Bio.ExPASy.cellosaurus模块

ExPASy中cellosaurus.txt文件的解析器。

请参阅https://web.expasy.org/cellosaurus/

使用版本18(2016年7月)进行了测试。

功能：

• 读取读取包含一个单元格行条目的文件

• 解析读取包含多个单元格行条目的文件

班级：

• 记录保存单元格线数据。

示例

您需要下载Cellosaurus数据库才能运行此示例，例如从ftp://ftp.expasy.org/databases/cellosaurus/cellosaurus.txt下载

>>From Bio.ExPASy import cellosaurus>>with open(‘cellosaurus.txt’)作为句柄：.记录=cellosaurus.parse(句柄).对于记录中的记录：.如果“智人”被记录在案 ['OX'] [0] ：..。打印(记录 ['ID'] ).#15310-LN#W7079(L)PC6 00136.

Bio.ExPASy.cellosaurus.parse(handle)

解析单元线记录。

此函数用于解析包含多条记录的单元行文件。

参数：

• 句柄-文件的句柄。

Bio.ExPASy.cellosaurus.read(handle)

读取一条细胞线记录。

此函数用于解析正好包含一条记录的单元格线文件。

参数：

• 句柄-文件的句柄。

class Bio.ExPASy.cellosaurus.Record

基类：dict

将ExPASy Cellosaurus记录中的信息保存为Python字典。

每条记录包含以下关键字：

-ID标识符(单元线名称)一次；启动条目AC访问(CVCL_Xxxx)一次作为辅助访问号可选；一次SY同义词可选；一次DR交叉引用可选；一次或多个RX引用标识符可选：一次或多个WW网页可选；一次或多次CC评论可选；一次或多次ST STR配置文件数据可选；一次或多次DI疾病可选；一次或多个原产牛种一次或多次HI层次结构可选；一次或多次OI来自同一个人可选；单元格的一次或多次SX性别(性别)可选；一次CA类别一次//终止符一次；结束条目

__init__()

初始化类。

__repr__()

返回repr(Self)。

__str__()

返回str(Self)。