Bio.ExPASy软件包¶
子模块¶
模块内容¶
通过WWW访问ExPASy资源的代码。
请参阅https://www.expasy.org/
- 功能:
get_prodoc_entry指向get-prodoc-entry CGI脚本的接口。
Get_ProSite_Entry指向Get-ProSite-Entry CGI脚本的接口。
指向Get-ProSite-RAW CGI脚本的GET_PROSITE_RAW接口。
get_sprot_raw接口指向get-sprot-raw CGI脚本。
- Bio.ExPASy.get_prodoc_entry(id, cgi='https://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/get-prodoc-entry')¶
在ExPASy获取HTML格式的PRODOC条目的文本句柄。
>>> from Bio import ExPASy >>> import os >>> with ExPASy.get_prodoc_entry('PDOC00001') as in_handle: ... html = in_handle.read() ... >>> with open("myprodocrecord.html", "w") as out_handle: ... length = out_handle.write(html) ... >>> os.remove("myprodocrecord.html") # tidy up
对于不存在的键XXX,ExPASy返回一个HTML格式的页面,其中包含以下文本:‘当前没有ProSite条目’
- Bio.ExPASy.get_prosite_entry(id, cgi='https://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/get-prosite-entry')¶
以HTML格式获取ExPASy中ProSite条目的文本句柄。
>>> from Bio import ExPASy >>> import os >>> with ExPASy.get_prosite_entry('PS00001') as in_handle: ... html = in_handle.read() ... >>> with open("myprositerecord.html", "w") as out_handle: ... length = out_handle.write(html) ... >>> os.remove("myprositerecord.html") # tidy up
对于不存在的键XXX,ExPASy返回一个HTML格式的页面,其中包含以下文本:‘当前没有ProSite条目’
- Bio.ExPASy.get_prosite_raw(id, cgi=None)¶
在ExPASy获取原始ProSite或PRODOC记录的文本句柄。
由于ExPASy网站中的更改,CGI参数已弃用。
>>> from Bio import ExPASy >>> from Bio.ExPASy import Prosite >>> with ExPASy.get_prosite_raw('PS00001') as handle: ... record = Prosite.read(handle) ... >>> print(record.accession) PS00001
如果标识符不存在,此函数将引发ValueError:
>>> handle = ExPASy.get_prosite_raw("DOES_NOT_EXIST") Traceback (most recent call last): ... ValueError: Failed to find entry 'DOES_NOT_EXIST' on ExPASy
- Bio.ExPASy.get_sprot_raw(id)¶
获取ExPASy中原始SwissProt条目的文本句柄。
对于ID xxx,获取http://www.uniprot.org/uniprot/XXX.txt(根据https://www.expasy.org/expasy_urls.html文档)。
>>> from Bio import ExPASy >>> from Bio import SwissProt >>> with ExPASy.get_sprot_raw("O23729") as handle: ... record = SwissProt.read(handle) ... >>> print(record.entry_name) CHS3_BROFI
如果标识符不存在,此函数将引发ValueError:
>>> ExPASy.get_sprot_raw("DOES_NOT_EXIST") Traceback (most recent call last): ... ValueError: Failed to find SwissProt entry 'DOES_NOT_EXIST'