Bio.GenBank软件包¶

子模块¶

模块内容¶

用于处理GenBank格式文件的代码。

现在，建议您使用“GenBank”或“embl”格式名称的Bio.SeqIO来将GenBank或EMBL文件解析为SeqRecord和SeqFeature对象，而不是使用Bio.GenBank(有关详细信息，请参见Biopython教程)。

仅当您要获取特定于GenBank的记录对象时，使用Bio.GenBank直接解析GenBank文件才有用，与FeatureParser中的SeqRecord替代方法(在Bio.SeqIO中使用)相比，该记录对象更接近原始文件内容。

要使用Bio.GenBank解析器，有两个助手函数：

Read Parse将包含单个GenBank记录的句柄解析为Bio.GenBank特定的记录对象。

将包含多个GenBank记录的句柄作为Bio.GenBank特定的记录对象进行解析迭代。

以下内部类不打算直接使用，可能会在将来的版本中弃用。

班级：

迭代器遍历GenBank条目文件
ErrorFeatureParser捕获分析过程中导致的错误。
FeatureParser解析SeqRecord和SeqFeature对象中的GenBank数据。
RecordParser将GenBank数据解析为记录对象。

例外情况：

指示解析器失败的ParserFailureError异常(即扫描仪或消费者)
LocationParserError异常，指示基于电光的位置解析器有问题。

class Bio.GenBank.Iterator(handle, parser=None)¶

基类：object

迭代器界面，用于一次移动一个GenBank条目文件(已过时)。

此类很可能在未来的Biopython版本中被弃用。请使用Bio.SeqIO.parse(.，format=“GB”)或Bio.GenBank.parse(.)而是分别用于SeqRecord和GenBank特定的记录对象。

__init__(handle, parser=None)¶

初始化迭代器。

参数：

句柄-要遍历的GenBank条目的句柄。
解析器-可选的解析器，用于在返回条目之前传递它们。如果没有，则返回原始条目。

__next__()¶

从句柄返回下一条GenBank记录。

如果记录用完，将返回NONE。

__iter__()¶: 重复记录。

exception Bio.GenBank.ParserFailureError¶

基类：Exception

由解析器中的某种问题导致的故障。

exception Bio.GenBank.LocationParserError¶

基类：Exception

无法从GenBank文件中正确解析出位置。

class Bio.GenBank.FeatureParser(debug_level=0, use_fuzziness=1, feature_cleaner=None)¶

基类：object

将GenBank文件解析为Seq+特征对象(废弃)。

不鼓励直接使用此类，在未来的Biopython版本中可能会弃用此类。

请使用Bio.SeqIO.parse(.)或Bio.SeqIO.read(.)取而代之的是。

__init__(debug_level=0, use_fuzziness=1, feature_cleaner=None)¶

初始化GenBank解析器和功能消费者。

参数：

DEBUG_LEVEL-一个可选参数，指定解析器应该输出的调试信息量。默认情况下，我们没有调试信息(做事情的最快方式)，但如果您愿意，可以将其设置为最高2，并查看解析失败的确切位置。
USE_FUZZINITY-指定是否使用模糊表示。默认值为1(使用模糊性)。
FEATURE_CLEARER-将用于清除要素值的类。该类必须实现函数CLEAN_VALUE。utils有一个默认使用的“标准”清理程序类。

parse(handle)¶: 解析指定的句柄。

class Bio.GenBank.RecordParser(debug_level=0)¶

基类：object

将GenBank文件解析为记录对象(已过时)。

不鼓励直接使用此类，在未来的Biopython版本中可能会弃用此类。

请使用Bio.GenBank.parse(.)或Bio.GenBank.read(.)取而代之的是功能。

__init__(debug_level=0)¶

初始化解析器。

参数：

DEBUG_LEVEL-一个可选参数，指定解析器应该输出的调试信息量。默认情况下，我们没有调试信息(做事情的最快方式)，但如果您愿意，可以将其设置为最高2，并查看解析失败的确切位置。

parse(handle)¶: 将指定的句柄解析为GenBank记录。

Bio.GenBank.parse(handle)¶

将GenBank格式的条目作为记录对象进行迭代。

>>> from Bio import GenBank
>>> with open("GenBank/NC_000932.gb") as handle:
...     for record in GenBank.parse(handle):
...         print(record.accession)
['NC_000932']

要获取SeqRecord对象，请改用Bio.SeqIO.parse(.，format=“GB”)。

Bio.GenBank.read(handle)¶

读取包含单个GenBank条目的句柄作为记录对象。

>>> from Bio import GenBank
>>> with open("GenBank/NC_000932.gb") as handle:
...     record = GenBank.read(handle)
...     print(record.accession)
['NC_000932']

要获取SeqRecord对象，请改用Bio.SeqIO.read(.，format=“GB”)。