Bio.Pathway套餐¶
子包¶
模块内容¶
BioPython路径模块。
Bio.Pathway是一个轻量级类库,旨在支持以下任务:
路径数据库与分析软件之间的数据交换和预处理。
路径分析算法的快速原型设计
Bio.Pathway模型中的基本对象是相互作用,它表示任意数量的生化物种之间的任意相互作用。
网络对象用来表示路径和反应网络中物种之间的连通性。
对于不需要显式表示网络连接的应用程序,应使用专用类Reaction和System代替Interacton和Network。
Bio.Pathway类,特别是交互类,被有意设计成非常灵活。它们的预期用途是作为数据库特定记录的包装器,例如绑定对象。此模块中的增值功能是一个框架,用于以支持图论和数值分析的方式表示反应集合。
- 注:此模块仅应视为原型。API可能会发生变化。
欢迎评论和功能请求。
- class Bio.Pathway.Reaction(reactants=None, catalysts=(), reversible=0, data=None)¶
基类:
object
生物化学转化的抽象。
此类表示以下类型的(可能可逆的)生化转换::
a S1 + b S2 + ... --> c P1 + d P2 + ...
- 其中:
a,b,c,d..。是正的数值化学计量系数,
S1、S2、.是底物
P1,P2,.都是产品
应将反应视为一个或多个单独反应步骤的净结果,其中每个步骤都可能由不同的催化剂促进。将来会增加对“反应代数”的支持。
- 属性:
GB/T1497.1-1993反应物化学计量系数对所涉及物种的判断法:反应物 [S] =S的化学计量常数
催化剂--该反应所需的催化剂元组列表/元组
可逆的--真当反应是可逆的
数据--对任意附加数据的引用
- 不变量:
对于反应物中的所有S:反应物 [S] !=0
对于所有的C in催化剂:催化剂 [C] !=0
- __init__(reactants=None, catalysts=(), reversible=0, data=None)¶
初始化新的反应对象。
- __eq__(r)¶
返回TRUE当且仅当self等于r。
- __hash__()¶
返回Self的哈希码。
- __repr__()¶
返回Self的调试字符串表示形式。
- __str__()¶
返回Self的字符串表示形式。
- reverse()¶
返回与Self相反的新反应。
- species()¶
返回Self中涉及的所有物种的列表。
- class Bio.Pathway.System(reactions=())¶
基类:
object
反应集合的抽象。
此类在Bio.Pathway框架中用于表示没有显式定义链接的任意反应集合。
- 属性:
无
- __init__(reactions=())¶
初始化新的系统对象。
- __repr__()¶
返回Self的调试字符串表示形式。
- __str__()¶
返回Self的字符串表示形式。
- add_reaction(reaction)¶
给自己增加反作用力。
- remove_reaction(reaction)¶
消除自我的反作用。
- reactions()¶
返回此系统中的反应列表。
注意顺序是任意的!
- species()¶
返回此系统中的物种列表。
- stochiometry()¶
计算Self的化学计量矩阵。
- 返回(物种、反应、Stoch),其中:
物种=本系统中物种的有序列表
反应=此体系中反应的有序列表
Stoch=二维数组,其中Stoch [i] [j] 是第i反应中第j个物种的coef,如上面的物种和反应所定义。
- class Bio.Pathway.Interaction¶
基类:
object
任意数量的物种之间的任意相互作用。
这个类定义只打算作为一个最小的包装器接口,应该通过更具体的抽象来实现和扩展。
- 属性:
数据--对任意附加数据的引用
- __hash__()¶
返回Self的哈希码。
- __repr__()¶
返回Self的调试字符串表示形式。
- __str__()¶
返回Self的字符串表示形式。
- class Bio.Pathway.Network(species=())¶
基类:
object
通过相互作用明确联系在一起的一组物种。
该网络是一个带标记边的有向多重图。图中的节点是所涉及的生化物种。边缘表示两个物种之间的交互,并且边缘标签是对关联交互对象的引用。
- 属性:
无
- __init__(species=())¶
初始化新的网络对象。
- __repr__()¶
返回此网络的调试字符串表示形式。
- __str__()¶
返回此网络的字符串表示形式。
- add_species(species)¶
将物种添加到此网络。
- add_interaction(source, sink, interaction)¶
向此网络添加交互。
- source(species)¶
返回物种的唯一来源列表。
- source_interactions(species)¶
返回物种的(源、交互)对列表。
- sink(species)¶
返回物种的唯一接收器列表。
- sink_interactions(species)¶
返回物种的(汇点、交互)对列表。
- species()¶
返回此网络中的物种列表。
- interactions()¶
返回此网络中唯一交互的列表。