment。

使用Seq存储序列返回包含CodonAlignment中所有SeqRecord的MultipleSeqAlignment

get_dn_ds_matrix(method='NG86', codon_table=None)¶

可选择的方式有NG86、LWL85、YN00和ML。

论点：

方法：可用的方法有NG86、LWL85、YN00和ML。
CODON_TABLE-用于正向转换的密码表。

get_dn_ds_tree(dn_ds_method='NG86', tree_method='UPGMA', codon_table=None)¶

构建DN树和DS树。

论点：

DN_DS_METHOD-可用的方法包括NG86、LWL85、YN00和ML。
tree_method-可用的方法包括UPGMA和NJ。

classmethod from_msa(align)¶

将MultipleSeqAlignment转换为CodonAlignment。

函数将MultipleSeqAlignment转换为CodonAlignment。用户有责任确保满足CodonAlign所需的所有要求。

Bio.codonalign.codonalignment.mktest(codon_alns, codon_table=None, alpha=0.05)¶

麦克唐纳-克莱特曼中立性测试。

实施麦克唐纳-克莱特曼中立测试(pmid：1904993)此方法计算更改而不是站点(http://mkt.uab.es/mkt/help_mkt.asp).

参数：

codon_alns-要比较的CodonAlignment列表(每个CodonAlignment对象对应于从物种中采样的基因)

返回测试结果的p值。