Bio.Wise套餐

子模块

• Bio.Wise.dna模块
  • Statistics
    • Statistics.__init__()
    • Statistics.identity_fraction()
    • Statistics.header
    • Statistics.__str__()
  • align()
  • main()
• Bio.Wise.psw模块
  • AlignmentColumnFullException
  • Alignment
    • Alignment.append()
  • AlignmentColumn
    • AlignmentColumn.__init__()
    • AlignmentColumn.__repr__()
    • AlignmentColumn.append()
  • ColumnUnit
    • ColumnUnit.__init__()
    • ColumnUnit.__repr__()
  • parse_line()
  • parse()
  • align()
  • main()

模块内容

运行并处理Wise2包工具的输出。

Bio.Wise包含用于运行和处理Ewan Birney的Wise2包中某些模型输出的模块，可从以下网址获得：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/wise2/http://www.ebi.ac.uk/Wise2/

psw代表蛋白质Smith-Waterman比对Bio.Wise.dna代表Smith-Waterman DNA比对

Bio.Wise.align(cmdline, pair, kbyte=None, force_type=None, dry_run=False, quiet=False, debug=False)

运行路线。返回文件句柄。

Bio.Wise.all_pairs(singles)

生成所有对所有对齐的配对列表。

>>> all_pairs(range(4))
[(0, 1), (0, 2), (0, 3), (1, 2), (1, 3), (2, 3)]

Bio.Wise.main()

提供命令行测试。