Bio.codonalign.codonseq模块¶
用于处理编码序列的代码。
CodonSeq类继承自Seq类。这是在biopython中处理CodonAlignment中的序列的核心类。
- class Bio.codonalign.codonseq.CodonSeq(data='', gap_char='-', rf_table=None)¶
基类:
Seq
CodonSeq设计为在CodonAlignment类的SeqRecords内。
CodonSeq很有用,因为它允许用户在翻译CodonSeq时指定阅读框架
CodonSeq还通过调用get_codon()方法接受密码子样式切片。
重要信息: 如果您指定RF_TABLE,则UnGap CodonSeq可以是任意长度。Gap CodonSeq应该是3的倍数。
>>> codonseq = CodonSeq("AAATTTGGGCCAAATTT", rf_table=(0,3,6,8,11,14)) >>> print(codonseq.translate()) KFGAKF
测试GET_FULL_RF_TABLE方法
>>> p = CodonSeq('AAATTTCCCGG-TGGGTTTAA', rf_table=(0, 3, 6, 9, 11, 14, 17)) >>> full_rf_table = p.get_full_rf_table() >>> print(full_rf_table) [0, 3, 6, 9, 12, 15, 18] >>> print(p.translate(rf_table=full_rf_table, ungap_seq=False)) KFPPWV* >>> p = CodonSeq('AAATTTCCCGGGAA-TTTTAA', rf_table=(0, 3, 6, 9, 14, 17)) >>> print(p.get_full_rf_table()) [0, 3, 6, 9, 12.0, 15, 18] >>> p = CodonSeq('AAA------------TAA', rf_table=(0, 3)) >>> print(p.get_full_rf_table()) [0, 3.0, 6.0, 9.0, 12.0, 15]
- __init__(data='', gap_char='-', rf_table=None)¶
初始化类。
- get_codon(index)¶
从序列中获取索引密码子。
- get_codon_num()¶
返回CodonSeq中的密码子个数。
- translate(codon_table=None, stop_symbol='*', rf_table=None, ungap_seq=True)¶
根据rf_table中的读框转换CodonSeq。
此时,用户可以指定RF_TABLE。如果要在翻译的序列中包含间隙,这是唯一的方法。为此,unap_seq应设置为true。
- toSeq()¶
将DNA转换为序列对象。
- get_full_rf_table()¶
返回CodonSeq记录的完整RF_TABLE。
完整的RF_TABLE不同于普通的RF_TABLE,因为它转换CodonSeq中的间隙。这有助于构建包含帧移位的对齐。
- full_translate(codon_table=None, stop_symbol='*')¶
应用完全平移,并考虑间隙。
- ungap(gap='-')¶
返回不带间隙字符的序列副本。
- classmethod from_seq(seq, rf_table=None)¶
从序列数据中获取密码子序列。
- __abstractmethods__ = frozenset({})¶
- Bio.codonalign.codonseq.cal_dn_ds(codon_seq1, codon_seq2, method='NG86', codon_table=None, k=1, cfreq=None)¶
计算给定两个序列的DN和DS。
- 可用的方法:
NG86- Nei and Gojobori (1986) (PMID 3444411)。
LWL85- Li et al. (1985) (PMID 3916709)。
ml- Goldman and Yang (1994) (PMID 7968486)。
YN00- Yang and Nielsen (2000) (PMID 10666704)。
- 参数:
codon_seq1-CodonSeq或包含CodonSeq的SeqRecord
codon_seq2-包含CodonSeq的CodonSeq或或SeqRecord
W-转换/转换比
cfreq-当前密码子频率矢量只能在使用ML方法时指定。获得cfreq的可能方式是:F1x4、F3x4和F61。