Bio.SCOP.Cla模块

处理描述SCOP域的SCOP分类文件。

文件格式在SCOP“Release notes.”:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/release-notes.html the Latest CLA file are be be“(可在SCOP.”:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/的其他位置找到最新的CLA文件)的范围中进行了说明

“Release 1.73”:http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.cla.scop.txt_1.73(2008年7月)

class Bio.SCOP.Cla.Record(line=None)

基类:object

保存一个SCOP域的信息。

属性:
  • SID-SCOP标识符。例如d1danl2

  • 残留物-作为残留物对象的结构域定义

  • SCCS-SCOP简明分类字符串。例如b.1.2.1

  • SunID-此域的SCOP唯一标识符

  • Hierarchy-字典,键是nodetype,值是sunid,描述此域在SCOP层次结构中的位置。有关节点类型的描述,请参见范围模块。在旧版本的Biopython中,这曾经是(键、值)元组的列表(请参见错误3109)。

__init__(line=None)

初始化类。

__str__()

将SCOP分类记录表示为制表符分隔的字符串。

Bio.SCOP.Cla.parse(handle)

迭代CLA文件作为每行的CLA记录。

参数:
  • 句柄-类似文件的对象。

class Bio.SCOP.Cla.Index(filename)

基类:dict

由SCOP标识符编索引的CLA文件,用于快速随机访问。

__init__(filename)

创建CLA索引。

参数:
  • FileName-要索引的文件

__getitem__(key)

从索引文件中返回一项。