Bio.GenBank.utils模块

帮助解析GenBank文件的有用实用程序。

class Bio.GenBank.utils.FeatureValueCleaner(to_process=keys_to_process)

基类:object

提供专门的功能来清理要素中的值。

此类旨在提供一种机制来清理和处理GenBank功能的键/值对中的值。这很有用,因为在如下情况下:

/translation="MED
YDPWNLRFQSKYKSRDA"

否则,您最终将在其中留出空格。

这种清理需要根据具体情况进行,因为无法解释您是应该连接所有内容(就像在翻译中一样),还是应该用空格组合东西(就像使用/note时可能出现的情况一样),所以不可能解释是应该连接所有内容(就像在翻译中一样),还是应该用空格组合东西(就像/note一样)。

>>> cleaner = FeatureValueCleaner(["translation"])
>>> cleaner
FeatureValueCleaner(['translation'])
>>> cleaner.clean_value("translation", "MED\nYDPWNLRFQSKYKSRDA")
'MEDYDPWNLRFQSKYKSRDA'
keys_to_process = ['translation']
__init__(to_process=keys_to_process)

使用我们应该处理的密钥进行初始化。

__repr__()

返回类的字符串表示形式。

clean_value(key_name, value)

清除指定的值并返回它。

如果没有指定要处理的值,则返回原始值。