Bio.Medline包裹

模块内容

与NCBI的Medline合作的代码。

班级：

• 记录保存Medline数据的字典。

功能：

• 读取读取一条Medline记录

• Parse允许您迭代一组Medline记录

class Bio.Medline.Record

基类：dict

保存Medline记录中的信息的词典。

所有数据都存储在Medline文件中出现的助记符下。这些助记符有以下解释：

助记符	描述
AB	摘要
CI	版权信息
AD	从属关系
IRAD	调查员从属关系
AID	项目标识符
AU	作者
FAU	完整作者
CN	企业作者
DCOM	完成日期
DA	创建日期
LR	上次修订日期
DEP	电子出版物日期
DP	出版日期
EDAT	开始日期
GS	基因符号
GN	一般说明
GR	授权号
IR	调查员姓名
FIR	调查员全名
IS	ISSN
IP	问题
TA	期刊标题缩写
JT	期刊标题
LA	语言
LID	位置标识符
MID	稿件标识符
MHDA	网格化日期
MH	网格项
JID	NLM唯一ID
RF	参考文献数量
OAB	其他摘要
OCI	其他版权信息
OID	其他ID
OT	其他术语
OTO	其他术语所有者
OWN	所有者
PG	分页
PS	以个人姓名为主题
FPS	以全名为主题的个人全名
PL	发表地点
PHST	发布历史状态
PST	发布状态
PT	出版物类型
PUBM	发布模式
PMC	PubMed中心标识符
PMID	PubMed唯一标识符
RN	注册号/EC号
NM	物质名称
SI	辅助源ID
SO	来源
SFM	太空飞行任务
STAT	状态
SB	子集
TI	标题
TT	音译标题
VI	卷
CON	对……的评论
CIN	在以下位置发表评论
EIN	错误输入
EFR	勘误表，用于
CRI	更正并重新发布于
CRF	更正并重新发布自
PRIN	部分缩回于
PROF	部分收回
RPI	重新发布于
RPF	重新发布自
RIN	向内缩回
ROF	撤回
UIN	更新位置
UOF	更新
SPIN	针对以下领域的患者的摘要
ORI	原始报告在

Bio.Medline.parse(handle)

从手柄逐个读取Medline记录。

句柄可以是Medline文件、类似文件的对象，也可以是描述一个或多个Medline记录的行列表。

典型用法：：

>>> from Bio import Medline
>>> with open("Medline/pubmed_result2.txt") as handle:
...     records = Medline.parse(handle)
...     for record in records:
...         print(record['TI'])
...
A high level interface to SCOP and ASTRAL ...
GenomeDiagram: a python package for the visualization of ...
Open source clustering software.
PDB file parser and structure class implemented in Python.

Bio.Medline.read(handle)

从手柄读取一条Medline记录。

句柄可以是Medline文件、类似文件的对象，也可以是描述Medline记录的行列表。

典型用法：

>>> from Bio import Medline
>>> with open("Medline/pubmed_result1.txt") as handle:
...     record = Medline.read(handle)
...     print(record['TI'])
...
The Bio* toolkits--a brief overview.