Bio.Compass包

模块内容

用于处理指南针输出的代码,用于剖面/剖面比较的程序。

有关指南针的说明,请参阅:

Sadreyev R,Grishin N.Compass:多个蛋白质比对的比较工具,具有统计学意义的评估。J·摩尔·比奥(J Mol Biol)2003年2月7日;326(1):317-36

使用指南针1.24进行测试。

Bio.Compass.read(handle)

读取包含一条指南针记录的指南针文件。

Bio.Compass.parse(handle)

迭代指南针文件中的记录。

class Bio.Compass.Record

基类:object

保存一次指南针命中的信息。

Ali1是查询,Ali2是命中。

__init__()

初始化类。

query_coverage()

返回对齐中覆盖的查询长度。

hit_coverage()

返回路线中覆盖的命中长度。