Bio.CAPS软件包

模块内容

裂解扩增多态序列(CAPS)标记。

CAPS标记是一个位置，如下所述的DifferentialCutsite和一组可用于可视化的引物。更多信息可以在报纸上找到。 Konieczny and Ausubel (1993) (PMID 8106085)。

class Bio.CAPS.DifferentialCutsite(**kwds)

基类：object

不同的酶切位点排列成一条直线。

差异切位点是比对中的一个位置，在该位置上，一种酶切割至少一个序列，但也不能切割至少一个其他序列。

成员：

• 起点-它位于路线中的位置。

• 酶--导致这种情况的酶。

• Cuts_In-酶插入的序列列表(作为比对的索引)。

• BLOCKED_IN-酶被阻止在其中的序列列表(作为比对的索引)。

__init__(**kwds)

初始化DifferentialCutsite。

每个成员(如类描述中所列)应作为关键字包括在内。

exception Bio.CAPS.AlignmentHasDifferentLengthsError

基类：Exception

在比对中的序列具有不同长度的情况下例外。

class Bio.CAPS.CAPSMap(alignment, enzymes=None)

基类：object

显示所有可能的数据切割的一种对齐图。

成员：

• 对齐-映射的对齐。

• DCuts-DifferentialCutsite形式的可能封口标记的列表。

__init__(alignment, enzymes=None)

初始化CAPSMap。

要求：

• 对齐-要映射的对齐。

可选：

• 酶-用于创建地图的酶的列表。默认为空列表。