Bio.ExPASy.Prosite模块

ExPASy上ProSite的ProSite dat文件的解析器。

请参阅https://www.expasy.org/prosite/

使用以下设备进行测试：

  • 2009年2月10日发布20.43

  • 2017年3月15日发布2017_03。

功能：

  • 读取读取包含一条ProSite记录的ProSite文件

  • Parse迭代ProSite文件中的记录。

班级：

  • 记录保存ProSite数据。

Bio.ExPASy.Prosite.parse(handle)

解析ProSite记录。

此函数用于解析包含多条记录的ProSite文件。

参数：

  • 句柄-文件的句柄。

Bio.ExPASy.Prosite.read(handle)

阅读一条ProSite记录。

此函数用于解析正好包含一条记录的ProSite文件。

参数：

  • 句柄-文件的句柄。

class Bio.ExPASy.Prosite.Record

基类：object

保存来自ProSite记录的信息。

主要属性：

  • 记录的名称ID。例如ADH_ZINE

  • 键入条目的类型。例如，模式、矩阵或规则

  • 加入例如PS00387

  • 创建日期创建条目的日期。(2017年1月之前的版本为MMM-YYYY，2017年1月以来为DD-MMM-YYYY)

  • DATA_UPDATE日期‘主’数据上次更新。

  • 上次更新‘PRIMARY’数据以外的INFO_UPDATE日期数据。

  • ProSite文档的pdoc ID。

  • 说明-自由格式说明。

  • 设置ProSite图案的图案。请参见文档。

  • 描述矩阵条目的字符串的矩阵列表。

  • 规则定义的规则列表(来自RU行)。(字符串)

  • 分段计算分期付款列表(来自请购单行)。(字符串)

数值结果：

  • NR_SP_RELEASE SwissProt版本。

  • nr_sp_seqs瑞士Prot版本中序号。(整型)

  • NR_在Swiss-prot中的总点击数。(点击数，序列)的元组

  • NR_POWERED真阳性。(点击数，序列)的元组

  • NR_UNKNOWN可能为阳性。(点击数，序列)的元组

  • NR_FALSE_POS假阳性。(点击数，序列)的元组

  • NR_FALSE_NEG假阴性。(整型)

  • NR_部分假阴性，因为它们是片段。(整型)

评论：

  • CC_TASTO_RANGE分类范围。有关格式，请参阅文档

  • 蛋白质中CC_max_REPEAT的最大重复次数

  • CC_SITE有趣的站点。元组列表(图案位置，描述)

  • CC_SKIP_FLAG可以忽略此条目吗？

  • cc_matrix_type

  • cc_scaling_db

  • cc_author

  • cc_ft_key

  • cc_ft_desc

  • cc_version版本号(在版本19.0中引入)

以下是元组IF的所有列表(Swiss-prot Access、Swiss-prot name)。

数据库参考资料：

  • dr_positive

  • dr_false_neg

  • dr_false_pos

  • DR_潜在命中，但指纹区域尚不可用。

  • DR_UNKNOWN可能属于

  • pdb_structs PDB条目列表。

__init__()

初始化类。