Bio.Blast.Record模块

记录保存BLAST输出的类。

类：BLAST保存来自BLAST搜索的所有信息。PSIBlast保存来自PSI-BLAST搜索的所有信息。

页眉保存来自页眉的信息。描述保存有关一个命中描述的信息。对齐保存有关一次对齐命中的信息。HSP保存有关一个HSP的信息。MultipleAlignment保存有关多重对齐的信息。DatabaseReport保存来自数据库报告的信息。参数保存来自参数的信息。

Bio.Blast.Record.fmt_(value, format_spec='%s', default_str='<unknown>')

确保给定值正确格式化为字符串。

class Bio.Blast.Record.Header

基类：object

保存BLAST标题中的信息。

成员：应用程序生成此数据的BLAST风格的名称。使用的BLAST的版本版本。日期生成此数据的日期。爆破的参考参考。

查询序列的查询名称。QUERY_LETERS查询序列中的字母数。(整型)

数据库的数据库名称。DATABASE_SEQUENCES数据库中的序列数。(Int)DATABASE_Letters数据库中的字母数。(整型)

__init__()

初始化类。

class Bio.Blast.Record.Description

基类：object

将有关一次点击的信息存储在描述部分中。

会员：主打歌的标题。分数位数。(Int)位位数。(浮点数)e E值。(浮动)NUM_ALIGNSES同一主题的路线数。(整型)

__init__()

初始化类。

__str__()

以字符串形式返回描述。

class Bio.Blast.Record.DescriptionExt

基类：Description

BLASTXML版本2的扩展描述记录。

成员：DescriptionExtItem的项目列表

__init__()

初始化类。

append_item(item)

添加说明扩展记录。

class Bio.Blast.Record.DescriptionExtItem

基类：object

存储有关BLASTXML版本2的HIT描述中的一条记录的信息。

成员：ID数据库标识符标题命中标题。

__init__()

初始化类。

__str__()

以字符串形式返回描述标识符和标题。

class Bio.Blast.Record.Alignment

基类：object

在路线部分中存储有关一次命中的信息。

成员：标题名称。HIT_ID命中标识符。(字符串)HIT_DEF命中定义。(字符串)长度长度。(Int)HSPs HSP对象的列表。

__init__()

初始化类。

__str__()

将BLAST对齐方式作为格式化字符串返回。

class Bio.Blast.Record.HSP

基类：object

存储有关对齐命中中的一个HSP的信息。

成员：

• 命中得分爆裂得分。(浮点)

• 位数该分数的位数。(浮点)

• 期望值。(浮点)

• 编号_对齐同一主题的对齐数。(整型)

• 标识使用XML解析器时的标识数(Int)。如果使用(过时的)纯文本解析器，则标识数/总对齐数(int，int)的元组。

• 正数如果使用XML解析器，则正数(Int)。如果使用(过时)纯文本解析器，则为正向数/总对齐数(int，int)的元组。

• 间隙如果使用XML解析器，则间隙数(Int)。如果使用(过时)纯文本解析器，则为间距数/总对齐数(int，int)的元组。

• 路线的ALIGN_LENGTH长度。(整型)

• (查询，目标)链的链元组。

• 1个或2个帧的帧元组根据口味的不同而移动。

• 查询查询序列。

• QUERY_开始查询序列的起始残差。(从1开始)

• QUERY_END查询序列的结束残数。(从1开始)

• 匹配匹配序列。

• sbjct sbjct序列。

• sbjct_start sbjct序列的起始残差。(从1开始)

• sbjct_end sbjct序列的末端残基。(从1开始)

并非所有类型的BLAST都会为每个属性返回值：：

          score     expect     identities   positives    strand  frame
BLASTP     X          X            X            X
BLASTN     X          X            X            X          X
BLASTX     X          X            X            X                  X
TBLASTN    X          X            X            X                  X
TBLASTX    X          X            X            X                 X/X

注：对于BLASTX，查询序列显示为蛋白质序列，但编号基于核苷酸。因此，编号比氨基酸残基的数量大3倍。TBLASTN中的sbjct序列和TBLASTX中的两个序列都可以看到类似的效果。

此外，对于负帧，序列编号从QUERY_START开始并倒计时。

__init__()

初始化类。

__str__()

将BLAST HSP作为格式化字符串返回。

class Bio.Blast.Record.MultipleAlignment

基类：object

保存有关多重对齐的信息。

成员：比对元组列表(名称、起始残基、序列、结束残基)。

起始残数以1为基数。如果该序列在多重比对中没有比对，则它可以是空白。

__init__()

初始化类。

to_generic()

检索给定路线的常规路线对象。

它不返回元组，而是从Bio.Align返回一个MultipleSeqAlignment对象，您可以通过该对象操作和查询该对象。

感谢詹姆斯·卡斯本的代码。

class Bio.Blast.Record.Round

基类：object

保存了一轮PSI-BLAST的信息。

会员：数字四舍五入。(Int)模型中重复使用的_seqs序列，再次找到。说明对象列表。未找到new_seqs序列或低于阈值。描述列表。路线对象列表。Multiple_Alignment多对齐对象。

__init__()

初始化类。

class Bio.Blast.Record.DatabaseReport

基类：object

保存有关数据库报告的信息。

MEMBERS：DATABASE_NAME数据库名称列表。(可以有多个数据库)数据库中的Num_Letters_in_database字母数。(Int)NUM_SEQUENCES_IN_DATABASE数据库中序列数的列表。POSTED_DATE数据库发布日期的列表。ka_params(lambda，k，h)值的元组。(漂浮)有间隙的#XXX这是不正确的！KA_PARAMS_GAP(lambda，k，h)值的元组。(花车)

__init__()

初始化类。

class Bio.Blast.Record.Parameters

基类：object

保存有关参数的信息。

成员：矩阵的矩阵名称。(开放、扩展)处罚的GAP_PILENTIONS元组。(浮点数)核苷酸-核苷酸比较的sc_match得分，核苷酸-核苷酸比较的sc_不匹配惩罚num_hits数据库的命中数。(Int)Num_Sequence序列数。(Int)NUM_GOOD_EXTENDS扩展数。(Int)num_seqs_Better_e优于e值的序列数。(Int)HSP较好的HSPs_NO_GAP数，无间隙。(Int)HSP_PRIMM_GAPPED在预试中的空隙数(INT)HSP_PRIMM_GAPPED数。(Int)HSP_PRILM_GAPPED_THSPED在PRIMIM中尝试的次数。(Int)HSP_GAPPED HSP的GAP总数。(Int)查询的query_length长度。(Int)查询序列的query_id标识符。(STR)DATABASE_LENGTH数据库中的字母数。(Int)Effect_HSP_Length有效HSP长度。(Int)Efficient_Query_Length有效查询长度。(Int)Effect_DATABASE_LENGTH数据库的有效长度。(Int)Effect_search_space有效搜索空间。(Int)Effect_Search_SPACE_Used有效搜索空间已用。(Int)FramesShift FrameShift窗口。(int，Float)阈值的元组。(Int)WINDOW_SIZE窗口大小。(Int)Dropoff_first_pass元组(分数，位)。(int，Float)Gap_x_Dropoff(分数，位)元组。(int，Float)Gap_x_Dropoff_Final Tuple of(Score，Bits)。(INT，FLOAT)GAP_TRIGGER元组(分数，位)。(int，浮点数)(分数，位)的BLAST_CUTOFFF元组。(整型，浮点型)

__init__()

初始化类。

class Bio.Blast.Record.Blast

基类：Header, DatabaseReport, Parameters

保存BLAST搜索的结果。

成员：说明说明对象列表。路线对象列表。Multiple_Alignment多对齐对象。+从基类继承的成员

__init__()

初始化类。

class Bio.Blast.Record.PSIBlast

基类：Header, DatabaseReport, Parameters

保存blastpgp搜索的结果。

成员：圆角圆角对象列表。搜索是否收敛。+从基类继承的成员

__init__()

初始化类。