Bio.Wise.dna模块

运行并处理Wise2包工具DNAL的输出。

Bio.Wise包含用于运行和处理Ewan Birney的Wise2包中某些模型输出的模块，可从以下网址获得：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/wise2/http://www.ebi.ac.uk/Wise2/

psw代表蛋白质Smith-Waterman比对Bio.Wise.dna代表Smith-Waterman DNA比对

class Bio.Wise.dnal.Statistics(filename, match, mismatch, gap, extension)

基类：object

根据ALB报告计算统计数据。

__init__(filename, match, mismatch, gap, extension)

初始化类。

identity_fraction()

计算匹配的比例。

header = 'identity_fraction\tmatches\tmismatches\tgaps\textensions'

__str__()

制表符分隔字符串形式的统计信息。

Bio.Wise.dnal.align(pair, match=_SCORE_MATCH, mismatch=_SCORE_MISMATCH, gap=_SCORE_GAP_START, extension=_SCORE_GAP_EXTENSION, **keywds)

使用dNAL对一对DNA文件进行比对，并计算对齐的统计数据。

Bio.Wise.dnal.main()

命令行实现。