Bio.PDB.ic_重建模块¶
将XYZ结构转换为内部坐标，然后返回，测试结果。
- Bio.PDB.ic_rebuild.structure_rebuild_test(entity, verbose: bool = False) Dict¶
测试从内部坐标重建PDB结构。
- 参数:
entity -- 要测试的Biopython结构、模型或链结构
verbose -- 布尔打印额外消息
- 返回:
COMPARE_RESULTS()中的DICT比较DICT
- Bio.PDB.ic_rebuild.report_IC(entity: Union[Structure, Model, Chain, Residue], reportDict: Optional[Dict[str, Any]] = None, verbose: bool = False) Dict[str, Any]¶
为每个实体级别生成具有IC数据元素计数的DICT。
- reportDict条目包括：
IDCODE：PDB ID
HDR：PDB标题行
MDL：型号
CHN：链条
RES：残留物对象
RES_e：含有二面体和/或六面体的残基
DIH：二面体
HED：六角形
- 参数:
entity (Entity) -- Biopython PDB实体对象：S、M、C或R
- 抛出:
PDBException -- 如果实体级别不是S、M、C或R
Exception -- 如果实体没有.Level属性
- 返回:
带有IC数据元素计数的DICT
- Bio.PDB.ic_rebuild.IC_duplicate(entity) Structure¶
具有IC数据的重复结构实体，没有原子坐标。
对StringIO缓冲区使用WRITE_PIC()、READ_PIC()。如果需要，调用ATOM_TO_INTERNAL_COLISTRATES()。
- 参数:
entity -- Biopython PDB实体(Atom将失败)
- 返回:
Biopython PDBStructure，无Atom对象
- Bio.PDB.ic_rebuild.compare_residues(e0: Union[Structure, Model, Chain], e1: Union[Structure, Model, Chain], verbose: bool = False) Dict[str, Any]¶
比较2个Biopython PDB实体的完整ID和原子坐标。
跳过DNA和HETATM。
- 参数:
e1 (e0,) -- 要比较的Biopython PDB实体对象(S、M或C)结构、模型或链
verbose -- bool是否打印不匹配信息，默认为false
- 返回:
残留物、完整ID匹配残留物、原子、完整ID匹配原子和坐标匹配原子的字典结果计数；报告字符串；错误状态(Bool)