Bio.KEGG.REST模块

提供访问睡觉风格的kegg online api的代码。

本模块旨在让科大在线睡觉式的接口更好用。请参阅：http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html

KEGG睡觉风格的API提供了对一系列KEGG数据库的简单访问。这可以使用简单的URL(本模块将为您构建)，并通过HTTP错误级别指示任何错误。

该功能有点类似于Biopython的Bio.TogoWS和Bio.Entrez模块。

目前，KEGG没有提供任何使用指南(与NCBI不同，NCBI的要求相当明确)。为了避免服务过载的风险，Biopython将只允许每秒三次调用。

参考文献：Kanehisa，M.和Goto，S.；KEGG：京都基因和基因组百科全书。核酸研究报告28，29-34(2000)。

Bio.KEGG.REST.kegg_info(database)

KEGG INFO-显示给定数据库的当前统计信息。

DB-数据库或有机体(字符串)

参数db可以是KEGG数据库名称(例如‘path’或其官方缩写‘path’)，或者是KEGG生物体代码或T编号(例如‘hsa’或‘T01001’表示人类)。

生物体代码及其T编号的有效列表可以通过KEGGINFO(‘OBILY’)或http://rest.kegg.jp/list/organism获得

Bio.KEGG.REST.kegg_list(database, org=None)

KEGG列表-数据库的条目列表，或指定的数据库条目。

DB-数据库或有机体(字符串)组织-可选有机体(字符串)，见下文。

对于路径和模块数据库，可以使用可选的有机体来限制结果。

Bio.KEGG.REST.kegg_find(database, query, option=None)

KEGG查找-数据搜索。

在给定数据库中查找具有匹配查询关键字或其他查询数据的条目。

DB-数据库或有机体(字符串)查询-搜索条件(字符串)选项-搜索选项(字符串)，见下文。

对于化合物和药物数据库，将OPTION设置为字符串‘FORMULA’、‘EXCECT_MASS’或‘MOL_WEIGHT’，以仅搜索该字段。无论给定的原子顺序如何，化学式搜索都是部分匹配。精确的质量(或分子量)通过四舍五入到与查询数据相同的小数位来检查。还可以用减号(-)指定值范围。

Bio.KEGG.REST.kegg_get(dbentries, option=None)

KEGG获取数据检索。

dbentry-标识符(单个字符串或字符串列表)，请参见下面的内容。选项-“aaseq”、“ntseq”、“mol”、“kcf”、“image”、“kgml”(字符串)之一

输入限制为最多10个条目。输入被限制为具有图像或KGML选项的一个路径条目。使用图像选项，输入仅限于一个化合物/多糖/药物条目。

返回句柄。

Bio.KEGG.REST.kegg_conv(target_db, source_db, option=None)

KEGG Conv-将KEGG标识符转换为外部标识符，或从外部标识符转换为KEGG标识符。

参数：

  • target_db-目标数据库

  • source_db_or_dbentry-源数据库或数据库条目

  • 选项-可以是“turtle”或“n-triple”(字符串)。

KEGG链接-使用数据库交叉引用查找相关条目。

target_db-目标数据库source_db_or_dbentry-source database option-可以是“turtle”或“n-triple”(字符串)。