Bio.ExPASy.ScanProsite模块

从ExPASy调用和解析ScanProsite的代码。

class Bio.ExPASy.ScanProsite.Record

基类：list

表示ScanProsite返回的搜索结果。

此记录是包含ScanProsite返回的搜索结果的列表。该记录还包含数据成员n_MATCH、n_SEQ、CAPPED和WARNING。

__init__()

初始化类。

Bio.ExPASy.ScanProsite.scan(seq='', mirror='https://www.expasy.org', output='xml', **keywords)

执行ScanProsite搜索。

参数：

• 镜像：要使用的ScanProsite镜像

  (默认值：https://www.expasy.org).

• SEQ：查询序列，或UniProtKB(Swiss-prot，

  颤抖)加入

• 输出：搜索结果的格式

  (默认值：xml)

更多搜索参数可以作为关键字传递；有关此类参数的说明，请参阅https://www.expasy.org/tools/scanprosite/ScanPrositeREST.html上的ScanProSite编程访问文档。

此函数用于返回ScanProsite返回的搜索结果的句柄。可以使用Bio.ExPASy.ScanProsite.read函数将XML格式的搜索结果解析为Python对象。

Bio.ExPASy.ScanProsite.read(handle)

将ScanProsite返回的搜索结果解析为Python对象。

class Bio.ExPASy.ScanProsite.Parser

基类：ExpatParser

处理ScanProsite搜索的结果(私有)。

__init__()

初始化类。

feed(data, isFinal=0)

如果在数据中接收到纯文本，则引发错误。

这是为了显示ScanProsite返回的错误消息。

class Bio.ExPASy.ScanProsite.ContentHandler

基类：ContentHandler

处理并填写搜索的记录和结果(私有)。

integers = ('start', 'stop')

strings = ('sequence_ac', 'sequence_id', 'sequence_db', 'signature_ac', 'level', 'level_tag')

__init__()

初始化类。

startElement(name, attrs)

定义记录的开头并存储搜索记录。

endElement(name)

定义搜索记录的结尾。

characters(content)

存储记录内容。