Bio.Pathway套餐

子包

模块内容

BioPython路径模块。

Bio.Pathway是一个轻量级类库,旨在支持以下任务:

  • 路径数据库与分析软件之间的数据交换和预处理。

  • 路径分析算法的快速原型设计

Bio.Pathway模型中的基本对象是相互作用,它表示任意数量的生化物种之间的任意相互作用。

网络对象用来表示路径和反应网络中物种之间的连通性。

对于不需要显式表示网络连接的应用程序,应使用专用类Reaction和System代替Interacton和Network。

Bio.Pathway类,特别是交互类,被有意设计成非常灵活。它们的预期用途是作为数据库特定记录的包装器,例如绑定对象。此模块中的增值功能是一个框架,用于以支持图论和数值分析的方式表示反应集合。

注:此模块仅应视为原型。API可能会发生变化。

欢迎评论和功能请求。

class Bio.Pathway.Reaction(reactants=None, catalysts=(), reversible=0, data=None)

基类:object

生物化学转化的抽象。

此类表示以下类型的(可能可逆的)生化转换::

a S1 + b S2 + ... --> c P1 + d P2 + ...
其中:
  • a,b,c,d..。是正的数值化学计量系数,

  • S1、S2、.是底物

  • P1,P2,.都是产品

应将反应视为一个或多个单独反应步骤的净结果,其中每个步骤都可能由不同的催化剂促进。将来会增加对“反应代数”的支持。

属性:
  • GB/T1497.1-1993反应物化学计量系数对所涉及物种的判断法:反应物 [S] =S的化学计量常数

  • 催化剂--该反应所需的催化剂元组列表/元组

  • 可逆的--真当反应是可逆的

  • 数据--对任意附加数据的引用

不变量:
  • 对于反应物中的所有S:反应物 [S] !=0

  • 对于所有的C in催化剂:催化剂 [C] !=0

__init__(reactants=None, catalysts=(), reversible=0, data=None)

初始化新的反应对象。

__eq__(r)

返回TRUE当且仅当self等于r。

__hash__()

返回Self的哈希码。

__repr__()

返回Self的调试字符串表示形式。

__str__()

返回Self的字符串表示形式。

reverse()

返回与Self相反的新反应。

species()

返回Self中涉及的所有物种的列表。

class Bio.Pathway.System(reactions=())

基类:object

反应集合的抽象。

此类在Bio.Pathway框架中用于表示没有显式定义链接的任意反应集合。

属性:
__init__(reactions=())

初始化新的系统对象。

__repr__()

返回Self的调试字符串表示形式。

__str__()

返回Self的字符串表示形式。

add_reaction(reaction)

给自己增加反作用力。

remove_reaction(reaction)

消除自我的反作用。

reactions()

返回此系统中的反应列表。

注意顺序是任意的!

species()

返回此系统中的物种列表。

stochiometry()

计算Self的化学计量矩阵。

返回(物种、反应、Stoch),其中:
  • 物种=本系统中物种的有序列表

  • 反应=此体系中反应的有序列表

  • Stoch=二维数组,其中Stoch [i] [j] 是第i反应中第j个物种的coef,如上面的物种和反应所定义。

class Bio.Pathway.Interaction

基类:object

任意数量的物种之间的任意相互作用。

这个类定义只打算作为一个最小的包装器接口,应该通过更具体的抽象来实现和扩展。

属性:
  • 数据--对任意附加数据的引用

__hash__()

返回Self的哈希码。

__repr__()

返回Self的调试字符串表示形式。

__str__()

返回Self的字符串表示形式。

class Bio.Pathway.Network(species=())

基类:object

通过相互作用明确联系在一起的一组物种。

该网络是一个带标记边的有向多重图。图中的节点是所涉及的生化物种。边缘表示两个物种之间的交互,并且边缘标签是对关联交互对象的引用。

属性:
__init__(species=())

初始化新的网络对象。

__repr__()

返回此网络的调试字符串表示形式。

__str__()

返回此网络的字符串表示形式。

add_species(species)

将物种添加到此网络。

add_interaction(source, sink, interaction)

向此网络添加交互。

source(species)

返回物种的唯一来源列表。

source_interactions(species)

返回物种的(源、交互)对列表。

sink(species)

返回物种的唯一接收器列表。

sink_interactions(species)

返回物种的(汇点、交互)对列表。

species()

返回此网络中的物种列表。

interactions()

返回此网络中唯一交互的列表。