Bio.Wise.psw模块

运行并处理Wise2包工具psw的输出。

Bio.Wise包含用于运行和处理Ewan Birney的Wise2包中某些模型输出的模块，可从以下网址获得：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/wise2/http://www.ebi.ac.uk/Wise2/

psw代表蛋白质Smith-Waterman比对Bio.Wise.dna代表Smith-Waterman DNA比对

exception Bio.Wise.psw.AlignmentColumnFullException

基类：Exception

管理对齐输出中的异常。

class Bio.Wise.psw.Alignment(iterable=(), /)

基类：list

根据运行psw的输出，为所有对齐列定义一个容器。

append(column_unit)

将对齐列添加到对齐。

class Bio.Wise.psw.AlignmentColumn(column_unit)

基类：list

为构成列的单位定义容器。

__init__(column_unit)

初始化类。

__repr__()

将AlignmentColumn对象表示为用于调试的字符串。

append(column_unit)

向列中添加一个单位。

class Bio.Wise.psw.ColumnUnit(unit, column, kind)

基类：object

为每个序列比对的细节定义一个容器。

__init__(unit, column, kind)

初始化类。

__repr__()

将ColumnUnit对象表示为用于调试的字符串。

Bio.Wise.psw.parse_line(line)

从psw解析一行。

>>> print(parse_line("Column 0:"))
None
>>> parse_line("Unit  0- [  -1-   0] [SEQUENCE]")
ColumnUnit(unit=0, column=0, kind='SEQUENCE')
>>> parse_line("Unit  1- [  85-  86] [SEQUENCE]")
ColumnUnit(unit=1, column=86, kind='SEQUENCE')

Bio.Wise.psw.parse(iterable)

解析文件。

格式化

Column 0: Unit 0- [ -1- 0] [SEQUENCE] Unit 1- [ 85- 86] [SEQUENCE]

意味着序列1 [0] ==序列2 [86] (从0开始)

Bio.Wise.psw.align(pair, scores=None, gap_start=None, gap_extension=None, *args, **keywds)

使用Wise2 psw比对一对DNA文件。

Bio.Wise.psw.main()

命令行实现。