Bio.Blast.ParseBlastTable模块

NCBI blastpgp版本2.2.5输出格式的解析器。

目前仅支持‘-m 9’选项(表w/注解)。返回BlastTableRec实例

class Bio.Blast.ParseBlastTable.BlastTableEntry(in_rec)

基类:object

BLAST表条目的容器,表中的字段值。

__init__(in_rec)

初始化类。

class Bio.Blast.ParseBlastTable.BlastTableRec

基类:object

BLAST表记录的容器,BLAST表条目列表。

__init__()

初始化类。

add_entry(entry)

将条目添加到爆炸表中。

class Bio.Blast.ParseBlastTable.BlastTableReader(handle)

基类:object

blastpgp输出的读取器。

reader_keywords = {'BLASTP': 'version', 'Database': 'database', 'Fields': 'fields', 'Iteration': 'iteration', 'Query': 'query'}
__init__(handle)

初始化类。

__next__()

迭代文件时返回下一条记录。