Bio.ExPASy软件包¶

模块内容¶

通过WWW访问ExPASy资源的代码。

请参阅https://www.expasy.org/

功能：

get_prodoc_entry指向get-prodoc-entry CGI脚本的接口。
Get_ProSite_Entry指向Get-ProSite-Entry CGI脚本的接口。
指向Get-ProSite-RAW CGI脚本的GET_PROSITE_RAW接口。
get_sprot_raw接口指向get-sprot-raw CGI脚本。

Bio.ExPASy.get_prodoc_entry(id, cgi='https://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/get-prodoc-entry')¶

在ExPASy获取HTML格式的PRODOC条目的文本句柄。

>>> from Bio import ExPASy
>>> import os
>>> with ExPASy.get_prodoc_entry('PDOC00001') as in_handle:
...     html = in_handle.read()
...
>>> with open("myprodocrecord.html", "w") as out_handle:
...     length = out_handle.write(html)
...
>>> os.remove("myprodocrecord.html")  # tidy up

对于不存在的键XXX，ExPASy返回一个HTML格式的页面，其中包含以下文本：‘当前没有ProSite条目’

Bio.ExPASy.get_prosite_entry(id, cgi='https://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/get-prosite-entry')¶

以HTML格式获取ExPASy中ProSite条目的文本句柄。

>>> from Bio import ExPASy
>>> import os
>>> with ExPASy.get_prosite_entry('PS00001') as in_handle:
...     html = in_handle.read()
...
>>> with open("myprositerecord.html", "w") as out_handle:
...     length = out_handle.write(html)
...
>>> os.remove("myprositerecord.html")  # tidy up

对于不存在的键XXX，ExPASy返回一个HTML格式的页面，其中包含以下文本：‘当前没有ProSite条目’

Bio.ExPASy.get_prosite_raw(id, cgi=None)¶

在ExPASy获取原始ProSite或PRODOC记录的文本句柄。

由于ExPASy网站中的更改，CGI参数已弃用。

>>> from Bio import ExPASy
>>> from Bio.ExPASy import Prosite
>>> with ExPASy.get_prosite_raw('PS00001') as handle:
...     record = Prosite.read(handle)
...
>>> print(record.accession)
PS00001

如果标识符不存在，此函数将引发ValueError：

>>> handle = ExPASy.get_prosite_raw("DOES_NOT_EXIST")
Traceback (most recent call last):
    ...
ValueError: Failed to find entry 'DOES_NOT_EXIST' on ExPASy

Bio.ExPASy.get_sprot_raw(id)¶

获取ExPASy中原始SwissProt条目的文本句柄。

对于ID xxx，获取http://www.uniprot.org/uniprot/XXX.txt(根据https://www.expasy.org/expasy_urls.html文档)。

>>> from Bio import ExPASy
>>> from Bio import SwissProt
>>> with ExPASy.get_sprot_raw("O23729") as handle:
...     record = SwissProt.read(handle)
...
>>> print(record.entry_name)
CHS3_BROFI

如果标识符不存在，此函数将引发ValueError：

>>> ExPASy.get_sprot_raw("DOES_NOT_EXIST")
Traceback (most recent call last):
    ...
ValueError: Failed to find SwissProt entry 'DOES_NOT_EXIST'

Bio.ExPASy软件包¶

子模块¶

模块内容¶