Bio.CAPS软件包¶
模块内容¶
裂解扩增多态序列(CAPS)标记。
CAPS标记是一个位置,如下所述的DifferentialCutsite和一组可用于可视化的引物。更多信息可以在报纸上找到。 Konieczny and Ausubel (1993) (PMID 8106085)。
- class Bio.CAPS.DifferentialCutsite(**kwds)¶
基类:
object
不同的酶切位点排列成一条直线。
差异切位点是比对中的一个位置,在该位置上,一种酶切割至少一个序列,但也不能切割至少一个其他序列。
- 成员:
起点-它位于路线中的位置。
酶--导致这种情况的酶。
Cuts_In-酶插入的序列列表(作为比对的索引)。
BLOCKED_IN-酶被阻止在其中的序列列表(作为比对的索引)。
- __init__(**kwds)¶
初始化DifferentialCutsite。
每个成员(如类描述中所列)应作为关键字包括在内。
- exception Bio.CAPS.AlignmentHasDifferentLengthsError¶
基类:
Exception
在比对中的序列具有不同长度的情况下例外。