Bio.GenBank.utils模块¶
帮助解析GenBank文件的有用实用程序。
- class Bio.GenBank.utils.FeatureValueCleaner(to_process=keys_to_process)¶
基类:
object
提供专门的功能来清理要素中的值。
此类旨在提供一种机制来清理和处理GenBank功能的键/值对中的值。这很有用,因为在如下情况下:
/translation="MED YDPWNLRFQSKYKSRDA"
否则,您最终将在其中留出空格。
这种清理需要根据具体情况进行,因为无法解释您是应该连接所有内容(就像在翻译中一样),还是应该用空格组合东西(就像使用/note时可能出现的情况一样),所以不可能解释是应该连接所有内容(就像在翻译中一样),还是应该用空格组合东西(就像/note一样)。
>>> cleaner = FeatureValueCleaner(["translation"]) >>> cleaner FeatureValueCleaner(['translation']) >>> cleaner.clean_value("translation", "MED\nYDPWNLRFQSKYKSRDA") 'MEDYDPWNLRFQSKYKSRDA'
- keys_to_process = ['translation']¶
- __init__(to_process=keys_to_process)¶
使用我们应该处理的密钥进行初始化。
- __repr__()¶
返回类的字符串表示形式。
- clean_value(key_name, value)¶
清除指定的值并返回它。
如果没有指定要处理的值,则返回原始值。