Bio.SCOP.Raf模块¶
星体RAF(快速存取格式)序列图。
Astral RAF序列图记录了PDB SEQRES记录(表示实验中使用的分子的序列)与原子记录(表示实验观察到的原子)之间的关系。
此数据源自蛋白质数据库CIF文件。CIF文件中的已知错误被手动更正，原始PDB文件在出现差异的情况下充当最终仲裁器。
残基由残基ID引用。它由PDB残基序列号(最多4位)和可选的PDB插入代码(ASCII字母字符，a-z，A-Z)组成。例如“1”、“10a”、“1010b”、“-1”
请参阅“星际RAF序列图”：http://astral.stanford.edu/raf.html
词典 protein_letters_3to1 提供从PDB文件中的3个字母的氨基酸代码到1个字母的代码的映射。3个字母的编码包括化学修饰的残基。
- Bio.SCOP.Raf.normalize_letters(one_letter_code)¶
将RAF单字母氨基酸编码转换为IUPAC标准编码。
字母是大写的，“。(“未知”)转换为“X”。
- class Bio.SCOP.Raf.SeqMapIndex(filename)¶
基类：
dictRAF文件索引。
RAF文件本身约为50MB。此索引提供对RAF记录的快速随机访问，而不必将整个文件加载到内存中。
索引键是PDB ID和链ID的串联。例如“2drcA”，
"155c_"。RAF使用下划线表示空链ID。- __init__(filename)¶
初始化RAF文件索引。
- 参数：
FileName--要索引的文件
- __getitem__(key)¶
从索引文件中返回一项。
- getSeqMap(residues)¶
获取残基集合的序列图。
- 参数：
残留物--残留物实例，或可转换为残留物实例的字符串。
- class Bio.SCOP.Raf.SeqMap(line=None)¶
基类：
object星体RAF(快速存取格式)序列图。
这是一个类似于列表的Object；您可以使用index()找到特定残基的位置，将此SeqMap分割成片段，然后使用Extended()将片段粘合在一起。
- 属性：
PDBID--PDB 4个字符的ID
pdb_datestamp--来自pdb文件
版本--RAF格式版本。例如0.01
旗帜--英国皇家空军旗帜。(有关详细信息，请参阅发行说明。)
RES--RES对象列表，该序列映射中的每个残基对应一个RES对象
- __init__(line=None)¶
初始化类。
- index(resid, chainid='_')¶
返回给定REID和CHINID的SeqMap的索引。
- __getitem__(index)¶
从SeqMap中提取单个RES对象。
- append(res)¶
将另一个RES对象追加到剩余映射列表。
- extend(other)¶
将另一个SeqMap追加到Self的末尾。
两个SeqMap必须具有相同的PDB ID、PDB日期戳和RAF版本。如果RAF标志不一致，则擦除它们。当片段取自不同的链时，可能会发生这种情况。
- __iadd__(other)¶
就地添加SeqMap对象。
- __add__(other)¶
添加SeqMap对象。
- getAtoms(pdb_handle, out_handle)¶
从PDB文件中提取所有相关的ATOM和HETATOM记录。
扫描PDB文件以查找ATOM和HETATOM记录。如果链ID、残基ID(seqNum和icode)和残基类型与此序列映射中的残基匹配，则记录将回显到输出句柄。
这通常用于查找区域或其他残留子集的坐标。
- 参数：
PDB_HANDLE--相关PDB文件的句柄。
OUT_HANDLE--所有输出都像Object一样写入此文件。
- class Bio.SCOP.Raf.Res¶
基类：
object来自英国皇家空军记录的单个残基映射。
- 属性：
chainid--单字符链ID。
Resid--残留物ID
ATOM--ATOM记录中的氨基酸一个字母代码。
SEQRES--来自SEQRES记录的氨基酸一个字母代码。
- __init__()¶
初始化类。
- Bio.SCOP.Raf.parse(handle)¶
迭代RAF文件，为每行提供一个SeqMap对象。
- 参数：
句柄--类似文件的对象。